وحدت حوزه و دانشگاه، چرایی و چگونگی ایجاد وحدت میان دو نهاد علمی ـ آموزشی. امام‌خمینی معتقد بود پیوند حوزه و دانشگاه موجب اتحاد همه اقشار ملت می‌شود. مراد از وحدت در وحدت حوزه و دانشگاه، اتحاد یا همان وحدت عرفی است. این دو نهاد در جوامع اسلامی مغز متفکر جامعه و مرکز تولید نظریات علمی هستند که در ساختار جامعه و روابط اجتماعی نقشی تعیین‌کننده دارند. وحدت حوزه و دانشگاه در نگاه امام‌خمینی وحدت در ساختار و روش نیست؛ بلکه نوعی هماهنگی بین این دو نهاد است. اهتمام ایشان به وحدت آرمانی، اخلاقی، سیاسی و اجتماعی بود و بیشتر ناظر به وحدت روحانی و دانشگاهی است تا وحدت حوزه و دانشگاه. ایشان در برقراری پیوند حوزه و دانشگاه، این دو را دو شاخه از یک شجره طیبه و دو بازو از یک مقام انسان روحانی نامید که فرجام تلاش هر دو انسان‌سازی است. دو شاخه از یک شجره بودن، نشانه حفظ هویت مستقل هر دو نهاد است و شرط لازم پیوند حوزه و دانشگاه، احترام متقابل هر دو قشر به یکدیگر است.