سیدعلی خامنه‌ای: تفاوت میان نسخه‌ها

سیدجواد خامنه‌ای پس از درگذشت همسر خود با دختر عالم مشهور حوزه مشهد، [[سیدهاشم نجف‌آبادی]] ازدواج کرد و از او صاحب چهار پسر به ترتیب به نام‌های سیدمحمد، سیدعلی، سیدهادی، سیدمحمدحسن و دختری به نام بدرالسادات (رباب) شد. وی که اهل تقوا و فضل و مورد احترام همگان بود<ref>شریف‌رازی، ج۷، ص۱۲۸.</ref>، چهل سال امامت مسجد ترک‌ها در بازار سرشور مشهد را بر عهده داشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۶ و ۲۴.</ref> آشنایی و ارتباط سیدجواد با [[امام‌خمینی]] به جلسه دیداری با امام‌خمینی در مشهد باز می‌گشت. وی در این جلسه، تحت تأثیر سلوک اخلاقی امام‌خمینی قرار گرفت.<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۹ ـ ۲۰.</ref> وی در ۲۸ شوال ۱۴۰۶ق/ چهاردهم تیر ۱۳۶۵ درگذشت و در رواق پشت سر امام‌رضا(ع) به خاک سپرده شد<ref>جلالی و دیگران، مشاهیر مدفون در حرم رضوی، ج۱، ص۱۷۷.</ref> امام‌خمینی در پیام تسلیتی به فرزندش سیدعلی خامنه‌ای، وی را شخصیتی دانست که عمری را با علم، تعهد و تقوا به سر برده است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۷۱.</ref>

سیدحسین خامنه‌ای، از روحانیان مبارز و مورد احترام در [[آذربایجان]] بود<ref>قلی‌زاده، شیخ‌محمد خیابانی، ص۴۲.</ref> وی در خامنه تبریز به دنیا آمد و مقدمات علوم دینی را در تبریز آموخت و در سال ۱۲۹۰ق/ ۱۲۵۲ش راهی نجف شد و فقه و اصول را نزد سیدحسین کوه‌کمره‌ای و ملامحمد فاضل ایروانی و فلسفه را از میرزاباقر شکی آموخت. او کتاب ریاض المسائل سیدعلی طباطبایی و مکاسب شیخ انصاری را تدریس کرد و بر آن دو اثر، تعلیقاتی نوشت<ref>آقابزرگ، نقباء البشر فی القرن الرابع عشر، ج۲، ص۶۴۰ ـ ۶۴۱؛ خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۱.</ref> وی در سال ۱۳۱۵ق/ ۱۲۷۶ش به تبریز بازگشت<ref>قلی‌زاده، گلشن ابرار، ۲/۹۷۱</ref> و در مدرسه طالبیه به تدریس پرداخت و به درخواست بزرگان در مسجد جامع اقامه نماز کرد و به «سیدحسین پیشنماز» شهرت یافت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۱.</ref>

سیدحسین خامنه‌ای در [[نهضت مشروطه]] حضوری فعال داشت<ref>قلی‌زاده، شیخ‌محمد خیابانی، ص۴۱ ـ ۴۲.</ref> و مردم را به حمایت از آن تشویق می‌کرد؛ چنان‌که شیخ‌محمد خیابانی داماد وی شد و گاه در مسجد جامع به جای او نماز می‌خواند<ref>قلی‌زاده، گلشن ابرار، ج۲، ص۹۷۱ ـ ۹۷۲؛ خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۱.</ref> وی در سال ۱۳۲۵ق/ ۱۲۸۶ش درگذشت و در [[وادی‌السلام نجف]] به خاک سپرده شد. از او هفت فرزند باقی ماند؛ ازجمله سیدمحمد معروف به «پیغمبر» و سیدجواد و میرمهدی که بعداً به مجتهدزاده معروف شد. مجتهدزاده چهار پسر به نام‌های سیدحسین، سیدمصطفی، سیدمجتبی و سیدمرتضی داشت و سیدمرتضی در قیام پانزده خرداد ۱۳۴۲ به شهادت رسید<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۱ ـ ۱۲.</ref> سیدحسین خامنه‌ای فرزند سیدمحمد حسینی تفرشی خامنه‌ای تبریزی است<ref>آقابزرگ، نقباء البشر فی القرن الرابع عشر، ج۲، ص۶۴۰.</ref> و علت هجرت وی از تفرش به آذربایجان معلوم نیست. تبار او به سادات افطسی و سلطان سیداحمد می‌رسد که با پنج واسطه به [[امام‌زین‌العابدین(ع)]] منتهی می‌گردد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۰.</ref>

مادر سیدعلی خامنه‌ای سیده‌خدیجه میردامادی تنها فرزند سیدهاشم نجف‌آبادی میردامادی از همسر نخست بود. سیدهاشم در ماجرای [[قیام مسجد گوهرشاد]] بازداشت و به قزوین و سمنان تبعید شد. او پس از دوران تبعید، مدتی در شهر ری بود، سپس به مشهد بازگشت و در مسجد گوهرشاد به اقامه نماز جماعت و تدریس خویش ادامه داد<ref>میردامادی، سبک‌شناسی تفسیر در خلاصة البیان فی تفسیر القرآن آیت‌الله مجاهد فقیه ربانی سیدهاشم میردامادی نجف‌آبادی(ره)، ص۱۱۱ ـ ۱۱۲؛ جلالی و دیگران، مشاهیر مدفون در حرم رضوی، ج۱، ص۴۵۹.</ref> سیده‌خدیجه در سال ۱۲۹۳ در نجف اشرف متولد شد و در بیست‌سالگی به عقد سیدجواد خامنه‌ای درآمد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۴.</ref> وی مادری شجاع بود، زندان‌رفتن و تبعیدشدنِ فرزندان خود را با صبوری تحمل می‌کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۶ ـ ۲۷؛ خامنه‌ای، خون دلی، ص۹۶.</ref> وی در میان دوستان خود به همسر امام‌خمینی علاقه بیشتر داشت. در آبان ۱۳۴۳ وقتی امام‌خمینی به ترکیه تبعید شد، همسر ایشان، خدیجه ثقفی به مشهد رفت و در خانه میردامادی ساکن شد. میردامادی از شدت ناراحتی گریه کرد و از ثقفی خواست برای آزادی ایشان ختم صلوات بگیرد و به امام‌رضا(ع) متوسل شود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۵ ـ ۲۶.</ref> وی در پانزده مرداد ۱۳۶۸ بر اثر سکته قلبی درگذشت و پیکرش در حرم امام‌رضا(ع) در کنار قبر همسرش به خاک سپرده شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۵ ـ ۲۶.</ref>

سیدعلی خامنه‌ای خواندن و نوشتن را از چهارسالگی در مکتبخانه آغاز کرد و در مدرسه‌ای که به دارالتعلیم دیانتی معروف بود، دوره ابتدایی را گذراند<ref> خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۱ و ۴۴ ـ ۴۵.</ref> وی دوره دبیرستان را به صورت متفرقه سپری کرد و دیپلم گرفت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۹.</ref> هم‌زمان مقدما ت دروس حوزوی را از کلاس پنجم دبستان نزد یکی از آموزگاران آغاز کرد و بخش دیگر آن را نزد پدر و مادرش آموخت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۲</ref>؛ سپس به مدرسه «سلیمان‌خان» و «نواب» راه یافت. وی [[شرائع الاسلام]] و [[شرح لمعه]] را از پدر خود و آقامیرزااحمد مدرس یزدی و رسائل و مکاسب شیخ انصاری را از هاشم قزوینی آموخت و در کنار فقه و اصول به آموختن فلسفه هم پرداخت و بخشی از [[شرح منظومه سبزواری]] را از میرزاجواد تهرانی<ref>مؤسسه فرهنگی قدر ولایت، جرعه نوش کوثر، ص۳۸ ـ ۳۹.</ref> و بخشی دیگر را از سیف‌الله اِیسی میانجی<ref>قلی‌زاده، گلشن ابرار، ج۲، ص۹۷۵؛ اباذری، سیف‌الله ایسی میانجی، ج۹، ص۶۱۰.</ref> فرا گرفت. سپس در درس‌های خارج اصول میرزاهاشم قزوینی و خارج فقه سیدمحمدهادی میلانی در سال ۱۳۳۴ در سن هفده‌سالگی شرکت کرد.<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۴ ـ ۶۵.</ref>

