امامت رهبری و ریاست عام امام معصوم(ع)، در امور دین و دنیا است. امام‌خمینی جایگاه امامت را در اسلام، رفیع و هم‌تراز با قرآن دانسته که بدون آن، قرآن به‌طور کامل اجرا نمی‌شود. مسئله امامت در میان علمای اسلامی اهمیت بسیاری دارد. در مذهب تشیع، امامت از اساسی‌ترین مبانی عقیدتی است، برخلاف باور اهل‌سنت که این مسئله را از فروع دین می‌دانند.
نگرش امام‌خمینی به جایگاه امامت افزون بر گرایش عرفانی که از روایات اقتباس شده، کلامی و اجتماعی است. به باور او، امامت یک اصل الهی برخاسته از متن دینی برای راهبری جامعه است که بدون آن سعادت جامعه تحقق نمی‌یابد و این اصل را از اصول مذهب می‌شمارد. او برای امامت ویژگی‌هایی برمی‌شمارد ازجمله: ۱- عصمت ۲-علم لدنی ۳-حجت الهی ۴- ولایت باطنی ۵- عبودیت کامل.
امام‌خمینی در بیان دلیل عقلی بر امامت، امام را نگهبان دین و حافظ نظام اسلامی و حافظ وحدت مسلمانان می‌داند که تنها با وجود او احکام دین و اجرای آنها استمرار می‌یابد. ایشان با استناد به روایتی معتقد است جعل و نصب اولوالامر از ناحیه خداوند دلیل‌های زیادی دارد ازجمله: حفظ مردم در راه درست و تجاوز نکردن از حدود و قوانین می‌باشد. از این روی ایشان وجوب تعین و تصریح به خلافت ظاهری را از بزرگ‌ترین واجبات بر رسول خدا می‌داند که سهل‌انگاری در آن موجب پراکندگی امر امت و اختلال در اساس نبوت و نابودی آثار شریعت می‌شود.