قائم‌مقام رهبری: تفاوت میان نسخه‌ها

بنا بر اصل پنجم [[قانون اساسی جمهوری اسلامی]] ولایت امر و رهبری امت اسلامی بر عهده [[فقیه|فقیه عادل]] و [[تقوا|باتقوا]] و آگاه به زمان و شجاع و مدیر و مدبر است. امام‌خمینی پس از [[پیروزی انقلاب اسلامی]] منصب رهبری جامعه را در دست داشت. طبق اصل یکصدوهفتم قانون اساسی مصوب ۱۳۵۸ هرگاه یکی از فقهای واجد شرایط از طرف اکثریت قاطع مردم به مرجعیت و رهبری شناخته و پذیرفته شده باشد، همان‌گونه که در مورد [[امام‌خمینی]] صورت گرفت، این رهبر، ولایت امر و همه مسئولیت‌های ناشی از آن را بر عهده خواهد داشت؛ در غیر این صورت [[مجلس خبرگان رهبری|خبرگان منتخب مردم]] دربارهٔ همه کسانی که صلاحیت مرجعیت و رهبری دارند، بررسی و مشورت می‌کنند. هرگاه یک مرجع را دارای برجستگی خاص بیابند، او را برای رهبری به مردم معرفی می‌کنند وگرنه سه یا پنج مرجع واجد شرایط رهبری را برای اعضای شورای رهبری تعیین و به مردم معرفی می‌کنند و طبق اصل یکصدویازدهم هرگاه رهبر از انجام وظایف قانونی خود ناتوان یا فاقد یکی از شرایط رهبری گردد یا معلوم شود از آغاز فاقد برخی از شرایط رهبری بوده از مقام خود برکنار خواهد شد.

در قانون اساسی منصب قائم‌مقام رهبری پیش‌بینی نشده‌است؛ اما مجلس خبرگان رهبریِ دوره نخست با توجه به وضعیت جسمی امام‌خمینی به‌خصوص در شرایط حساس کشور در زمان [[جنگ تحمیلی]]، لازم دانست جانشینی برای ایشان مشخص گردد تا در صورت بروز حادثه‌ای، نظام اسلامی دچار نبود رهبر نشود.<ref>هاشمی رفسنجانی، عبور از بحران، ۴۹۵؛ هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۲۴؛ صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۴۵.</ref> مجلس خبرگان در پی آن بود که آرامش و ثبات موجود نظام در سایه وجود امام‌خمینی به دوره پس از ایشان نیز منتقل شود و امید دشمنان انقلاب برای فروپاشی و شکست جمهوری اسلامی پس از ایشان از میان برود؛<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۴۶–۹۴۷.</ref> بنابراین پس از تشکیل مجلس خبرگان در سال ۱۳۶۲، از نخستین مباحث مطرح‌شده، بحث تعیین جانشین برای امام‌خمینی بود.<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۵۶؛ جنتی، گفتگوها و مقالات: شرایط و وظایف و اختیارات خبرگان ملت، ۵۱.</ref>

جایگاه علمی و سابقه مبارزاتی حسینعلی منتظری در تصمیم‌گیری خبرگان، نقش تعیین‌کننده‌ای داشت. او از شاگردان ویژه [[سیدحسین بروجردی]] و امام‌خمینی بود.<ref>منتظری، مصاحبه، ۲۴۶–۲۴۷؛ مؤسسه تنظیم، ۱/۱۴–۱۶.</ref> پس از انتشار پیش‌نویس قانون اساسی، منتظری با نوشتن نقدی بر آن، ضرورت منتهی‌شدن [[حکومت]] و [[قانون]] به فقیه عادل و آشنای به مسائل روز را مطرح کرد.<ref>جمهوری اسلامی، ۲۴/۴/۱۳۵۸، ۴؛ بیارجمندی، ولایت فقیه و پیش نویس قانون اساسی، ۱۰؛ ورعی، مبانی و مستندات قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، ۸۴.</ref> وی در جایگاه ریاست مجلس خبرگان قانون اساسی نیز در گنجاندن و تثبیت اصل [[ولایت فقیه]] در قانون اساسی نقش بسزایی داشت<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۵۰؛ اداره کل، صورت مشروح مذاکرات مجلس بررسی نهایی قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، ۱/۳۷۳ و ۳۸۴</ref> و با مطرح‌کردن این موضوع در خطبه [[نماز جمعه تهران]] در ۲۳/۶/۱۳۵۸<ref>جمهوری اسلامی، ۲۴/۶/۱۳۵۸، ۵.</ref> و تدریس مبانی آن پس از پیروزی انقلاب اسلامی در بیش از پنج سال در [[حوزه علمیه قم]] و انتشار آن در چهار جلد ثابت کرد که انتخاب امت یک راه عقلایی برای انعقاد امامت و ولایت در روزگار غیبت است و [[شارع مقدس]] نیز آن را امضا کرده‌است.<ref>منتظری، دراسات، ۱/۵۱۱.</ref>

منتظری از آغاز نهضت امام‌خمینی در سال ۱۳۴۲ از پیروان و حامیان جدی ایشان بود و به همین جهت چندین بار تبعید و زندانی شد. وی در جریان انقلاب و تحولات آن نیز نقش مؤثری داشت و پس از پیروزی انقلاب اسلامی سِمت‌های گوناگونی را عهده‌دار شد؛ ازجمله طی حکمی از طرف امام‌خمینی به امامت نماز جمعه تهران<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۹/۴۹۲.</ref> و همچنین نمایندگی ایشان در گزینش قضات<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۱۲/۴۱۱.</ref> را بر عهده داشت. نیز امامت نماز جمعه قم،<ref>ایزدی، فقیه عالیقدر آیت‌الله منتظری، ۱/۲۸۵.</ref> انتخاب [[نمایندگان ولی فقیه]] در [[سپاه پاسداران]]، انتخاب [[ائمه جمعه]]، تعیین نمایندگی در دانشگاه‌ها، انتخاب اعضای [[شورای مدیریت حوزه علمیه قم]] و تعیین صلاحیت [[اعضای شورای عالی قضایی]]،<ref>محمدی، منتظری، حسینعلی (آیت‌الله)، ۱/۴۰۱.</ref> ارجاع احتیاطات فقهی از سوی امام‌خمینی به ایشان، تعیین نماینده در هیئت هفت‌نفریِ واگذاری زمین،<ref>خمینی، رنجنامه، ۴۷.</ref> بخشی از مسئولیت‌ها و امور نشان‌دهنده جایگاه منتظری پیش از قائم‌مقامی وی بود.

