حضرت فاطمه معصومه(س)، بانوی والامقام اهل بیت(ع)، فرزند امام‌موسی‌بن‌جعفر(ع)، خواهر امام رضا(ع) و مدفون در قم. امام‌خمینی در قصیده‌ای فاطمه معصومه(س) را معجزه امام‌کاظم(ع) و جلوه‌ای از نور پیامبر(ص) و امیرالمؤمنین(ع) و فاطمه زهرا(س) دانسته است؛ نوری که مایه آبروی ممکنات است. ایشان اوصاف و کمالات فراوانی را در کنار فاطمه زهرا(س) برای فاطمه معصومه(س) نیز برشمرده که به خوبی گویای جایگاه والا و متمایز این بانوی جلیل‌القدر از خاندان پیامبر(ص) در منظومه معرفتی امام‌خمینی است. حضرت معصومه(س) عالم و آگاه به مسائل اسلامی بود و از ایشان احادیثی نقل شده است. امام‌رضا(ع) از خواهر خود با لقب معصومه(س) یاد کرده است. امام‌صادق(ع)، از دفن‌شدن بانویی از فرزندانش به نام فاطمه در قم یاد کرده که به شفاعت او همه شیعیان وارد بهشت می‌شوند. برای حضرت معصومه(س) زیارتنامه‌ای از امام‌رضا(ع) رسیده است که نشان می‌دهد ایشان دارای مقام شفاعت و در نزد خدا دارای جایگاه بلندی می‌باشد. امام‌خمینی همانند دیگر علما و بزرگان، زیارت فاطمه معصومه(س) را عبادت می‌دانست و به زیارت ایشان توجه ویژه نشان می‌داد و به ایشان توسل می‌جست و ضریح حضرت را می‌بوسید و قم را بهشت برین نامیده و وجود فاطمه معصومه(س) را موجب نورانیت و قداست آن می‌دانست.