کربلا، محل شهادت و حرم امام‌حسین(ع) و از شهرهای زیارتی امام‌خمینی.
امام‌خمینی به زیارت سیدالشهدا(ع) از دور و نزدیک بسیار اهمیت می‌داد و از آغاز ماه محرم تا چهل روز زیارت عاشورا می‌خواند، با شنیدن نام امام‌حسین(ع) بی‌اختیار اشک می‌ریخت، به زیارت کربلا و درس‌گرفتن از واقعه عاشورا توجه ویژه داشت و راه احیای اسلام را زنده نگه‌داشتن یاد کربلا و نام سیدالشهدا(ع) می‌دانست.
مهمترین سفر امام‌خمینی به کربلا در پی تبعید از ترکیه به عراق در مهر ۱۳۴۴ صورت گرفت. ایشان پس از اقامتی چندروزه در کاظمین و زیارت امام‌کاظم(ع) و امام‌جواد(ع) و پس از زیارت عسکریین(ع) در سامرا، در عصر جمعه ۱۶/۷/۱۳۴۴ عازم کربلا شد و برای زیارت یکسره به حرم سیدالشهدا(ع) رفت.
سیدمحمد شیرازی پیش‌نماز صحن سیدالشهدا(ع) از امام‌خمینی درخواست کرد به جای وی در صحن امام‌حسین(ع) نماز بگذارد و ایشان پذیرفت و سه روز نماز مغرب و عشا را اقامه کرد. مردم و علما در این مدت به دیدار امام‌خمینی می‌رفتند و ایشان نیز از علمای دیدارکننده بازدید می‌کرد.
امام‌خمینی در مدت اقامت در نجف نیز مقید بود برای زیارت‌های مخصوص هفت‌گانه امام‌حسین(ع) به کربلا برود، ازجمله اول رجب، نیمه رجب، نیمه شعبان، عید فطر، عرفه، عید قربان و اربعین. ایشان هر سال در ماه محرم هفتم تا سیزدهم و ایام فاطمیه نیز به کربلا مشرف می‌شد و ماه رجب را ماه زیارتی کربلا می‌دانست. امام‌خمینی سعی می‌کرد در هر سفر زیارتی یک شب جمعه را در کربلا بماند.
امام‌خمینی در روزهای اقامت در کربلا هر روز در دو نوبت، ساعت نُه صبح و پس از نماز مغرب و عشا به حرم سیدالشهدا(ع) و حضرت عباس(ع) مشرف می‌شد و مقید بود به طور متعارف زیارت کند و در هر بار تشرف به حرم، افزون بر زیارت عاشورا، زیارت جامعه کبیره می‌خواند.