دانشگاه، جایگاه، مسئولیت و نقش مراکز آموزش عالی. امام‌خمینی در نکوداشت نقش دانشگاه، دانشگاهیان را فرزندان اسلام می‌خواند و بر نقش اثرگذار دانشگاه در حفظ و تداوم انقلاب اسلامی، تأکید می‌کرد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران توجه امام‌خمینی به دانشگاه بیشتر شد و بزرگ‌ترین پیروزی را آشتی میان دانشگاه و حوزه شمرد. او هدف از تشکیل دانشگاه را بسیار فراتر از تربیت متخصص، بلکه تربیت انسان متعهد به اسلام، خداجو، خادم به مردم و متکی به نیروی حق می‌دانست که با اتکای به ایمان، مرعوب تطمیع بیگانگان نمی‌شود، زیر بار ستم نمی‌رود، در برابر تهدیدها مقاومت می‌کند و به انفعال و تسلیم تن نمی‌دهد. امام‌خمینی با نامطلوب‌دانستنِ دانشگاه وابسته به بیگانه و عاری از آموزه‌های اسلام در زمان پهلوی، پیامد آن را فساد جامعه و عامل عقب‌ماندگی مملکت می‌شمرد. بر همین اساس طرح اسلامی‌کردن دانشگاه‌ها، از اهداف مهم شورای انقلاب فرهنگی تعیین شد. ایشان اصلاح فرهنگی را تدریجی و درازمدت می‌خواند و بر استقلال فکری و فرهنگی در دانشگاه، سالم‌سازی دانشگاه و برخورد هوشمندانه با انحرافات تأکید می‌کرد. نظام آموزش عالی جدید در ایران، در سال ۱۲۲۹ به دست میرزاتقی‌خان امیرکبیر در تهران پایه‌ریزی شد. با افتتاح دانشگاه تهران در ۱۳۱۳ و سپس گسترش تأسیس دانشگاه در شهرهای مختلف، وزارت علوم و آموزش عالی برای ساماندهی متمرکز آموزش عالی تأسیس شد (۱۳۴۶). در دوران نهضت اسلامی، دانشگاه جایگاه بالایی داشت و سنگر محکمی برای دفاع از امام‌خمینی و انقلاب بود.