خامنه‌ای در سال ۱۳۳۶ طی سفر زیارتی به [[نجف اشرف]] در برخی جلسات درس اساتید بزرگ نجف حضور یافت و برای ماندن در حوزه نجف از پدر خود اجازه خواست؛ ولی با مخالفت وی روبه‌رو شد و پس از حدود دو ماه به ایران بازگشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۷۷ ـ ۷۸.</ref> وی در سال ۱۳۳۷ به حوزه علمیه قم رفت و تا ۱۳۴۳ در این شهر ماند<ref>مؤسسه فرهنگی قدر ولایت، جرعه نوش کوثر، ص۴۰.</ref> او در مدرسه حجتیه سکونت داشت و مدتی در درس سیدحسین بروجردی، متوفای فروردین ۱۳۴۰، شرکت کرد و پس از درگذشت وی در [[درس‌های خارج امام‌خمینی]]، [[مرتضی حائری یزدی]]، [[سیدمحمد محقق داماد]] و درس خصوصی [[سیدکاظم شریعتمداری]] حاضر شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۸۲.</ref> [[سیدجعفر شبیری زنجانی]]، [[مهدی باقری کنی]]، محمدحسین بهجتی (شفق) و [[مهدی ربانی املشی]] هم‌بحث‌های وی بودند. او بخشی از شفای بوعلی و [[اسفار ملاصدرا]] را نزد [[سیدمحمدحسین طباطبایی]] و حسینعلی منتظری آموخت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۸۴ ـ ۸۵.</ref>

مطالعات غیر درسی ازجمله مطالعه کتاب‌های داستان و رمان، ازجمله فعالیت‌های دوران طلبگی خامنه‌ای بود. در آن زمان کمتر رمانی پیدا می‌شد که مطرح باشد و او آن را نخوانده باشد؛ البته وقتی به دوره دروس سطح و خارج رسید از گرایش وی به رمان کاسته شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ۶۸ ـ ۷۰.</ref> ذوق ادبی، علاقه به شعر و شاعری را از دیگر گرایش‌های وی در این دوره می‌توان ذکر کرد. او نخست با تخلص «نسیم» شعر می‌سرود، بعد آن را به «امین» تغییر داد؛ همچنین نام ضیاءالدین حسینی خامنه‌ای را برای عالم شعر برگزیده بود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۷۱ و ۷۶.</ref> وی در انجمن ادبی که در مشهد برگزار می‌شد، حضور می‌یافت و انجمن ادبی فردوسی شنبه‌شب‌ها پاتوق ذوقی او بود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۷۳.</ref> با انجمن ادبی فرخ نیز ارتباط جدی داشت و حضور وی در این محافل ادبی سبب شد با شخصیت‌های برجسته ادبی خراسان، ارتباط داشته باشد و از این طریق بر اندوخته‌های ذوقی خویش اضافه کند. به گفته وی، او به اشعار و غزل‌های سیدکریم امیری فیروزکوهی، مهدی اخوان ثالث، (محمدحسن) رهی معیری، نیما یوشیج و سیدمحمدحسین شهریار علاقه و با بعضی از آنان ارتباط دیرینه داشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۷۶؛ خامنه‌ای، بیانات، ۷/۲/۱۳۷۷، ۲۵.</ref>

از سوی دیگر، جلسه‌های روشنگرانه تفسیر قرآن خامنه‌ای تأثیر بسزایی در حوزه و مجامع روشنفکری مشهد گذاشت و مورد استقبال قرار می‌گرفت. این جلسات نخست در [[مسجد امام‌حسن (مشهد)|مسجد امام‌حسن(ع)]] و سپس در مسجد کرامت برگزار می‌شد که بر اثر فشار و تهدید [[سازمان اطلاعات و امنیت کشور]] (ساواک) تعطیل شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۶۸، ۴۷۲، ۴۸۸ و ۴۹۶ ـ ۴۹۷.</ref> درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و پیش از دستگیری و تبعید به [[ایرانشهر]] ادامه داشت<ref>← خامنه‌ای، طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن، مقدمه و ۱۶؛ خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۱۲.</ref> وی همچنین دروس حوزوی را هم‌زمان با آموختن دروس بالاتر<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۷.</ref>، ازجمله سطوح عالی فقه و اصول یعنی رسائل، مکاسب و [[کفایة الاصول]]<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۲۲</ref>، تدریس می‌کرد و هر روز از چند نفر از شاگردان، درس روز گذشته را می‌پرسید<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۲۲.</ref>

در سال ۱۳۳۲ نخستین جرقه‌های مبارزه در دل خامنه‌ای به وسیله [[سیدمجتبی نواب صفوی]] زده شد<ref>سلیمی بنی و مظفری، جامعه روحانیت مبارز، ص۵۶ ـ ۵۸.</ref> وی در سال ۱۳۳۴ ـ ۱۳۳۵ از طریق طلاب قم و [[سیدمصطفی خمینی]] که تابستان‌ها به مشهد می‌رفتند با نام و راه امام‌خمینی آشنا شد<ref>سلیمی بنی و مظفری، جامعه روحانیت مبارز، ص۹۴ ـ ۹۵.</ref> نخستین دیدار وی با امام‌خمینی در سال ۱۳۳۶ صورت گرفت و ایشان را متفاوت از دیگران یافت و تحت تأثیر اخلاق ایشان قرار گرفت؛ اما چهره سیاسی ایشان برای نخستین بار در جریان [[لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی]] برای خامنه‌ای کشف شد<ref>سلیمی بنی و مظفری، جامعه روحانیت مبارز، ص۹۴ ـ ۹۵ و ۹۹.</ref>

خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام‌خمینی در سال ۱۳۴۱ وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره پیش از [[قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲]] با تکثیر و پخش اطلاعیه‌های ایشان آغاز کرد<ref>سلیمی بنی و مظفری، جامعه روحانیت مبارز، ص۹۹.</ref> در بهمن ۱۳۴۱، پس از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، خامنه‌ای و برادرش [[سیدمحمد خامنه‌ای]] مأمور رساندن گزارش [[سیدمحمدهادی میلانی]] از مراجع تقلید مشهد به امام‌خمینی در قالب نامه درباره واکنش مردم مشهد به این لایحه شدند<ref>جلالی، مشهد در بامداد، ص۱۴۸.</ref> و وی در محرم ۱۳۸۳ق/ خرداد ۱۳۴۲ از طرف امام‌خمینی مأموریت یافت نامه‌هایی به میلانی و [[سیدحسن قمی]] و دیگر علمای مشهد برساند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۲۷؛ دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۵۷.</ref> امام‌خمینی در این نامه‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات [[رژیم پهلوی]]، [[واقعه مدرسه فیضیه]] را از روز هفتم محرم در منبرها بازگو کنند. هیئت‌ها و دسته‌های سینه‌زنی نیز از روز نهم این برنامه را اجرا کنند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۲۶ ـ ۱۲۷؛ عبایی خراسانی، مصاحبه، ص۱۳ ـ ۱۴.</ref> وی پس از انجام این مأموریت، خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام‌خمینی راهی بیرجند شد و در مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه [[اسرائیل]] بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۲۹ ـ ۱۳۴.</ref>

به دنبال این سخنرانی‌ها، خامنه‌ای در خرداد ۱۳۴۲ش/ نهم محرم ۱۳۸۳ق، دستگیر و در مشهد زندانی شد<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۵۸.</ref> سیدمحمدهادی میلانی پس از آزادی وی، از او دیدن کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۴۹.</ref> خامنه‌ای پس از آن به [[حوزه علمیه قم]] بازگشت و با همکاری۴۰ تن از روحانیان مبارز ازجمله [[اکبر هاشمی رفسنجانی]]، مهدی ربانی املشی و علی‌اصغر مروارید به سازمان‌دهی دوباره فعالیت‌های سیاسی از طریق جلسات مشورتی پرداخت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۱۵۶ ـ ۱۵۷.</ref> او ازجمله روحانیانی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به [[سیدمحمود طالقانی]]، [[مهدی بازرگان]] و [[یدالله سحابی]]، که زندانی شده بودند، فرستاد<ref>طالقانی، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ۱/۴۶۸.</ref> در همان زمان وی به همراه طلاب و فضلای خراسانی حوزه قم ازجمله [[ابوالقاسم خزعلی]] و [[محمد عبایی خراسانی]] در اعتراض به ادامه حصر امام‌خمینی نامه‌ای به [[حسنعلی منصور]]، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند<ref>مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی، سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ج۴، ص۳۹۲.</ref> پس از آن، خامنه‌ای سه روز در [[کرمان]] و چند روز در [[زاهدان]] علیه همه‌پرسی [[انقلاب سفید]] در روزهای سالگرد ششم بهمن سخنرانی کرد که منجر به بازداشت دوباره او شد. مأموران رژیم پهلوی او را با هواپیما به تهران بردند و در [[زندان قزل‌قلعه]] به مدت دو ماه حبس کردند<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۵۹-۶۰؛ قلی‌زاده، گلشن ابرار، ج۲، ص۹۷۸.</ref> وی پس از آزادی به محل حصر امام‌خمینی در قیطریه رفت و گزارشی از وضعیت مردم و دوستان را در نبود ایشان ارائه کرد.<ref>خامنه‌ای، خون دلی، ۱۳۲ ـ ۱۳۳.</ref>