موضوع جانشینی برای امام‌خمینی یکی از دغدغه‌های مسئولان نظام، برخی از اعضای مجلس خبرگان رهبری و بسیاری از دلسوزان نظام بود. تجربیات تاریخی، همانند آنچه پس از رحلت پیامبر اکرم (ص) در میان [[مسلمانان]] اتفاق افتاد و تجربه تلخ [[مشروطه]] که به انزوای روحانیت و در نتیجه به حاکمیت سیاست‌های ضداسلامی [[دوره پهلوی]] منجر شد، رهبران انقلاب اسلامی را به این فکر واداشت که با تعیین جانشین برای امام‌خمینی در شرایطی که هنوز ایشان زنده بود، تداوم [[انقلاب]] و [[نظام اسلامی]] را تضمین کنند. نکته‌ای که بحث جانشینی را حساس‌تر می‌کرد سن بالا و بیماری قلبی امام‌خمینی بود که مسئولان را از آغاز پیروزی انقلاب به فکر و چاره‌جویی دراین‌باره واداشته بود و خود ایشان نیز به این مسئله توجه داشت.<ref>هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۸۹–۹۰ و ۱۰۳.</ref> این دغدغه از سال ۱۳۶۴ جدی‌تر شد؛ حتی بیت امام‌خمینی نیز نگران این موضوع بود. همگان در پی شخصیتی بودند که برای امام‌خمینی شناخته‌شده و مورد قبول مردم نیز باشد و نخستین شخصی که مطرح شد، منتظری بود.<ref>دری نجف‌آبادی، خاطرات حجت‌الاسلام و المسلمین دری نجف‌آبادی، ۲۳۲–۲۳۳.</ref> [[سیداحمد خمینی]] می‌گوید پیشنهاد قائم‌مقامی منتظری را او در سال ۱۳۵۸ داده‌است.<ref>خمینی، رنجنامه، ۱۸.</ref> [[اکبر هاشمی رفسنجانی]] در خاطرات سال ۱۳۶۰ خود، از پیشنهادها و نگرانی برخی ازجمله سیداحمد خمینی و مخالفت عده‌ای در حوزه علمیه قم با جانشینی منتظری سخن به میان آورده و خود او نیز این موضوع را با اهمیت دانسته‌است.<ref>هاشمی رفسنجانی، عبور از بحران، ۴۷۷.</ref>

به‌دنبال احساس ضرورت یادشده، در جلسه چهارم اجلاسیه خبرگان در ۲۴/۴/۱۳۶۴ این موضوع بررسی شد که آیا مجلس خبرگان برای آنکه کشور بدون رهبر نباشد، می‌تواند آینده را پیش‌بینی کند یا باید پس از وقوع حادثه برای رهبری تشکیل جلسه دهد. سرانجام به عنوان [[مقدمه واجب]]،<ref>هاشمی رفسنجانی، جمهوری اسلامی، ۶/۱۰/۱۳۶۴، ۱۲.</ref> طرحی به امضای گروهی از اعضای مجلس خبرگان تقدیم مجلس شد که در آن خواسته شده بود که مجلس خبرگان با استفاده از فرصت آرام کنونی و با وجود حضور امام‌خمینی، برای شناسایی رهبری آینده از میان فقهای دارای شرایط اصل ۵ و ۱۰۹ قانون اساسی اقدام کند.<ref>امینی، خاطرات آیت‌الله ابراهیم، ۲۵۴.</ref> بر همین اساس مجلس خبرگان به بررسی افراد دارای شرایط از میان مراجعِ موجود پرداخت.<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۵۶.</ref> در این جلسه حدود پنجاه نفر از خبرگان رهبری طرحی پیشنهاد دادند که بر اساس آن منتظری را برای رهبری آینده ایران پس از امام‌خمینی انتخاب کردند. با وجود بحث‌های فراوان دربارهٔ این پیشنهاد، فرصت کافی برای به‌پایان‌بردن بحث پیدا نشد و تصمیم گرفته شد که برای جستجو از افراد دیگری برای این منصب، این پیشنهاد به کمیسیونی واگذار شود.<ref>هاشمی رفسنجانی، جمهوری اسلامی، ۶/۱۰/۱۳۶۴، ۱۲.</ref> [[سیدعلی خامنه‌ای]] اصرار بر اتمام کار در همین جلسه داشت که سرانجام با پیشنهاد [[علی‌اکبر مشکینی]] قرار شد ظرف دو یا سه ماه آینده اجلاسیه‌ای برگزار شود و پنج نفر برای تحقیق دربارهٔ رهبر آینده مشخص شدند؛<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۱۹۱.</ref> اما منتظری خود از آغاز با پذیرش این منصب موافق نبود و در ۳۰ شهریور ۱۳۶۴ در نامه‌ای خطاب به علی‌اکبر مشکینی رئیس مجلس خبرگان، ‏ مخالفت خود را با انتصاب به این جایگاه اعلام کرد<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۴۷۳–۴۷۴.</ref> و این کار را برخلاف سیاست کشور و مصلحت روحانیت و شخص خود شمرد.<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۶۵۶–۶۵۵.</ref> وی در سال‌های بعد، پس از کناره‌گیری یا برکناری از قائم‌مقامی، با تأکید بر اینکه از آغاز قصد رهبرشدن نداشته‌است، طرح قائم‌مقامی خود از سوی خبرگان را برنامه‌ای برای از میان‌بردن آبروی خود شمرده‌است.<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۴۷۱–۴۷۲ و ۶۴۸.</ref>

مجلس خبرگان رهبری در اجلاس فوق‌العاده‌ای در ۱۸ آبان ۱۳۶۴ به ریاست مشکینی دربارهٔ جانشینی منتظری به گفتگو نشست. در آغاز جلسه، نامه منتظری خوانده شد که خواسته بود خبرگان از انتخابِ او برای جانشینی امام‌خمینی در زمان حیات ایشان خودداری کنند؛<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۱۷.</ref> ولی خبرگان نامه وی را از روی تواضع دانستند<ref>امینی، خاطرات آیت‌الله ابراهیم، ۲۵۷.</ref> و قائم‌مقامی او را با بیش از دوسوم آرا تصویب کردند.<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۱۷–۳۱۸؛ امینی، خاطرات آیت‌الله ابراهیم، ۲۵۵؛ منتظری، خاطرات، ۱/۴۷۳.</ref> در ۱۹ آبان ۱۳۶۴ متن پیشنهادی قائم‌مقامی وی که به قلم سیدعلی خامنه‌ای نوشته شده بود، با اصلاحات جزئی به تصویب رسید و منتظری به عنوان منتخب مردم برای جانشینی امام‌خمینی و مورد تأیید مجلس خبرگان رهبری معرفی شد.<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۱۸.</ref> اعضای خبرگان بر آن بودند که این موضوع محرمانه بماند و علنی نشود؛ اما [[هادی باریک‌بین]]، نماینده خبرگان از [[قزوین]] این مسئله را علنی ساخت و مجلس خبرگان به‌ناچار آن را تأیید کرد<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۳۳؛ دری نجف‌آبادی، خاطرات حجت‌الاسلام و المسلمین دری نجف‌آبادی، ۲۳۳.</ref> و خبر آن در ۳/۱۰/۱۳۶۴ در روزنامه‌های سراسری اعلام شد. جانشینی منتظری برای پس از امام‌خمینی در جامعه و رسانه‌ها به «قائم‌مقام رهبری» تعبیر شد.<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۴۷؛ مشکینی، زندگی و مبارزات آیت‌الله مشکینی، ۳۳۳.</ref>

