قضاوت، حکم‌کردن برای رفع نزاع و غیر آن بر اساس احکام شرعی.
امام‌خمینی، صفاتی برای قاضی چون: بلوغ، عقل، ایمان، عدالت، اجتهاد مطلق، برشمرده و بنابر احتیاط واجب، اعلمیت در محل سکونت و غلبه‌نکردن نسیان را نیز افزوده است. رعایت شرط اجتهاد مطلق برای همه قاضیان، قوه قضاییه را پس از پیروزی انقلاب دچار مشکل کرد. از این‌رو امام‌خمینی، اجازه داد افراد غیر مجتهد با احراز صلاحیت علمی، متصدی امر قضاوت شوند. این افراد «قاضی مأذون» نام گرفتند.
به نظر امام‌خمینی، جایز نیست که قاضی از دو طرف دعوا، دستمزد بگیرد، و درباره دریافت دستمزد از بیت‌المال در فرض نیاز قاضی و بی‌نیازی او، به جواز فتوا داده است. امام‌خمینی، به‌صراحت تصدی منصب قضاوت توسط فرد غیر مجتهد به صورت وکالت از مجتهد را جایز نمی‌داند و به وجوب رفتار مساوی قاضی با دو طرف دعوا فتوا داده‌‌است. ایشان، باور دارد قاضی غیر معصوم در همه موارد می‌تواند بر اساس علم خود حکم کند، به نظر ایشان، حتی اگر بینه بر خلاف علم قاضی باشد، نمی‌تواند طبق بینه حکم کند. امام‌خمینی، قائل است، تشخیص مدعی و منکر، امری عرفی است و شارع دراین‌باره اصطلاح ویژه‌ای ندارد. ایشان، درخواست تجدید نظر در حکم قاضی را در دو پذیزفته: نخست احراز عدم صلاحیت قاضی برای قضاوت و دوم مخالفت حکم قاضی با ضروریات فقه.
امام‌خمینی، دو فرمان مهم در راستای اصلاح امر قضاوت در ایران صادر کرد. نخست به لغو همه قوانین غیر اسلامی فرمان داد و دیگر اینکه فرمان هشت‌ماده‌ای صادر کرد که در آن بر اسلامی‌کردن دستگاه قضا و اصلاح آن تأکید شده بود. امام‌خمینی، به دستگاه قضایی پیش از انقلاب انتقادهایی داشت و در آغاز پیروزی، بر اسلامی‌بودن دادگستری در ایران تأکید فراوان کرد و برای رسیدن به این هدف، پیوسته و گاهی با لحن عتاب‌آلود، روحانیان و مجتهدان حوزه‌های علمیه را به ورود به دستگاه قضایی و تصدی امر قضاوت فرا می‌خواند.