خامنه‌ای از بنیان‌گذاران جمعیت یازده‌نفره روحانیان مبارز حوزه علمیه قم بود که با لورفتن اساسنامه و اسامی اعضا، مجبور به زندگی پنهانی شد و در مقطعی از آن با هاشمی رفسنجانی در تهران در یک خانه زندگی می‌کردند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۳۳؛ هاشمی رفسنجانی، دوران مبارزه، ج۱، ص۲۲۲.</ref> این تشکل سری که در پایان سال ۱۳۴۲ تأسیس شد و نشریات «بعثت» و «انتقام» نشریه‌های آن به حساب می‌آمدند<ref>هاشمی رفسنجانی، دوران مبارزه، ج۱، ص۱۹۵.</ref>، غیر از تشکل مدرسان بود که در سال پیشتر تأسیس شده بود<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ج۱، ص۵۴.</ref> {{ببینید|جامعه مدرسین حوزه علمیه قم}} و وی به همراه هاشمی رفسنجانی عضو آن نیز بودند و در نخستین نشست‌های آن شرکت داشتند<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>

پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه، خامنه‌ای با گروهی از طلاب خراسانی ساکن حوزه قم نامه‌ای به نخست‌وزیر وقت نوشت و خواستار بازگشت ایشان شد<ref>مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی، سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ج۴، ص۳۹۲.</ref> وی در همین زمان پنهانی به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام نوشته سید قطب اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است. ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد؛ اما موفق به بازداشت خامنه‌ای نشد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۲۷ ـ ۲۲۸ و ۲۳۵ ـ ۲۳۸؛ خامنه‌ای، خون دلی، ص۳۸.</ref> وی در آن روزها مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود؛ اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج منع شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۴۰ ـ ۲۴۱.</ref>

در پی دستگیری و تبعید سیدحسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، خامنه‌ای از میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند و این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد آگاهی یافته و در ۱۴ فروردین ۱۳۴۶، در مراسم تشییع جنازه عالم سرشناس مشهد مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۴۴ ـ ۲۴۵.</ref> وی پس از بازجویی‌های متوالی بویژه درباره کتاب یادشده، در دادگاه محاکمه و در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۴۳ ـ ۲۸۹</ref> و اندکی پس از آزادی، در تهران به دیدار زندانیان سیاسی رفت<ref>بازرگان، یادداشت‌های روزانه مهندس مهدی بازرگان، ص۴۲۲ ـ ۴۲۳.</ref> وی در فروردین ۱۳۴۷ به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام‌خمینی در خواست گذرنامه کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۰۴</ref> و این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. خامنه‌ای در سال ۱۳۴۷ در مشهد افزون بر تدریس حوزوی برای تربیت نیروهای حوزوی که به مبارزه نیز معتقد باشند تشکیلاتی را راه اندازی کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۰۵.</ref> این تشکیلات و سازماندهی در زلزله ویرانگر جنوب خراسان نمود پیدا کرد. در پی وقوع زمین‌لرزه، در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیان خراسان به سرپرستی خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت شدید و تهدید مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد؛ به‌ویژه که خامنه‌ای را با نام امام‌خمینی می شناختند. اما این کاروان که به نام «پایگاه امدادی روحانیت» خوانده می‌شد در برابر تهدیدها مقاومت کرد و اقدامات مؤثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دوماهه خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و در مجالس و منابر، پیام نهضت اسلامی را تبیین کند. این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۰۵ ـ ۳۱۰.</ref>

از سوی دیگر، خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده‌نفره در اول اسفند ۱۳۴۷ به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار وی به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد ازجمله عباس واعظ طبسی، سیدعبدالکریم هاشمی نژاد و دیگران از حضور در دادگاه خودداری کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۱۲ ـ ۳۱۳.</ref> او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیان مبارز ازجمله سیدمحمود طالقانی، سیدمحمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی کنی، مرتضی مطهری، هاشمی رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی ارتباط داشت و با وجود اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیان مبارز تهران حضور می‌یافت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۱۴ ـ ۳۱۵؛ سعیدی، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۳۶۳؛ طالقانی، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ج۲، ص۴۹۷؛ مهدوی کنی، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۱۱۴.</ref>

خامنه‌ای در سال ۱۳۴۸ در اندیشه تأسیس یک دبیرستان دخترانه بود که به‌رغم تلاش‌های فراوانی که انجام داد به نتیجه نرسید<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۱۷ ـ ۳۱۸.</ref> رفت و آمد خامنه‌ای به تهران محدود به سخنرانی‌ها و مناسبت‌ها نبود و مربوط به جلسات ماهانه طرح تدوین منشور اسلامی در برابر مانیفست کمونیست‌ها نیز بود. در این جلسات عده‌ای از روحانیان مبارز و روشنفکران ازجمله بهشتی، مطهری، طالقانی، هاشمی رفسنجانی، سیدابوالفضل موسوی زنجانی، باهنر، علی شریعتی، بازرگان، یدالله سحابی، عزت‌الله سحابی، جلال‌الدین فارسی، حبیب‌الله پیمان و دیگران شرکت داشتند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۲۶ ـ ۳۲۸</ref>، که با دستگیری خامنه‌ای در سال ۱۳۴۹ و چندی بعد پیمان و پس از آن هاشمی رفسنجانی جلسات موقتا تعطیل شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۲۸.</ref>

با رحلت سیدمحسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ روحانیان طرفدار امام‌خمینی ازجمله خامنه‌ای به تبلیغ مرجعیت ایشان پرداختند و خامنه‌ای از طلاب درس خود خواست که درباره معرفی امام‌خمینی به جد فعالیت کنند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۴۱ ـ ۳۴۲؛ دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص ۶۱ ـ ۶۲.</ref> با شهادت [[سیدمحمدرضا سعیدی]] در زندان که در همین سال و پس از رحلت حکیم صورت گرفت ساواک گزارش داده است که تبلیغ مرجعیت امام‌خمینی علنی‌تر و هواداران ایشان ازجمله خامنه‌ای خواستار تعطیلی درس‌ها شده‌اند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۴۳ ـ ۳۴۴.</ref> اعلامیه‌ای نیز درباره شهادت سعیدی و طرفداری از امام‌خمینی در مدارس علمیه و معابر نصب شد و دیدگاه‌های امام‌خمینی درباره ولایت فقیه که خامنه‌ای در اختیار طلبه‌ای به نام جواد حافظی قرار داده بود تکثیر و توزیع شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۴۴ ـ ۳۴۵ و ۳۴۸.</ref>

از سوی دیگر، ساواک خراسان چندین بار از شهربانی خواست که عباس واعظی طبسی، محمدرضا محامی و خامنه‌ای را که به نفع امام‌خمینی تبلیغ می‌کردند بازداشت کند و تحویل آن سازمان بدهد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۳۴۶ و ۳۵۰.</ref> پس از تعلل شهربانی خامنه‌ای در دوم مهر ۱۳۴۹ توسط خود ساواک بازداشت و مدتی در زندان لشکر خراسان زندانی شد<ref>جلالی، تقویم تاریخ خراسان، ۲۲۵.</ref> وی پس از آزادی در محرم ۱۳۹۱ق/ اسفند ۱۳۴۹ش با آنکه نام او در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک بود، سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد<ref>محلاتی، ۲/۷۳.</ref> ساواک در سال ۱۳۵۰ گزارش کرده است که طالقانی که خامنه‌ای را مرجع مطمئنی برای روشنفکران و آزادی‌خواهان می‌داند، از وی خواسته است سخنرانی‌هایی را در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز است، ایراد کند<ref>باهنر، یاران امام به روایت اسناد ساواک، شهید حجت‌الاسلام محمدجواد باهنر، ص۵۲۰ ـ ۵۲۱؛ هاشمی رفسنجانی، دوران مبارزه، ۲/۱۱۳۴ ـ ۱۱۳۵.</ref>