امام‌خمینی یک روز پیش از تشکیل نخستین جلسه مجلس خبرگان برای بررسی صلاحیت منتظری برای قائم‌مقامی در ۲۵/۴/۱۳۶۴ در دیدار با [[محمد محمدی گیلانی]] سخنان او را بر توانایی‌نداشتن منتظری برای رهبری آینده تأیید کرد و از وی خواست نظر خودش و نظر ایشان را به خبرگان منتقل کند؛ ولی با ابراز نگرانی از برخورد دوستان منتظری با او در آینده درخواست کرد که این مطلب را هاشمی رفسنجانی به اطلاع خبرگان برساند و امام‌خمینی از طریق محمدی گیلانی، [[هاشمی رفسنجانی]] را احضار کرد اما در دیدار با وی با توجه به دعوت اعضای خبرگان به جلسه فوق‌العاده و تصریح به موضوع دستور جلسه، اعلام نظر خود را به صلاح نظام و منتظری ندانست و از هاشمی خواست از طرح نظر ایشان برای خبرگان خودداری کند و شرح آن را محمدی گیلانی در اجلاسیه خرداد ۱۳۶۸ که پس از رحلت امام‌خمینی برای انتخاب جانشینی ایشان تشکیل شد، به‌خوبی داده‌است.<ref>هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۹۱–۹۵.</ref>

با رسانه‌ای‌شدن موضوع قائم‌مقام رهبری بسیاری از فضلا و طلاب حوزه و نهادهای دولتی و انقلابی از آن حمایت کردند. بیش از سه هزار نفر از طلاب و فضلای حوزه علمیه قم با ارسال طوماری به دفتر امام‌خمینی از قائم‌مقامی وی حمایت کردند.<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۱۴–۸۴.</ref> طلبه‌های شهرهای گوناگون در تلگرامی به امام‌خمینی، این انتخاب را تبریک گفتند.<ref>جمهوری اسلامی، ۲۵/۱۰/۱۳۶۴، ۴.</ref> [[دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم]] در اطلاعیه‌ای آن را به مردم تبریک گفت و آثار روانی آن را برای ناامیدشدن دشمنان مثبت شمرد.<ref>جمهوری اسلامی، ۱۳/۹/۱۳۶۴، ۴.</ref> [[نمایندگان مجلس شورای اسلامی]] در نامه‌ای این انتخاب را به امام‌خمینی تبریک گفتند.<ref>جمهوری اسلامی، ۱۸/۹/۱۳۶۴، ۵.</ref> [[ائمه جمعه]] سراسر کشور در اطلاعیه‌های گوناگون از انتخاب مجلس خبرگان حمایت کردند.<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۸۴–۸۷.</ref> [[سیدعلی خامنه‌ای]] امام‌جمعه تهران نیز، پس از علنی‌شدن کار خبرگان در انتخاب جانشین، در [[خطبه نماز جمعه]] ۸/۱۰/۱۳۶۴ تصمیم مجلس خبرگان دربارهٔ رهبری آینده نظام را حرکتی مناسب، بجا و شایسته شمرد و با رد تحلیل‌های وارونه و خبرهای ناقصِ خبرگزاری‌های خارجی و مردودخواندن اینکه این موضوع تهدید نظام است، آن را نشانه ثبات نظام خواند و تصریح کرد کار مجلس خبرگان آینده‌نگری است و خبرگان نظام در زمان مناسب دربارهٔ رهبری نظام تصمیم گرفتند و این نهاد متشکل از ده‌ها عالم و از نهادهای مورد اعتماد و برگزیده مردم است که یکی از برجسته‌ترین چهره‌های انقلاب را از جهت علم و عمل و حضور در صحنه‌های انقلاب و شاگرد وفادار و علاقه‌مند به امام‌خمینی را برای قائم‌مقامی ایشان برگزیدند.<ref>جمهوری اسلامی، ۱۰/۱۰/۱۳۶۴، ۱۱.</ref>

افزون بر موارد یادشده روحانیان حوزه علمیه قم با امضای طوماری از انتخاب منتظری برای رهبری آینده انقلاب حمایت کردند.<ref>جمهوری اسلامی، ۱/۱۱/۱۳۶۴، ۴.</ref> [[احمد جنتی]] امام‌جمعه موقت قم از هراس عوامل داخلی آمریکا از این موضوع سخن گفت.<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۱۱۷.</ref> [[محمدعلی صدوقی]] امام‌جمعه یزد، [[عطاءالله اشرفی اصفهانی]] امام‌جمعه کرمانشاه، [[ابوالحسن شیرازی]] امام‌جمعه مشهد، [[سیدجلال‌الدین طاهری]] اصفهانی امام‌جمعه اصفهان، [[علی‌اکبر مشکینی]] رئیس مجلس خبرگان و امام‌جمعه قم، [[اکبر هاشمی رفسنجانی]] رئیس مجلس شورای اسلامی و نایب‌رئیس مجلس خبرگان، محمد محمدی گیلانی عضو شورای نگهبان، [[عبدالله جوادی آملی]] استاد برجسته حوزه علمیه قم، در سخنانی این انتخاب را به مصلحت کشور شمردند.<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۱۱۱–۱۱۸.</ref> در هم‌اندیشی فرماندهان پایگاه‌های بسیج در ۶/۱۰/۱۳۶۴، از قائم‌مقامی منتظری حمایت شد.<ref>جمهوری اسلامی، ۷/۱۰/۱۳۶۴، ۱۲.</ref> بیش از ۱۵ انجمن اسلامیِ اداره‌ها و نهادهای استان فارس نیز از انتخاب وی به رهبری آینده ایران جانبداری کردند.<ref>جمهوری اسلامی، ۱۲/۱۱/۱۳۶۴، ۴.</ref> طلاب قم و دانشجویان تصمیم گرفتند برای تأیید موضوع راهپیمایی کنند که به درخواست منتظری لغو شد.<ref>جمهوری اسلامی، ۲۷/۱۰/۱۳۶۴، ۴.</ref> [[خانه کارگر]] و [[دفتر تحکیم وحدت]] از این موضوع استقبال کردند.<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۵۴.</ref> روحانیان و [[ائمه جمعه اهل سنت]] سیستان و بلوچستان، کردستان، آذربایجان غربی و گنبدکاووس از این موضوع استقبال کردند.<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۱۲۱–۱۲۵.</ref> علمای بسیاری از دیگر کشورهای اسلامی ازجمله، سیدعارف‌حسین حسینی، سیدریاض حسین نجفی و سیدحیدر رضوی از علمای پاکستان، سیدحسین موسوی و گروهی دیگر از علمای هند، [[سیدکاظم حائری]]، [[سیدحسن صدر]] و عده دیگر از [[علمای عراق]] نیز ضمن فرستادن پیام، این انتخاب را تأیید کردند؛<ref>جمعی از طلاب، بیعت با حماسه قرن، ۱۲۵–۱۲۷؛ کیهان، ۲۳/۱۰/۱۳۶۴.</ref> با این حال، برخی از علما ازجمله [[سیدصادق روحانی]] از علمای سرشناس قم با قائم‌مقامی منتظری مخالف بودند.<ref>کیهان، ۲۳/۱۰/۱۳۶۴؛ صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۹۵۴.</ref>

