ارتحال امام‌خمینی، پیشرفت بیماری و درگذشت امام‌خمینی در سیزده خرداد ۱۳۶۸، تشییع و خاکسپاری در شانزده خرداد. پس از تشخیص سرطان معده امام‌خمینی در ۲۹/۲/۱۳۶۸ تصمیم تیم پزشکی بر جراحی فوری قرار گرفت و عمل جراحی نیز با موفقیت طی شد. اما ابعاد پیش‌بینی‌نشده بیماری، چند روز پس از عمل نمایان شد. سیزدهم خرداد، قلب امام‌خمینی از کار ایستاد و با آمادگی تیم پزشکی موقتاً ضربان قلب و تنفس آغاز به کار کرد؛ اما ایشان بی‌هوش بود، و بعد از ظهر تنها برای لحظاتی ایشان به هوش آمد؛ اما سرانجام در ساعت ۲3: ۲2 دقیقه شب، قلب ایشان از حرکت بازایستاد. درباره چگونگی اعلام خبر درگذشت امام‌خمینی به مردم نظرهایی مبنی بر تأخیر ۲۴ ساعت یا ۷۲ ساعت مطرح شد که با قاطعیت از طرف سیداحمد خمینی رد شد. ولی به دلیل ضرورت برخی هماهنگی‌ها، قرار شد تا روز بعد صبر کنند. غسل و کفن امام‌خمینی حوالی ساعت دو بامداد چهاردهم خرداد، در حیاط کوچک محل کار ایشان انجام و پیکر امام‌خمینی به سردخانه نزدیک بیمارستان منتقل شد. ساعت هفت صبح، گوینده خبر صدا و سیما با صدایی بغض‌آلود، خبر درگذشت امام‌خمینی را با خواندن اطلاعیه که سیداحمد خمینی صادر کرده بود، به اطلاع ملت رساند. جلسه رسمی مجلس خبرگان رهبری، صبح چهاردهم خرداد تشکیل شد. پس از قرائت قرآن، وصیت‌نامه امام‌خمینی گشوده و توسط سیدعلی خامنه‌ای (رئیس‌جمهور)، قرائت شد. و سرانجام پیشنهاد رهبری سیدعلی خامنه‌ای، در خبرگان رهبری با اکثریت قاطع پذیرفته شد. ستاد تشییع و تدفین، اعلام کرد مراسم وداع با امام‌خمینی از سپیده دم پانزدهم خرداد در مصلای تهران برگزار خواهد شد. وداع با پیکر امام‌خمینی تا صبح سه‌شنبه شانزدهم خرداد ادامه داشت. ساعت ۷: ۳۵ صبح، جمعیت بسیار انبوه مردم به امامت مرجع تقلید وقت، سیدمحمدرضا گلپایگانی، بر پیکر امام‌خمینی نماز گزاردند. در مسیر تشییع در حوالی بهشت زهرا(س)، به دلیل متوقف‌شدن خودرو در میان جمعیت، تابوت حامل امام‌خمینی به یک بالگرد منتقل شد. بالگرد در ساعت 3۰: 10 در محل دفن به زمین نشست. به دلیل جمعیت زیاد تکه‌های از کفن پاره شد. و سرانجام ساعت ۴ بعد از ظهر ، پیکر در یک تابوت فلزی، دوباره به بهشت زهرا(س) بازگردانده شد و توسط ناطق نوری به خاک سپرده شد. خبر رحلت امام‌خمینی بی‌درنگ در صدر خبرهای جهان قرار گرفت و بازتاب گسترده‌ای در منطقه و جهان داشت و مسلمانان زیادی در جهان، اعم از شیعه و سنی، اقدام به برپایی مجالس سوگواری کردند. رهبران، مقامات، شخصیت‌ها، سازمان‌ها و گروه‌های جهانی نیز با حضور یا فرستادن پیام، درگذشت امام‌خمینی را تسلیت گفتند.