از سوی دیگر، هنگام برگزاری [[جشن‌های ۲۵۰۰ساله]]<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۳۵</ref> و تحریم آن از سوی امام‌خمینی<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۳۵۸ ـ ۳۷۳.</ref>، ساواک موظف شد هر آن چه را مزاحمتی با این جشن‌ها داشته باشد از میان بر دارد و یکی از این موانع روحانیان مبارز بودند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۳۴ ـ ۴۳۵.</ref> از این‌روی ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیان مبارز در پیش گرفت. بر این اساس خامنه‌ای در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و در ۴/۷/۱۳۵۰ بازداشت و مدتی در زندان لشکر خراسان زندانی شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۳۶ ـ ۴۳۷.</ref> او پس از آزادی، با همسرش در اردیبهشت ۱۳۵۱ با دوست زندانی خود هاشمی رفسنجانی با ترفندی خاص دیدار کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۵۷.</ref>

خامنه‌ای در سال ۱۳۵۱ جلساتی را در مشهد با علی شریعتی، محمدتقی شریعتی و مرتضی مطهری برای رفع اختلافی که درباره حسینیه ارشاد تهران پیش آمده بود بر گزار کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۴۶۴ ـ ۴۶۵.</ref> در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیر وی در مسجد امام‌حسن(ع) و خانه‌اش را تعطیل کرد<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> وی در آذر ۱۳۵۲ اقامه نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، وی را از اقامه نماز جماعت در آن مسجد باز داشت<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>

خامنه‌ای در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد<ref>نیک‌بخت، زندگی و مبارزات آیت‌الله شهید دکتر محمد مفتح، تهران، ص۴۰۸.</ref> و خانه خامنه‌ای نیز در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصت‌ها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام کرد<ref>خامنه‌ای، دفترحفظ و نشرآثار، ۲۳/۹/۱۳۷۳.</ref>

خامنه‌ای در بیستم دی ۱۳۵۳ برای ششمین‌بار بازداشت و همراه نامه‌ای از سوی رئیس ساواک خراسان که به فعالیت‌ها، زندان‌ها و ارتباطات وی اشاره شده بود، به زندان کمیته مشترک ضد خرابکاری در تهران منتقل گردید و در پایان از ریاست ساواک تهران خواسته شده بود که برخورد با خامنه‌ای به گونه‌ای باشد که برای مدت طولانی در زندان بماند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۲۳ ـ ۵۲۸.</ref> شکنجه‌های جسمی و روحی این بار شدید بود و به گفته خود وی، این بار دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس را تجربه کرد. او اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود (خامنه‌ای، شرح اسم، ۵۲۸ ـ ۵۲۹. رئیس ساوک تهران برای تشدید محکومیت وی در نامه‌ای دیگر وی را از نمایندگان فعال امام‌خمینی در خراسان که وجوهات جمع‌آوری و به قم ارسال می‌کند، دانست<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۳۱.</ref>

بازداشت خامنه‌ای این بار واکنش‌هایی را در پی داشت؛ ازجمله اعلامیه‌ای به امضای دانشجویان خراسان منتشر شد که در آن از مراجع و حوزه‌های علمیه خواسته شده بود که نسبت به دستگیری وی اعتراض و برای آزادی او تلاش کنند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۳۱.</ref> دوستداران خامنه‌ای نیز برای آزادی وی به میلانی متوسل شدند و نیز هفته‌ای نگذشته بود که اعلامیه‌ای سراسر انتقاد از رژیم پهلوی منتشر شد و تظاهراتی از سوی طلاب و دانشجویان و مردم صورت گرفت که عده‌ای باز داشت شدند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۳۱ ـ ۵۳۲.</ref> پس از بازداشت وی، طبق گزارش ساواک، مطهری نیز در دانشکده الهیات تهران با اظهار تاسف از این واقعه خامنه‌ای را از عوامل موثر در روشن کردن افکار اجتماع دانست و یادآور شد نمونه ارزنده‌ای چون وی اندک است<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۳۰ ـ ۵۳۱؛ مطهری، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۴۸۵.</ref>

خامنه‌ای در دوم شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد و از آن جا به خانه حسینی بهشتی و سپس برادرش سیدمحمد رفت و خبر آزادی خود را به مشهد اعلام کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۴۷.</ref> پس از آزادی تحت مراقبت شدید مأموران امنیتی بود و اقامه جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در خانه‌اش ممنوع شده بود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۴۹ ـ ۵۵۰</ref> و از ساواک تهران به خراسان دستور داده شد که همه ارتباطات، مکاتبات و مکالمات او زیر نظر قرار گیرد؛ اما او با وجود همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت پنهانی پی‌گرفت و پرداخت شهریه امام‌خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۵۷ ـ ۵۵۸</ref>. در اواخر سال ۱۳۵۴ پنهانی کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۵۱.</ref>

خامنه‌ای سال ۱۳۵۵ را با ممنوعیت از همه فعالیت‌های اجتماعی آغاز کرد؛ حتی نشست‌های خانگی او تعطیل شد و ارتباطات شخصی او نیز زیر نظر قرار گرفت و از معدود تحرکات وی در سال ۱۳۵۵، کمک به سیل‌زدگان قوچان بود. وی گروهی را برای کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده آن شهر تشکیل داد که با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امداد رسانی پرداختند؛ اما از فعالیت وی جلوگیری و از قوچان اخراج شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۵۳ ـ ۵۵۴.</ref> ازجمله اقدامات وی در این سال طرح گردآوری فطریه برای مسلمانان آواره لبنان در جنگ‌های داخلی آن بود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۵۶.</ref> در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام‌خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>

خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶ق/ دی ۱۳۵۵ش جلساتی در تهران با برخی از روحانیان مبارز و روشنفکران داشت که سبب نگرانی ساواک شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۵۹ ـ ۵۶۱.</ref> ساواک گزارش کرده که وی برای برنامه‌ریزی و هماهنگی در امر مبارزه زیر پوشش میهمانی جلساتی با برخی از عالمان ازجمله مطهری و مفتح و روشنفکران ازجمله علی شریعتی در تهران داشته است<ref>مطهری، یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۵۴۹، ۵۵۱ و ۵۵۳.</ref> وی ازجمله روحانیان انقلابی و روشنفکری بود که با حسینیه ارشاد و علی شریعتی {{ببینید|علی شریعتی}} ارتباط نزدیکی داشت؛ به همین جهت برخی با او مخالف بودند؛ اما وی از موضع خود عقب‌نشینی نکرد و زمانی که شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ از دنیا رفت، مجلس ترحیمی برای وی در مسجد کرامت مشهد برگزار کرد. وی از اینکه برخی از روحانیان علیه شریعتی اظهار نظر می‌کردند، متأسف می‌شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ۴۷۱ و ۵۶۳.</ref> و بعدها نیز وقتی شنید همان افراد، شریعتی را متهم به همکاری با ساواک کرده‌اند، این اتهام را به صورت کتبی در حاشیه یک کتاب تکذیب کرد<ref>جعفریان، جریان‌ها و سازمان‌های مذهبی ـ سیاسی ایران، ص۴۷۴ ـ ۴۷۵.</ref> او علاوه بر شریعتی با افرادی مانند [[جلال آل‌احمد]] و [[شمس آل‌احمد]]  نیز ارتباط صمیمی و مستمر داشت<ref>دانایی، خاطرات محمدحسین دانایی، ص۱۲۱، ۴۹۰ و ۸۳۱.</ref>