خبر قائم‌مقامی منتظری در رسانه‌های جهان نیز تفسیر و تحلیل شد. برخی از روزنامه‌های خارجی به‌خطرافتادن سلامتی امام‌خمینی را باعث گزینش منتظری برای رهبری آینده ایران شمردند<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۳۳.</ref> و برخی دیگر آن را از مایه‌های نگرانی نظام اسلامی برشمردند که در نهایت به اشتباه خود اعتراف کردند<ref>جمهوری اسلامی، ۱۰/۱۰/۱۳۶۴، ۱۱.</ref> و همه امیدهای آنان بر باد رفت.<ref>جمهوری اسلامی، ۲۳/۱۰/۱۳۶۵، ۵.</ref>

منتظری با استفاده از این جایگاه به مناسبت‌های گوناگون به مردم نیز رهنمود می‌داد؛<ref>ایزدی، فقیه عالیقدر آیت‌الله منتظری، ۱/۲۸۲؛ جمهوری اسلامی، ۱۲/۵/۱۳۶۶، ۱۲.</ref> ازجمله پیام به نشست‌های سالانه انجمن‌های اسلامی دانشجویان و دانشگاه‌های کشور،<ref>منتظری، پیام مهم، ۴.</ref> حمایت از مواضع امام‌خمینی در محکوم‌کردن آل سعود در [[کشتار حاجیان ایرانی]]<ref>جمهوری اسلامی، ۱۲/۵/۱۳۶۶، ۱۲.</ref> و [[پذیرش قطعنامه ۵۹۸|پذیرش قطعنامه ۵۹۸ در سال ۱۳۶۷]].<ref>جمهوری اسلامی، ۱۰/۵/۱۳۶۷، ۱۲.</ref> مسئولان بلندپایه نظام نیز همواره با وی دیدار و گزارش کارهای جاری مملکت را به وی ارائه می‌کردند؛<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۹۴؛ هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۱۰۴.</ref> چنان‌که ایشان گاهی در جلسه سران قوا نیز شرکت می‌کرد.<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۴۳۳.</ref> منتظری در همان روزهای اول انتخاب در جلسه سران سه قوه انتقادها و پیشنهادهایی دربارهٔ وضع اقتصاد کشور و عملکرد [[قوه قضاییه]] و جنگ ارائه کرد که به نظر هاشمی رفسنجانی رئیس وقت مجلس شورای اسلامی مخلوطی از مطالب درست و نادرست بود.<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۳۹۶.</ref> امام‌خمینی نیز به برخی از درخواست‌های منتظری دربارهٔ اداره کشور پاسخ مثبت می‌داد و برخی را نمی‌پذیرفت.<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ۴۳۹.</ref>

[[امام‌خمینی]] چنان‌که خود تصریح کرده‌است، منتظری را برای تصدی جایگاه رهبری مناسب و توانا نمی‌دانست. از سوی دیگر، ایشان از اینکه منتظری با توجه به موقعیت بالای خود و به‌رغم تذکرات و تلاش‌های سران کشور در بیان واقعیات برای وی، موضع کاملاً انتقادی به خود گرفته بود و آشکارا به ارگان‌ها ازجمله [[مجلس]]، [[دولت]] و [[قوه قضاییه]] و نیز [[جنگ]] انتقاد می‌کرد و حالت افشاگری پیدا کرده بود، ناراحت بود؛<ref>هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۱۰۴.</ref> ولی همواره در صدد اصلاح، حفظ و نگهداری وی بود<ref>خمینی، رنجنامه، ۱۵.</ref> و چنان‌که خود در ۲۶ فروردین ۱۳۶۸ در نامه به نمایندگان مجلس شورای اسلامی و وزرای دولت خاطرنشان ساخته، بیش از دو سال در این راستا با رهنمودهای شفاهی و نوشتاری خود تلاش کرد؛<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۵۰.</ref> ازجمله در یازدهم فروردین ۱۳۶۵ در حالی‌که دوره نقاهت ناشی از یک بیماری دشوار را می‌گذرانید، به وی پیغام داد که حرف‌های خود را با مشورت قبلی با صاحب‌نظران بزند؛<ref>هاشمی رفسنجانی، اوج دفاع، ۴۶.</ref> همچنین در ۲۳ تیر ۱۳۶۵ به وی پیغام داد به عملکرد نیروهای قضایی در جریان اعتصاب عده‌ای از پزشکان در اعتراض به لایحه نظام پزشکی دخالت نکند<ref>هاشمی رفسنجانی، اوج دفاع، ۱۷۳.</ref> و با سخنان خود بهانه به دست دشمنان به‌ویژه رادیو بغداد ندهد.<ref>مهدوی کنی، خاطرات آیت‌الله مهدوی کنی، ۳۵۹.</ref>

امام‌خمینی در پایان سال ۱۳۶۷ به نتیجه قطعی رسیده بود که منتظری توان و صلاحیت لازم را برای رهبری ندارد؛ بنابراین در آخرین روز سال [[محمدعلی انصاری]] را فرستاد تا وصیت‌نامه ایشان را که نزد منتظری بود، پس بگیرد.<ref>مؤسسه اندیشه اسلامی، امام‌خمینی، رهبری و مسئله قائم‌مقامی، ۳۳۲–۳۳۳.</ref>