به دنبال درگذشت مشکوک سیدمصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ششم آبان در مسجد ملاهاشم مشهد برپا کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۶۸</ref> و تلگرامی از سوی خود و سه تلگرام دیگر از طرف واعظ طبسی، هاشمی نژاد و محامی به امام‌خمینی در نجف مخابره کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۶۹.</ref> مراسم بزرگداشت سیدمصطفی خمینی تحولاتی پدید آورد که نهضت اسلامی را وارد مرحله نهایی کرد و رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، با وجود اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان، فعالیت‌های مبارزان را محدودتر کرد (← مقاله خمینی، سیدمصطفی.) به دنبال اجرای این سیاست، جمعی از مبارزان سرشناس ازجمله خامنه‌ای به تبعید محکوم شدند. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۷۰ ـ ۵۷۱</ref> و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ پس از بازرسی خانه او برخی از کتاب‌ها و جزوه‌های دست‌نویس و نامه‌ها را با خود بردند<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ۱/۲۶۳</ref> و خامنه‌ای را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان بود<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ۱/۲۶۳</ref>؛ اما وی به علت تعامل خوب با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و از این فرصت در راستای گسترش انقلاب در آن مناطق بهره گرفت<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ۲/۳۲۶.</ref> احیای مسجد آل‌رسول ایرانشهر و سخنرانی‌های وی در آن مسجد و رفت و آمد علما و روحانیان مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به خانه او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیت‌های او را محدود سازند و مردم را از رفت و آمد بازدارند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۸۰.</ref>

خامنه‌ای در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به محمد صدوقی عالم سرشناس یزد، به تحلیل نهضت و وظایف علما و مردم پرداخت و این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را نیز گرامی داشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۸۲ ـ ۵۸۳؛ صدوقی،  یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۱۲۸ ـ ۱۳۱.</ref> این نامه مفصل که در واقع دستورالعملی برای مبارزه بود، به صورت اعلامیه‌ای در سراسر کشور پخش گردید<ref>خامنه‌ای، خون دلی، ۳۱۴.</ref> صدوقی در پاسخ ضمن سپاس از نامه ارسالی از وی خواست که بیشتر بنویسد و وی نامه‌ای در هشت صفحه برای او نوشت و در این نامه مسئولیت سنگین علما را در برابر انقلاب اسلامی و رویارویی با توطئه‌های دشمن بازگو کرد. این نامه در جزوه‌ای بی‌نام در یزد و مشهد و جاهای دیگر نشر و پخش شد<ref>خامنه‌ای، خون دلی، ۳۱۴؛ خامنه‌ای، شرح اسم، ۵۸۸.</ref> خامنه‌ای وقتی آثار مثبت این نوشته‌ها را دید در نامه‌هایی برای سیدعبدالحسین دستغیب و علمای شیراز ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راه‌کارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی مطرح ساخت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۸۸؛ مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۳۴۸ ـ ۳۵۷.</ref> همچنین در پی حوادث ۲۹ تیر ۱۳۵۷ شیراز نامه‌ای مفصل به علمای شیراز نوشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۵۸۸.</ref> نامه‌ای نیز در نقد سخنان سیدکاظم شریعتمداری؛ از مراجع تقلید وقت، که انقلابیان را تندرو خوانده بود، نوشت و یادآور شد که این‌گونه سخنان به رژیم پهلوی بهانه می‌دهد که به کشتار مردم انقلابی به عنوان مبارزه با تندروی دست بزند<ref>خامنه‌ای، خون دلی، ص۳۱۴ ـ ۳۱۵.</ref>

وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشین خود مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف ازجمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از همه نقاط ایران جذب و میان سیل‌زده‌ها تقسیم کند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ۵۹۷.</ref> با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸ق/ ۲۸ تیر۱۳۵۷ش، شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به ادامه تبعید خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید<ref>خامنه‌ای، دفترحفظ و نشر آثار، ۲۳/۹/۱۳۷۳.</ref>

گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی خامنه‌ای در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. از این‌رو در مرداد ۱۳۵۷ به جیرفت تبعید شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۰۲ ـ ۶۰۵.</ref> وی از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی و ستایش از امام‌خمینی پرداخت. یکی از سخنرانی‌ها، که در ماه رمضان برابر با پنجم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی و پخش اعلامیه علیه رژیم پهلوی توسط مردم منجر شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۰۸ ـ ۶۰۹.</ref> وی در این دوره، پنهانی عازم کهنوج شده، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای ایراد کرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۱۰.</ref>

فعالیت‌های مبارزاتی خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ۱۴/۱۹۲ و ۴۷۲</ref>؛ در عین حال با بیت امام‌خمینی و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دایم بود. پیرو همین ارتباط بود که سیداحمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با محمد صدوقی تماس گرفت و تمایل امام‌خمینی برای دیدار با وی و خامنه‌ای را اعلام کرد<ref>صدوقی،  یاران امام به روایت اسناد ساواک، ص۴۳۱؛ خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۴۲.</ref> وی در پنجم آبان نیز برای راهپیمایان در صحن عتیق حرم امام‌رضا(ع) درباره باز گشت امام‌خمینی به ایران، آزادی زندانیان سیاسی، تنبیه مسببان کشتارهای اخیر و شکنجه‌گران زندانیان سیاسی سخن گفت و پس از سخنرانی وی تظاهرات مردم با شعارهای گوناگون تا ۹ شب ادامه داشت<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۰.</ref> خامنه‌ای در شانزدهم آبان در گردهمایی ۳۰ هزار تن از اهالی مشهد ازجمله فرهنگیان در ورزشگاه سعدآباد، خواستار بازگشت امام‌خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۱.</ref> در ۲۷ آبان شورای تامین استان به اتفاق آرا تصمیمم به تبعید هشت تن از روحانیان مشهد ازجمله خامنه‌ای گرفت ولی نتواست آن را عملی کند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۰ ـ ۶۲۱.</ref>

خامنه‌ای پیش از ماه محرم همراه با هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد ضمن برپایی جلسات سخنرانی برنامه‌های ماه محرم را نیز برای روحانیان آن شهرها توضیح داد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۴.</ref> تحرکات وی در بیرون از مشهد با آمدن ماه محرم نیز ادامه یافت. وی در هفتم محرم همراه واعظ طبسی، سیدکاظم مرعشی و پسران سیدعبدالله شیرازی راهی فریمان شد. تظاهرات بزرگ و ۲۰هزار نفری مردم در این شهر در حالی برگزار شد که افراد یادشده پیشاپیش جمعیت حرکت می‌کردند. در این تظاهرات مجسمه محمدرضا پهلوی پایین کشیده شد و عکس امام‌خمینی به جای آن نصب شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۴.</ref>

پس از دستور امام‌خمینی به فرار سربازان از پادگان‌ها<ref>۵/۱۵۳</ref>، یکی از کارهای خامنه‌ای در [[مسجد کرامت (مشهد)|مسجد کرامت]] رسیدگی به سربازان فراری بود و برای شناسایی‌نشدن آنان طرحی ارائه کرد که آن را بهشتی پسندید و تاکید کرد این طرح در تهران و در بقیه کشور نیز پیاده شود<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۲۵.</ref> در گزارش‌های ساواک از خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است.<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>.

خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد سخنرانی کرد و خطبه شب عاشورا در [[حرم امام‌رضا(ع)|حرم مطهر امام‌رضا(ع)]] را که هر سال به نام محمدرضا پهلوی خوانده می‌شد، به نام امام‌خمینی خواند و در جمع روسای ادارات و سازمان‌ها و افراد دیگری که استانداری دعوت کرده بود، بر نزدیکی پیروزی تأکید کرد. وی در شمار روحانیانی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان امام‌رضا(ع) در مشهد برنامه تحصن در این بیمارستان را مطرح کرد<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ج۲۰، ص۳۳.</ref> و در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند<ref>شمس‌آبادی، نقش علمای مشهد در انقلاب اسلامی، ص۳۱۵ ـ ۳۱۶.</ref> متحصنان با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ج۳، ص۴۹۲ ـ ۴۹۳.</ref> و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام‌خمینی تأکید کردند. اقدام به تحصن آنان در بیمارستان امام‌رضا(ع) بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنان در سراسر ایران منتشر شد.<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، انقلاب اسلامی به روایت اسناد ساواک، ۲۱/۱۸۸ و ۱۲۳ ـ ۱۲۴.</ref>

اعلامیه‌های امام‌خمینی ازجمله اعلامیه ایشان درباره کمک به کارکنان شرکت نفت، در تحصن یادشده توسط خامنه‌ای خوانده شد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ۶۳۷.</ref> امام‌خمینی از این تحصن در سخنرانی ۲۵ آذر خود یاد کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۵، ص۲۵۲-۲۵۳</ref> و در پیامی در ششم دی ضمن تشکر از اهالی خراسان، علما و پزشکان و دیگر گروه‌ها از آنان پشتیبانی کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۵، ص۲۸۴.</ref> این تحصن ۱۳ روز طول کشید و خامنه‌ای در این مدت جز برای نجات جان یک نظامی بیمارستان را ترک نکرد<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۳۳.</ref> در پنجم دی یک تظاهرات بسیار گسترده که خبرگزاری فرانسه تعداد جمعیت را ۶۰۰هزار تن اعلام کرد به بیمارستان امام‌رضا(ع) و محل تحصن رفتند و به سخنرانی خامنه‌ای و علل تحصن گوش دادند. پس از آن با توصیه مراجع و علما تحصن پایان یافت.<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۳۷.</ref>

خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ همراه گروهی از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه‌ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند؛ اما با وجود تلاش‌های مسالمت‌آمیز آنان نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد ازجمله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند<ref>شمس‌آبادی، نقش علمای مشهد در انقلاب اسلامی، ص۳۲۵ ـ ۳۲۸.</ref> به دنبال وقوع این حوادث، خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیان مبارز مشهد در محکوم‌ساختن این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند.<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، روزشمار انقلاب، ۱۰/۲۱۶ ـ ۲۱۷.</ref>

خامنه‌ای تا پایان دی‌ماه در مشهد بود و همراه دوستان خود تظاهرات با شکوه اربعین را در ۲۹ دی‌ماه رهبری کرد و طبق گزارش ساواک در راهپیمایی ۵۰۰هزار نفری آن روز سخنرانی کرد. در همین روزها [[مرتضی مطهری|مطهری]] چندین‌بار از خامنه‌ای خواست که هر چه سریع‌تر به تهران برود و پس از آن [[حسینعلی منتظری|منتظری]] نیز که در پاریس بود، خواسته امام‌خمینی برای رفتن خامنه‌ای به تهران را به اطلاع او رساند<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۶۴۴.</ref> علت این اصرار این بود با تشکیل [[شورای انقلاب اسلامی|شورای انقلاب]] از سوی امام‌خمینی<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۵، ص۴۲۶ ـ ۴۲۸</ref> و عضویت خامنه‌ای در آن شورا، حضور وی در تهران لازم بود (← مقاله شورای انقلاب اسلامی.) وی با آمدن به تهران در [[مدرسه رفاه (تهران)|مدرسه رفاه]] مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، ج۲، ص۴۰.</ref> وی هنگام بازگشت امام‌خمینی به ایران، پس از تشکیل [[کمیته استقبال]] از سوی شورای انقلاب اسلامی<ref>قاسم‌پور، دهه سرنوشت ساز از ۱۲ بهمن ۵۷ تا ۲۲ بهمن ۵۷، ص۹۲ ـ ۹۴</ref> مسئولیت تبلیغات این کمیته را بر عهده داشت<ref>خامنه‌ای، پابه‌پای آفتاب، ج۳، ص۱۸۱</ref> {{ببینید|کمیته استقبال}}

به دنبال بسته‌شدن فرودگاه‌های کشور به دستور شاپور بختیار و ممانعت از [[بازگشت امام‌خمینی به ایران]]، خامنه‌ای به همراه بهشتی و چند تن از روحانیان مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در [[مسجد دانشگاه تهران]] تحصن بزرگی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد گسترده‌ای به خود گرفت<ref>هاشمی رفسنجانی، انقلاب و پیروزی، ص۱۶۱ ـ ۱۶۲.</ref> خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل یک ستاد و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن، به اقداماتی مانند سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» دست زدند<ref>خامنه‌ای، مصاحبه‌ها در سال ۱۳۶۱ ـ ۱۳۶۲، ۱۸۲ ـ ۱۸۳.</ref> این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت<ref>خامنه‌ای، پابه‌پای آفتاب، ج۲، ص۱۹۵</ref>، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.{{ببینید|بازگشت به ایران}}

پس از [[پیروزی انقلاب اسلامی]]، سیدعلی خامنه‌ای و دوستان همفکر خود، در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ تاسیس [[حزب جمهوری اسلامی]] را اعلان کردند و وی در ادامه پس از شهادت سیدمحمد حسینی بهشتی و سپس محمدجواد باهنر، در شهریور ۱۳۶۰ به عنوان سومین دبیرکلی معرفی شد.{{ببینید|حزب جمهوری اسلامی}}

خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۸ به دستور امام‌خمینی برای رسیدگی به اوضاع سیستان و بلوچستان به آن منطقه سفر کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۶، ص۴۲۹</ref> و در همان سال به نمایندگی شورای انقلاب در وزارت دفاع برگزیده شد<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ۱/۶۴؛ سائلی کرده‌ده، شورای انقلاب اسلامی ایران، ص۱۱۷.</ref>؛ سپس در ۲۷ مرداد همان سال معاونت وزارت دفاع را نیز عهده‌دار شد<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ۱/۶۴.</ref> وی با آگاهی از تصمیم برخی اعضای [[دولت موقت]] برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی با آن مخالفت و بر ضرورت آگاهی امام‌خمینی از آن تأکید کرد و ایشان نیز پس از آگاهی سخت با آن مخالفت و از آن جلوگیری کرد. {{ببینید|مجلس خبرگان قانون اساسی}}  

در آذر ۱۳۵۸ امام‌خمینی و شورای انقلاب، خامنه‌ای را به سرپرستی سپاه پاسداران منصوب کردند<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۶۴؛  معاونت روابط عمومی و انتشارات سپاه، سپاه در گذرگاه انقلاب، ص۴۰۷.</ref> و امام‌خمینی در ۲۴/۱۰/۱۳۵۸ به پیشنهاد منتظری، خامنه‌ای را امام‌جمعه تهران کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۲، ص۱۱۶؛ بادامچیان، خاطرات منتظری و نقد آن، ص۵۱۵.</ref> وی نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کرد<ref>خامنه‌ای، در مکتب جمعه، ۲/۱ ـ ۳</ref> و تا تاریخ واقعه ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به وی سوء قصد شد و بر اثر آن به‌شدت مجروح گردید، نماز جمعه تهران را اقامه کرد<ref>خامنه‌ای، در مکتب جمعه، ج۲ و ۳.</ref> و پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.

خامنه‌ای در کنار مسئولیت‌های اجرایی، با اشاره و تأکید امام‌خمینی بر لزوم روشنگری در سنگر دانشگاه<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۸، ص۱۳۸ و ۱۴۱</ref>، در این مراکز حاضر می‌شد و به ایفای نقش می‌پرداخت. به دنبال شهادت مطهری و خلاء ناشی از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان، امام‌خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامید و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۸، ص۱۳۸.</ref> وی از این تاریخ تا آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و همراه اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی آنان پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد<ref>جمهوری اسلامی، ۲/۱۱/۱۳۵۸؛ دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> اقدام ابتکاری خامنه‌ای درباره نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام‌خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد<ref>خامنه‌ای، فرهنگ و تهاجم فرهنگی، ص۳۱۱.</ref>

خامنه‌ای در خرداد ۱۳۵۹ با رأی مردم تهران به نخستین دوره مجلس شورای اسلامی راه یافت<ref>مؤسسه فرهنگی قدر ولایت، جرعه نوش کوثر، ص۱۷۵.</ref> و در ۲۰/۲/۱۳۵۹ با حکم امام‌خمینی، مشاور ایشان در شورای عالی دفاع شد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۲، ص۲۸۱.</ref> در ۶/۴/۱۳۶۰سازمان مجاهدین خلق هنگام سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران، با بمبی که در دستگاه ضبط صوت کار گذاشته شده بود، وی را ترور و مجروح کرد و وی در شمار جانبازان انقلاب اسلامی قرار گرفت<ref>هاشمی رفسنجانی، عبور از بحران، ۱۷۶.</ref> امام‌خمینی نیز دراین‌باره پیامی صادر کرد