امام‌خمینی در دوم فروردین ۱۳۶۸ در پیامی خطاب به مهاجران جنگ تحمیلی از همراهی غرب و شرق در نابودی اسلام نوشت که آنان به کمک افراد خودفروخته از [[منافق|منافقان]] و [[لیبرال]]‌ها ‏و [[بی‌دین]]‌ها، دست به کشتن [[روحانیان]] و افراد بی‌گناه می‌زنند و با نفوذ در اداره‌ها و بیوت افرادِ ساده‌اندیش حرف خود را از زبان آنان می‌زنند. ایشان در پایان تهدید کرد با هیچ‌کس پیمان برادری نبسته و دوستی‌اش با افراد، بستگی به درستی راه آنان دارد و اندرز داد که به جای دفاع از منافقان از شهدایی که به دست این گروه کشته شده‌اند دفاع شود.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۲۵–۳۲۶.</ref>

در جامعه، مخاطب نامه امام‌خمینی، منتظری دانسته شد<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی، ۱۲؛ منتظری، خاطرات، ۱/۶۵۹–۶۶۲.</ref> و وی در چهارم فروردین ۱۳۶۸ در نامه‌ای به امام‌خمینی پس از توضیح راه‌های خبری‏ ‏و اطلاعاتی خویش اعلام کرد عمل به نظرهای ایشان را شرعاً بر نظریات خود مقدم می‌دارد و اضافه کرد بیت خود را شعبه‌ای از بیت ایشان می‌داند. منتظری در پاسخ نامناسب‌بودنِ منابع اطلاعاتی خویش مسئولان ارگان‌های دولتی و انقلابی، بولتن‌های محرمانه سپاه، [[وزارت اطلاعات]]، [[وزارت فرهنگ و ارشاد]]، [[وزارت امور خارجه]] و نیز مراجعات مردم و [[ائمه جمعه]] را از منابع اطلاعاتی خود شمرد و در پایان افزود تذکرها و انتقادهایش نه تنها موجب تضعیف نظام نیست که موجب تقویت نظام خواهد بود.<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۶۵۹–۶۶۰.</ref>

گفته شده پیام امام‌خمینی به مهاجران جنگ تحمیلی در دوم فروردین ۱۳۶۸ به‌روشنی نشان می‌داد که ایشان تصمیم نهایی خود را برای برکناری منتظری گرفته‌است و انتشار نامه محرمانه منتظری به امام‌خمینی در اعتراض به [[اعدام‌های سال ۶۷|اعدام عده‌ای از اعضای سازمان مجاهدین خلق]] از [[رادیو بی‌بی‌سی]]، برخورد امام‌خمینی با منتظری را شدت و سرعت بخشید.<ref>محمدی ری‌شهری، سنجه، ۲۷۴.</ref> امام‌خمینی در جلسه‌ای با حضور [[سیدعلی خامنه‌ای|خامنه‌ای]]، [[اکبر هاشمی رفسنجانی|هاشمی رفسنجانی]]، [[میرحسین موسوی]]، [[سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی]] و [[سیداحمد خمینی]] از برکناری قائم‌مقام رهبری سخن به میان آورد و پس از ابراز نگرانیِ حاضران از نبود مرجع واجد شرایط برای جانشینی، وعده داد که موضوع مرجعیت را حل خواهد کرد؛<ref>هاشمی رفسنجانی، بی‌پرده، ۱۲۳.</ref> بنابراین در نهم اردیبهشت در پاسخ به درخواست مشکینی، رئیس [[شورای بازنگری قانون اساسی]] دربارهٔ اعلام نظر ایشان در موضوع بازنگری، شرط مرجعیت را برای رهبری لازم ندانست.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۷۱.</ref>

امام‌خمینی در ششم فروردین ۱۳۶۸‏ در نامه‌ای پس از اشاره به حمایت‌های مداوم منتظری از [[سیدمهدی هاشمی]] و حمایت از منافقانی که با جمهوری اسلامی وارد جنگ مسلحانه شده‌اند، تصریح کرد وی صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌است.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۰–۳۳۲.</ref> ایشان به واسطه سیداحمد خمینی از خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی خواست نامه یادشده را در قم به منتظری برسانند و همچنین مجلس خبرگان تشکیل شود و دربارهٔ برکناری منتظری تصمیم‌گیری کنند. ایشان اصرار داشت این نامه از رسانه‌های عمومی پخش شود. [[علی‌اکبر مشکینی|مشکینی]]، خامنه‌ای، هاشمی رفسنجانی و [[ابراهیم امینی]] شبانه برای مذاکره دراین‌باره با امام‌خمینی به [[جماران]] رفتند و خامنه‌ای و هاشمی دربارهٔ ضرورت حفظ منتظری صحبت کردند که امام‌خمینی با قاطعیت آن را رد کرد. ایشان پیشنهاد تعدیل لحن نامه و نیز عدم پخش آن از صدا و سیما را نیز نپذیرفت که به گریه‌کردن هاشمی رفسنجانی نیز انجامید؛ ولی دربارهٔ اینکه نامه را دیگری ببرد موافقت کرد؛ اما آن شب هنگام طلوع فجر امام‌خمینی به هاشمی رفسنجانی خبر داد که نامه از صدا و سیما پخش نمی‌شود.<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی، ۱۳؛ هاشمی رفسنجانی، حقیقت‌ها، ۱۱۴؛ هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۱۰۸–۱۱۰؛ محمدی ری‌شهری، سنجه، ۲۷۹–۲۸۰.</ref> نامه به دست محمدعلی انصاری برای منتظری فرستاده شد<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۶۷۲؛ مؤسسه اندیشه اسلامی، امام‌خمینی، رهبری و مسئله قائم‌مقامی، ۳۳۷.</ref> و آن زمان نامه پخش عمومی نشد.