پس از شهادت رئیس‌جمهور، محمدعلی رجایی، خامنه‌ای در سومین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری که در ۱۰/۷/۱۳۶۰ برگزار شد با رأی قاطع ۹۵درصدی شرکت‌کنندگان به ریاست‌جمهوری رسید<ref>حاج‌سیدجوادی، روایت انتخابات، ص۱۰۵ ـ ۱۰۶</ref> و چهار سال بعد در مرداد ۱۳۶۴ با اینکه خود تمایلی به نامزدی دوباره ریاست جمهوری نداشت، به دستور امام‌خمینی که این کار را متعین در وی دانسته بود، نامزد ریاست جمهوری شد و با رأی نزدیک به ۸۶ درصد رئیس‌جمهور شد<ref>حاج‌سیدجوادی، روایت انتخابات، ص۱۰۳ و ۱۳۹؛ دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۷۰.</ref> وی در ۱۵/۱/۱۳۶۲ با حکم امام‌خمینی مأموریت یافت میان ارتش و سپاه هماهنگی لازم را پدید آورد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۷، ص۳۹۷</ref> و در ۱۹/۹/۱۳۶۳ در حکمی، از سوی ایشان به عضویت ستاد انقلاب فرهنگی درآمد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۹، ص۱۱۱.</ref> و ریاست این شورا را به عنوان رئیس‌جمهور بر عهده داشت {{ببینید|شورای عالی انقلاب فرهنگی}}  

وی در ۱۷/۱۱/۱۳۶۶ به حکم امام‌خمینی به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام درآمد و به ریاست آن انتخاب شد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۶۳ و ج۲۱، ص۱۱۸.</ref> آخرین حکمی که امام‌خمینی به وی داد، در ۴/۲/۱۳۶۸ بود که او را موظف به تشکیل مجلس بازنگری قانون اساسی کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۱، ص۳۶۳.</ref>

خامنه‌ای از آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ در تدبیر مسائل جنگ به‌صورت فعالانه نقش داشته است. در روز آغاز جنگ در جلسه ستاد مشترک ارتش حضور یافت و داوطلب بررسی مسئله جنگ در جبهه‌ها شد<ref>خامنه‌ای، خاطرات ماندگار، ۱۲؛ محمدی ری‌شهری، ۱/۱۹۱ ـ ۱۹۲</ref> و در پنجم مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام‌خمینی<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۶۸.</ref> در لباس یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> تا گزارشی از وضع جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه کرده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> بر این اساس وی عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت و پس از آن در جبهه غرب حاضر شد و این حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام‌خمینی یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، تا ماه‌های آغازین سال ۱۳۶۰ مستمر بود<ref>خامنه‌ای، مصاحبه‌ها در سال ۱۳۶۰، ص۷ ـ ۸</ref>؛ چنان‌که یک‌بار با لباس نظامی با امام‌خمینی دیدار کرد و ایشان خاطرنشان کرد که مایه افتخار است که یک روحانی لباس رزم بپوشد و این درست همان چیزی است که باید باشد<ref>دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری، خبرگان ملت، ج۱، ص۶۸.</ref>

به فرمان امام‌خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه امور جنگ شد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۳، ص۲۶۳ ـ ۲۶۴</ref>) و خامنه‌ای که پیش از آن بر اساس حکم امام‌خمینی در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده ایشان در این شورا<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱، ص۲۸۱</ref> و نیز سخنگوی آن بود<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>، در مدت جنگ مشاور امام‌خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود<ref>بنی‌لوحی و دیگران، نبردهای شرق کارون به روایت فرماندهان، ص۱۷۲ ـ ۱۷۳.</ref> وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی برگزار می‌کرد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رساند<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref>{{ببینید|شورای عالی دفاع ملی}}

خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه‌بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد<ref>دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله العظمی سیدعلی خامنه‌ای، نگاهی گذرا به زندگینامه‌ی حضرت آیت‌الله العظمی سیدعلی حسینی خامنه‌ای.</ref> امام‌خمینی در پاسخ به استعلام خامنه‌ای در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ اجرای مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم شمرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۶۷.</ref> وی در خرداد ۱۳۶۷ در نامه‌ای به امام‌خمینی، درخواست کرد تمام امور مربوط به نیروهای مسلح، به یک نفر واگذار شود و هاشمی رفسنجانی را شایسته‌ترین شخص برای این منظور دانست و امام‌خمینی نیز در تاریخ ۱۲/۳/۱۳۶۷ در حکمی وی را با حفظ مسئولیت در مجلس شورای اسلامی، به جانشینی فرمانده کل قوا منصوب کرد<ref>۲۱/۵۶</ref> و این مسئولیت تا پایان جنگ ادامه داشت<ref>هاشمی رفسنجانی، زندگینامه، ص۱۷.</ref>{{ببینید|اکبر هاشمی رفسنجانی|فرماندهی کل قوا}}

در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل متحد توسط ایران، جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش این قطعنامه در جلسه‌ای به ریاست خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام‌خمینی نیز آن را پذیرفته و به مردم اعلام کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۹۲ ـ ۹۵.</ref> پس از آن خامنه‌ای نیز به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷/۴/۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه را از سوی ایران اعلام کرد<ref>ولایتی، ص۲۷۸ ـ ۲۷۹</ref>{{ببینید|قطعنامه ۵۹۸.}}

خامنه‌ای که در سال ۱۳۳۴ با نام امام‌خمینی آشنا شده بود، امام‌خمینی را استادی متفاوت و حاضرجواب برشمرده و از درس اخلاق ایشان ستایش کرده است<ref>خامنه‌ای ، شرح اسم، ص۹۴ ـ ۹۵.</ref> از نظر او امام‌خمینی، یک شخصیت استثنایی و بی‌نظیر بود که نمی‌توان با هیچ شخصیت دیگری مقایسه کرد مگر با پیامبران(ص)، اولیا و معصومان(ع). از نگاه وی امام‌خمینی همه ویژگی‌های کمال انسانی مانند عقلانیت، دوراندیشی، حکمت، تیزبینی، کیاست، ابهت، صلابت، هوشمندی، متانت، آینده‌نگری، دوراندیشی، آدم‌شناسی و مردم‌شناسی را یکجا جمع کرده بود<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، بیانات، ۱۳۶۸، ۳ ـ ۲۴، ۶ و ۱۱ ـ ۱۲.</ref> وی که خود را شاگرد متواضع و فرزند مطیع و مریدِ دلباخته امام‌خمینی برشمرده است، درس ایشان را تنها در حوزه علمیه منحصر ندانسته است، بلکه بزرگ‌ترین و ماندگارترین درس ایشان در طول ده سال پایانی عمر ایشان دانسته که مانند آیات حکمت به جان و دل خریده است<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، مکتوبات، ۱۳۶۸، ۴.</ref> از نگاه وی، امام‌خمینی تنها یک رهبر سیاسی و یک مقام در سلسله‌مراتب تشکیلاتی کشور نبود، بلکه پشتوانه معنوی و روحی و مایه امید و وزنه بزرگ و قله عظیمی بود که دایم می‌جوشید و هر کس را به اندازه ظرفیت او سیراب و بهره‌مند می‌کرد<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، بیانات، ۱۳۶۸، ۲۵.</ref>

خامنه‌ای که از اثرگذاری جدی شخصیت امام‌خمینی بر خود خبر داده است<ref>خامنه‌ای، ره، رهرو و رهبر، ۵۴۲</ref>، رمز موفقیت ایشان را در اخلاص، توکل و حسن ظن ایشان شمرده<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، بیانات، ۱۳۶۸، ۱۸۸</ref> و ایشان را دست قدرت الهی در روزگار و زمانه خوانده که اسلام را از غربت درآورد<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، بیانات، ۱۳۷۰، ۶۹</ref> و به اسلام و مسلمانان قوت و عزت بخشید<ref>خامنه‌ای، حدیث ولایت، بیانات، ۱۳۷۰، ۶۵</ref>؛ چنان‌که در طول هشت سال ریاست جمهوری، گاهی اختلاف نظرهایی میان امام‌خمینی و خامنه‌ای ازجمله در تداوم نخست‌وزیری وقت پیش آمد و در ظاهر زاویه‌هایی ایجاد شد؛ اما وی همیشه از نظر امام‌خمینی پیروی می‌کرد و نظر ایشان را بر نظر خود مقدم می‌داشت<ref>هاشمی رفسنجانی، امید و دلواپسی، ص۲۳؛ ← امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۰/۴۵۵.</ref>