منتظری در هفتم فروردین ۱۳۶۸ در پاسخ نامه امام‌خمینی ضمن تشکر از راهنمایی‌های ایشان اطمینان داد که چون گذشته سربازی فداکار و مطیع رهبری و در خدمت اسلام و انقلاب اسلامی خواهد بود و یادآور شد خود نیز از آغاز با قائم‌مقام رهبری خود مخالف بوده‌است و آمادگی خود را برای استعفا از این منصب اعلام کرد و از امام‌خمینی خواست که به خبرگان رهبری دستور دهد مقدمات آن را آماده سازد تا وی بتواند فارغ از مسئولیت‌ها به وظایف علمی خود در حوزه مشغول باشد و ضعف‌های پیش‌آمده که لازمه وجودی هر انسانی است، در سایه رهبری ایشان از میان برود. وی در ادامه به هواداران خود یادآور شد خواست رهبری و خبرگان بر اساس مصلحت بوده‌است و هشدار داد مبادا کسانی به بهانه حمایت از وی کاری انجام دهند یا کلمه‌ای ناگوار بر زبان بیاورند.<ref>← امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۳–۳۳۴</ref>

امام‌خمینی در هشتم فروردین در پاسخ به منتظری یادآور شد همان‌گونه که وی نوشته‌است رهبری نظام جمهوری اسلامی مسئولیت سنگین و خطیری است که بیش از طاقت وی می‌خواهد؛ به همین جهت هر دو از آغاز با انتخاب وی مخالف بوده‌اند؛ ولی خبرگان به این نتیجه رسیده بودند و ایشان نمی‌خواست در محدوده قانونی آنان دخالت کند. سپس از اینکه منتظری آمادگی‌نداشتن خود را برای پست قائم‌مقامی رهبری اعلام کرده، پس از قبول برای استعفا تشکر کرد و در ادامه یادآور شد برای اینکه اشتباهات گذشته تکرار نشود، بیت خود را از افراد ناصالح پاک و از رفت و آمد مخالفان نظام که به اسم علاقه به اسلام و جمهوری اسلامی خود را جا می‌زنند، جلوگیری کند و صلاح منتظری را در این دید که مردم و نظام از نظریات او استفاده کنند و از وی خواست که از حرف‌های رادیوهای بیگانه متأثر نباشد.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۴–۳۳۵.</ref> ایشان در ادامه نامه از طلاب، ائمه جمعه و جماعات، روزنامه‌ها، رادیو و تلویزیون خواست این قضیه را برای مردم روشن کنند که در اسلام مصلحت نظام از مسائلی است که مقدم بر هر چیز است و همه باید تابع آن باشند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۵.</ref> نامه‌های متقابل منتظری و امام‌خمینی، در جامعه، استعفای توأم با عزل منتظری از سوی امام‌خمینی دانسته شد.<ref>روحانی، تاملاتی تاریخی در علل و انگیزه‌های پیدایش جریان آقای منتظری (12)، ۲۳۸.</ref> به گفته سیداحمد خمینی، امام‌خمینی پس از کنارگذاشتن قائم‌مقامِ خود ظرف چند ساعت چندین بار گریست و گفت لحظه‌ای از این واقعه غافل نبوده و برای حفظ نظام ناگزیر از کنارگذاشتنِ منتظری شده‌است.<ref>خمینی، رنجنامه، ۱۴–۱۵.</ref>

۱. نداشتن توانایی برای رهبری: امام‌خمینی در نامه هشتم فروردین ۱۳۶۸ به نداشتن توانایی منتظری برای رهبری نظام جمهوری اسلامی اشاره کرده و یادآور شده‌است رهبری نظام کار مشکل و مسئولیت سنگینی است که تحمل آن بیش از طاقت اوست<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۴.</ref> خود منتظری نیز به گونه‌ای به این واقعیت اشاره کرده و در پاسخ نامه ششم فروردین امام‌خمینی، در ۷/۱/۱۳۶۷ یادآور شده با توجه به مشکلات زیاد و سنگینی بار مسئولیت، مخالف قائم‌مقامی خود بوده‌است.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۳.</ref>

از سوی دیگر، امام‌خمینی منتظری را (نسبت به مسائل جامعه، کشور و انقلاب) ساده‌لوح و ساده‌اندیش نامید و در نامه ۶/۱/۱۳۶۸ پس از برکناری به همین جهت از او خواست در هیچ کار سیاسی دخالت نکند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۱.</ref> سیداحمد خمینی به نمونه‌هایی از این ضعف اشاره کرده‌است؛<ref>← خمینی، رنجنامه، ج و م.</ref> برای نمونه منتظری به افراد سازمان مجاهدین خلق که پرونده آنان پر از جنایت‌هایی همچون ترور، انفجار، جاسوسی و جنگ مسلحانه علیه مردم و نظام اسلامی بود، خوش‌بین بود و تفکر آنان را نوعی برداشت و منطق به‌شمار می‌آورد و معتقد بود فکر و منطق را هرچند غلط، باید با منطق جواب داد؛<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۶۲۴–۶۲۶.</ref> همچنین در شرایطی که آتش جنگ شعله‌ور بود و منطق حکم می‌کرد همه چیز در خدمت نیروهای رزمنده و در جهت تقویت روحیه رزمندگان به کار گرفته شود، او بر اساس شنیده‌ها برعکس عمل می‌کرد.<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۵۸۱–۵۸۶ و ۱۰۵۶–۱۰۶۰.</ref> نمونه دیگر اینکه پس از اعتراف‌های سیدمهدی هاشمی و اثبات قاتل‌بودن وی باز هم به‌اصرار از امام‌خمینی درخواست عفو برای او داشت.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۰؛ محمدی ری‌شهری، سنجه، ۲۵۰–۲۵۴.</ref> امام‌خمینی در پیام به مهاجرین جنگ تحمیلی با اشاره تلویحی به وی یادآور شد نفوذی‌ها حرف‌های خود را از دهان ساده‌اندیشان موجه می‌زنند؛<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۲۶.</ref> اما منتظری خود معتقد است که صداقت، رفاقت و دلسوزی وی برای نظام و امام‌خمینی و نیز صراحت او در نقد و انتقاد به سادگی او تعبیر شده‌است.<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۵۹۸.</ref>

۲. نگرانی استحاله و دگرگونی نظام: امام‌خمینی در نامه‌ها و پیام‌های خود در زمانِ منتهی به برکناری منتظری، از خطر دگرگونیِ نظام در صورت ادامه‌داشتنِ قائم‌مقامی وی نگران بوده‌است؛<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۲۷۳–۲۹۳ و۳۳۳.</ref> ازجمله منتظری که به گمان خود امام‌خمینی از نزدیک اطلاع و دخالتی در جنگ نداشت و گزارش‌های غلط دربارهٔ جنگ و پیروزی‌ها به ایشان می‌دادند و امور جنگ عملاً در اختیار هاشمی رفسنجانی و سیداحمد خمینی بود،<ref>منتظری، خاطرات، ۱/۵۸۴–۵۸۵.</ref> در ۲۲ بهمن ۱۳۶۷ در سخنرانی‌ای عمومی در دستاوردهای جنگ تردید کرد.<ref>کیهان، ۲۳/۱۱/۱۳۶۷.</ref> پس از این سخنرانی، امام‌خمینی در ۳/۱۲/۱۳۶۷ ضمن پیام مهمی خطاب به [[مراجع تقلید]]، روحانیان، مدرسان، طلاب و ائمه جمعه و جماعات، که به [[منشور روحانیت]] معروف شد، به اظهارات منتظری پاسخ داد. ({{ببینید|متن=ببینید|روحانیت}}) ایشان در این پیام طولانی، بدون نام‌بردن از وی، تحلیل وی از جنگ را غلط ارزیابی کرد و به سبب این تحلیل رسماً از خانواده‌های شهدا و جانبازان عذرخواهی و اعلام کرد جمهوری اسلامی در جنگ برای یک لحظه هم پشیمان از عملکرد خود نیست و به طلاب هشدار داد که از تجربه تلخ روی‌کارآمدن انقلابی‌نماها و «به ظاهر عقلای قوم» عبرت بگیرند و اینکه مبادا گذشته تفکر و خیانت آنان فراموش و دلسوزی‌های بی‌مورد و ساده‌اندیشی‌ها سبب بازگشت آنان به پست‌های کلیدی نظام شود.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۲۷۳–۲۹۳.</ref> ایشان در ادامه پیام با قاطعیت اعلام کرد تا زنده است نخواهد گذاشت حکومت به دست لیبرال‌ها بیفتد و نخواهد گذاشت منافقین، اسلام این مردمِ بی‌پناه را از میان ببرند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۲۸۶.</ref>

۳. نفوذ هاشمی و مخالفان نظام: امام‌خمینی یکی از نقاط ضعف منتظری به عنوان قائم‌مقام رهبری را رسوخ و نفوذ سیدمهدی هاشمی و جریان وابسته به وی و نیز نفوذ افراد و گروه‌های منحرف و مخالف نظام در بیت منتظری شمرده‌است.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۰–۳۳۱ و ۳۳۴–۳۳۵.</ref> هاشمی ـ از نزدیکان منتظری و برادر داماد وی [[سیدهادی هاشمی]] ـ از پیش از انقلاب اسلامی، متهم به تندروی و قتل افراد بی‌گناه بود.<ref>طاهری خرم‌آبادی، خاطرات آیت‌الله سیدحسن خرم‌آبادی، ۲/۱۳۳–۱۳۵.</ref> نخستین هشدار امام‌خمینی به منتظری برای پاکسازی بیت خود از اشخاص منحرف پیش از قائم‌مقامی وی بود.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۱۸/۶–۷؛ محمدی ری‌شهری، سنجه، ۴۷.</ref> یاران امام‌خمینی نیز نگران این مسئله بودند؛ ازجمله پس از انتخاب منتظری برای رهبری آینده، نگرانی خبرگان از بیت منتظری، به او منتقل شد. مشکینی در نامه‌ای خطاب به وی ضمن ابراز ارادت به او، دربارهٔ بیت و برخی از حواشی و محصورشدن او در میان افراد خاص ابراز نگرانی کرد.<ref>منتظری، خاطرات، ۲/۹۲۱–۹۲۴.</ref> سیداحمد خمینی نیز در نامه‌ای به منتظری دربارهٔ سوء استفاده اطرافیان از دفتر و خود ایشان هشدار داد.<ref>منتظری، خاطرات، ۲/۹۳۰–۹۳۵.</ref> چهار ماه پیش از بازداشت هاشمی، امام‌خمینی به واسطه [[سیدجلال‌الدین طاهری اصفهانی]] امام‌جمعه اصفهان به منتظری پیام داد و اخراج نفوذی‌ها ازجمله هاشمی از دفتر و بیت را خواستار شد که وی نه تنها توجه نکرد، بلکه به طاهری که از علاقه‌مندان بسیار جدی منتظری بود، غضب کرد.<ref>محمدی ری‌شهری، سنجه، ۵۷–۵۸؛ خمینی، کیهان.</ref> امام‌خمینی چندین بار دیگر با افراد گوناگون ازجمله فرزند خود سیداحمد خمینی، [[سیدمحمد موسوی خوئینی‌ها]] و [[سران قوای سه‌گانه]] از منتظری خواست که بیت خود را پاکسازی و هاشمی را بیرون کند که فایده‌ای نبخشید.<ref>خمینی، کیهان؛ مؤسسه اندیشه اسلامی، امام‌خمینی، رهبری و مسئله قائم‌مقامی، ۳۴۵–۳۴۶.</ref> [[مهدی کروبی]]، [[سیدمهدی امام‌جمارانی]] و [[سیدحمید روحانی]] نیز در نامه‌ای مفصل به منتظری اعلام کردند تا منابع خبری و تشکیلات وی اصلاح نشود، هیچ کاری دربارهٔ ایشان ثمربخش نخواهد بود.<ref>منتظری، خاطرات، ۲/۱۲۵۲–۱۲۶۰؛ روحانیون مبارز تهران، مجموعه بیانیه‌های روحانیون مبارز تهران از فروردین 1367 تا خرداد 1369، ۸۵–۸۸.</ref> دیگران ازجمله [[محمدمهدی ربانی املشی]] نیز که از خویشان منتظری (پدر همسر محمد منتظری) بود تلاش کرد مانع این گروه در تحریک منتظری شود اما نتوانست و آنان به او میدان نمی‌دادند و خودشان نزدیک‌تر بودند<ref>هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۱۰۶.</ref> و حتی برای دوربودن هاشمی از دفتر منتظری، پیشنهاد سفارت وی در یکی از کشورها داده شد و نپذیرفتند.<ref>هاشمی رفسنجانی، صلح و توسعه، ۱۰۷.</ref>

از سوی دیگر، در طول انقلاب و جنگ تحمیلی، سازمان مجاهدین خلق ایران جنایت‌های بسیاری را مرتکب شدند. ترور بیش از ـ چنان‌که گفته شده ـ شانزده هزار نفر از مردم ایران و ترور شخصیت‌های بسیاری را این گروه در کارنامه خود دارد. این گروه در عملیاتی که مسئولان کشور آن را [[عملیات مرصاد|مرصاد]] نام‌گذاری کردند، با پشتیبانی [[رژیم بعث عراق|رژیم متجاوز عراق]] به قصد براندازی نظام جمهوری اسلامی وارد کشور شدند. اعضای زندانیِ این گروه نیز از این اقدام پشتیبانی کردند. امام‌خمینی با ملاحظه خطر این گروه برای کشور دستور داد آنان را محاکمه کنند. هیئتی مرکب از دو قاضی و یک کارشناس به بررسی سوابق متهمان پرداختند و در نهایت با اکثریت آرا عده‌ای از آنان که بر مواضع خود اصرار داشتند، محکوم به اعدام شدند.<ref>رازینی، مصاحبه، ۵.</ref> در پی آن منتظری در نامه‌ای به امام‌خمینی به اعدام آنان اعتراض کرد و این نامه از رادیو بی‌بی‌سی انگلیس پخش شد.<ref>محمدی ری‌شهری، سنجه، ۲۷۴؛ منتظری، خاطرات، ۱/۶۷۲.</ref> منتظری در آخرین دیدار خود با امام‌خمینی در پایان سال ۱۳۶۷ سخنانی را مطرح کرد که امام‌خمینی در پاسخ وی تنها یادآور شد بیشتر حرف‌های وی درست نبود و سپس از خداوند مرگ خود را خواست تا از یاران و نزدیک‌ترین یاران خود چنین برخوردهایی را نبیند.<ref>خمینی، رنجنامه، ۴۷؛ کیهان، ۲۶/۲/۱۳۶۸، ۱۹.</ref>

پس از کناره‌گیری منتظری برخی پرسش‌ها و شبهه‌ها برای برخی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی و نیروهای وفادار به امام‌خمینی و انقلاب اسلامی پدید آمد. امام‌خمینی در نامه‌ای در ۲۶ فروردین ۱۳۶۸ به نمایندگان مجلس و وزیران دولت یادآور شد که بیش از دو سال در اعلامیه‌ها و پیغام‌ها تلاش کرده که قضیه به اینجا ختم نشود؛ ولی متأسفانه موفق نشده‌است و از سوی دیگر، وظیفه شرعی اقتضا می‌کرد تا تصمیم لازم را برای حفظ نظام و اسلام بگیرد و با دلی پرخون، حاصل عمر خود را برای مصلحت نظام و اسلام کنار بگذارد. امام‌خمینی اضافه کرد دفاع از اسلام و نظام شوخی‌بردار نیست و در صورت سرپیچی، هر کس در هر موقعیت، بی‌درنگ به مردم معرفی خواهد شد.<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۵۰.</ref>

پس از کناره‌گیری قائم‌مقام رهبری، در زادگاه او نجف‌آباد برخی از تحرکات غیرقانونی انجام شد. عده‌ای برای اعتراض، مردم را به [[تظاهرات]] و [[تحصن]] دعوت کردند و مانع بازشدن مغازه‌ها شدند و افرادی به خانه [[عباس ایزدی]] نماینده مجلس خبرگان رفتند و کتابخانه وی را آتش زدند که در نهایت با اعزام [[قربانعلی دری نجف‌آبادی]] به نمایندگی از منتظری و درایت [[احمد کاظمی]] فرمانده نیروی هوایی وقت سپاه پاسداران، شهر آرام شد.<ref>دری نجف‌آبادی، خاطرات حجت‌الاسلام و المسلمین دری نجف‌آبادی، ۲۳۶–۲۳۷.</ref> همچنین استعفای منتظری در گزارش‌های خبریِ جهان بازتاب یافت. رسانه‌های غربی سعی کردند او را چهره‌ای معتدل، آزادی‌خواه و چهره امام‌خمینی را خشن ترسیم کنند و کناره‌گیری وی را غلبه خشونت و رادیکالیسم بر اعتدال تفسیر کنند.<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی، ۵۹ و ۶۳؛ جمهوری اسلامی ایران، خبرگزاری، ۱۰/۱/۱۳۶۸، ۹.</ref>

هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس در جلسه ۲۰ فروردین ۱۳۶۸ دراین‌باره برای نمایندگان به‌طور مشروح سخن گفت و وجود اختلاف در حاکمیت نظام را نفی کرد و مصلحت نظام را در استعفای منتظری از قائم‌مقامی دانست و تأکید کرد مردم و خبرگان رهبری و مجلس شورای اسلامی تابع امام‌خمینی‌اند و مشکلی در میان نیست.<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی، ۷۸–۷۹.</ref> [[مجمع روحانیون مبارز]] با صدور بیانیه‌ای مشروح در ۲۸/۱/۱۳۶۸ ضمن حمایت از امام‌خمینی به خطر نفوذ دشمن در نهادها و بیت شخصیت‌ها هشدار داد و نفوذ سیدمهدی هاشمی و دست‌اندرکارانِ وی را از علت‌های جدایی منتظری از نظام جمهوری اسلامی شمرد.<ref>روحانیون مبارز تهران، مجموعه بیانیه‌های روحانیون مبارز تهران از فروردین 1367 تا خرداد 1369، ۸۵–۸۸.</ref> گزارش نصب و برکناری قائم‌مقام رهبری در قالب [[رنجنامه]] به قلم سیداحمد خمینی خطاب به منتظری منتشر شد و روزنامه‌ها آن را بازتاب دادند و بعدها [[محمد محمدی ری‌شهری]] وزیر اطلاعات و متصدی پرونده هاشمی نیز در دو کتاب سنجه انصاف و خاطره‌ها ماجرا را شرح داد. در برابر، منتظری و برخی از طرفداران او با نگارش خاطرات و پاسخ به رنجنامه از او دفاع کردند.

منتظری پس از کناره‌گیری از قائم‌مقامی رهبری، در قم به کار تدریس و پاسخ به [[استفتائات شرعی]] و نگارش مشغول شد. پس از رحلت امام‌خمینی به دلیل پخش‌نشدن نامه ۶/۱/۱۳۶۸<ref>امام‌خمینی، صحیفه، ۲۱/۳۳۰–۳۳۴۲.</ref> در رسانه‌های گروهی، با وجود تصریح خود منتظری به آن در نامه ۷/۱/۱۳۶۸ که در پاسخ نامه یادشده نوشته شده بود، برخی هواداران وی در انتساب نامه به امام‌خمینی تردید کردند؛ ولی با گزارش هاشمی رفسنجانی نامه تأیید شد. چند سال بعد نیز [[سیدحسن خمینی]] در نامه‌ای از رهبر انقلاب، سیدعلی خامنه‌ای، علی‌اکبر مشکینی و اکبر هاشمی رفسنجانی که از نزدیک در جریان موضوع برکناری و نامه یادشده بودند، از درستی این نامه پرسید که آنان در پاسخ شهادت دادند که نامه ششم فروردین از امام‌خمینی بوده‌است؛<ref>محمدی ری‌شهری، سنجه، ۲۸۹.</ref> چنان‌که با تردیدافکنی دوباره برخی دیگر در اصالت این نامه، در بهمن ۱۳۹۷ [[مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی]] که برابر قانون مسئول اعلام نظر دربارهٔ این دست امور مرتبط با امام‌خمینی است، با انتشار دستخط‌های آن سه نفر به همراه شهادت [[ابراهیم امینی]] در گواهی و تأیید نامه یادشده بر اصالت آن تأکید ورزید.<ref>جمهوری اسلامی، ۱/۱۲/۱۳۹۷، ۶.</ref>