امام‌خمینی نیز به خامنه‌ای توجه و علاقه ویژه‌ای داشت؛ چنان‌که برخلاف معمول او را به حضور می‌پذیرفت و سپس به دیگر کارها می‌پرداخت<ref>رحیمیان، در سایه آفتاب، ص۱۹۱ ـ ۱۹۲.</ref> و با یادآوری حسن سابقه او در علم و عمل وی را شایسته امامت جمعه تهران دانسته<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۲، ص۱۱۶</ref> و دست‌پروده خود شمرده است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۵، ص۲۰۰.</ref> ایشان پس از ترور خامنه‌ای پیامی صادر کرد و او را از سلاله رسول اکرم(ص) و خاندان حسین‌بن‌علی(ع) نامید و سربازی فداکار در جبهه جنگ، معلمی آموزنده در محراب، خطیبی توانا در جمعه و جماعات، راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب و کسی که در جبهه‌ها لباس سربازی و در پشت جبهه‌ها لباس روحانی به تن کرده و به مردم خدمت می‌کند، شمرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۴، ص۵۰۳ ـ ۵۰۴.</ref> ایشان همچنین هنگام تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری، خامنه‌ای را در خط مستقیم اسلام، عالم به دین و سیاست، متفکر و دانشمندی بی‌نظیر در میان تمام سلاطین و رؤسای جمهور دانست<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۵، ص۲۷۹</ref> و در بیان دیگری، ایشان را متعهد به اسلام، خدمتگزار و نعمت خدا که بنای قلبی‌اش خدمت به ملت است، شمرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۱۷، ص۲۷۲.</ref>

از سوی دیگر، به دنبال تفسیری که خامنه‌ای از دیدگاه و سخن امام‌خمینی درباره قلمرو اختیارات حکومت اسلامی در یکی از خطبه‌های نماز جمعه مطرح کرد و واکنش‌هایی را در پی داشت، وی طی نامه‌ای به امام‌خمینی، نظر ایشان را درباره گفته‌های خود جویا شد<ref>← امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۵۱.</ref> امام‌خمینی ضمن نقد ظاهر سخن وی در نماز جمعه، آن را برخلاف گفته‌های خود شمرد و ضمن تشریح اختیارات حکومت و تأکید بر محدود نبودن آن در چارچوب احکام فرعی شرعی، در پایان اشاره کرد که هدف خامنه‌ای خدمت به اسلام است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۵۱ ـ ۴۵۲.</ref> خامنه‌ای در نامه دیگری که چند روز بعد به امام‌خمینی نوشت، با استقبال از ارشادات ایشان، اعلان آمادگی کرد که مقصود خود را از سخنان یادشده توضیح دهد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۵۵.</ref> و امام‌خمینی در پاسخ دوباره خود به ارتباط نزدیک خود با خامنه‌ای اشاره کرد و او را برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن، بازوی توانای جمهوری اسلامی، حامی مبانی فقهی ولایت مطلقه فقیه و ازجمله افراد نادری شمرد که چون خورشید روشنی می‌بخشد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ج۲۰، ص۴۵۵.</ref>؛ چنان‌که امام‌خمینی وی و برخی دیگر مانند هاشمی رفسنجانی را شایسته مسئولیت رهبری پس از خود شمرده است<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی و سازندگی، ۱۵۱؛ امینی، مصاحبه، ۲۰؛ مصطفوی، جمهوری اسلامی، ۲؛ مصطفوی، ایسنا</ref>{{ببینید| قائم‌مقام رهبری}}

پس از [[رحلت امام‌خمینی]]، خامنه‌ای [[وصیت‌نامه امام‌خمینی]] را در [[مجلس خبرگان رهبری]] خواند و سپس مجلس خبرگان پس از بحث‌های جدی، وی را با ۶۰ رأی از ۷۴ عضو حاضر در جلسه، به رهبری انقلاب و [[نظام جمهوری اسلامی ایران]] برگزید<ref>هاشمی رفسنجانی، بازسازی و سازندگی، ۱۵۱.</ref> (← مقاله مجلس خبرگان رهبری.) [[سیداحمد خمینی]] پس از انتخاب خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به وی با اشاره به تأکید چندباره امام‌خمینی بر مقام اجتهاد و کمال شایستگی وی برای رهبری جمهوری اسلامی ایران سپاسگزاری صمیمانه اعضای [[بیت امام‌خمینی]] از خبرگان را اعلام کرد و بر لزوم پیروی خود از دستورهای رهبری به عنوان ولی فقیه تأکید کرد (۳.)

این انتخاب بیعت وسیع و گسترده مردم و عالمان دین را در همه شهرها در پی‌داشت که به صورت حضوری، شرکت در راهپیمایی‌ها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومارها انجام شد<ref>کیهان، ۱۸/۳/۱۳۶۸ش.</ref> «کاروان‌های میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانه چهلمین روز ارتحال امام‌خمینی از سراسر کشور به راه افتاد<ref>جمهوری اسلامی، ۱۹/۴/۱۳۶۸</ref> و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و راهبردی کشور<ref>جمهوری اسلامی، ۱۲/۶/۱۳۶۸.</ref> و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت<ref>جمهوری اسلامی، ۲۲/۶/۱۳۶۸.</ref> و این بیعت ماه‌ها استمرار داشت. در سال ۱۳۷۳ پس از رحلت [[محمدعلی اراکی]] از مراجع تقلید، [[جامعه مدرسین حوزه علمیه قم]] در بیانیه‌ای هفت تن را به عنوان مراجع جایزالتقلید معرفی کرد که یکی از آنان خامنه‌ای بود<ref> نور علم، مجله، ص۷ ـ ۸.</ref>

از خامنه‌ای آثار چندی منتشر شده است؛ ازجمله طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن، از ژرفای نماز، گفتاری در باب صبر، چهار کتاب اصلی علم رجال، هنر از دیدگاه سیدعلی خامنه‌ای، گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه مشهد، پیشوای صادق (سیری در زندگی امام‌صادق(ع))، زندگینامه ائمه دین و گفتاری درباره حکومت علوی(ع). آثاری نیز به دست وی ترجمه شده است، صلح امام‌حسن(ع) (تألیف شیخ‌راضی آل‌یاسین)، آینده در قلمرو اسلام (تألیف سید قطب)، مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان (تألیف عبدالمنعم نمری نصری) و ادعانامه‌ای علیه تمدن غرب (تألیف سید قطب)<ref>قلی‌زاده، گلشن ابرار، ۲/۹۸۱؛ مؤسسه فرهنگی قدر ولایت، جرعه نوش کوثر، ص۲۵۲.</ref> نیز مجموعه سخنان، احکام، نامه‌ها و پیام‌های وی از زمان رهبری با عنوان حدیث ولایت، در قالب کتاب و نرم‌افزار تدوین و منتشر شده است.

خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ با منصوره خجسته باقرزاده، فرزند محمداسماعیل خجسته باقرزاده از بازاریان مذهبی مشهد ازدواج کرده است<ref>خامنه‌ای، شرح اسم، ص۲۱۱ ـ ۲۱۲.</ref> حاصل این ازدواج چهار فرزند پسر و دو دختر است و هر چهار فرزند پسر روحانی‌اند و به امور علمی و درسی حوزوی اشتغال دارند<ref>میثاق، میثاق، پایگاه اطلاع‌رسانی.</ref>

سه برادر خامنه‌ای عبارت‌اند از سیدمحمد (ولادت ۱۳۱۴)، سیدهادی (ولادت ۱۳۲۶) که هر دو روحانی‌اند و سیدحسن (ولادت ۱۳۲۹). [[سیدمحمد خامنه‌ای]] پیش از انقلاب اسلامی دو بار ماموریت یافت که پیام امام‌خمینی را به علمای مشهد برساند و یک بار آن همراه با برادرش سیدعلی خامنه‌ای بود و آن دو از مشهد پیام مرجع تقلید وقت، [[سیدمحمدهادی میلانی]] را نیز به امام‌خمینی رساندند<ref>خامنه‌ای، سیدمحمد، ج۱، ص۱۷۵.</ref> وی پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی و نماینده مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی در دوره اول و دوم بود. او در شمار هشت نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی بود که در [[مک فارلین|ماجرای سفر مک فارلین به ایران]]، به [[علی‌اکبر ولایتی]] وزیر امور خارجه وقت، نامه اعتراضی نوشته و خواهان توضیح وی در مجلس شدند<ref>خامنه‌ای، سیدمحمد، ج۱، ص۴۳؛ هاشمی و حمیدی، ماجرای مک فارلین، فروش سلاح، ص۱۷۳ و ۲۰۱.</ref> و این کار آنان واکنش شدید امام‌خمینی را در پی داشت<ref>امام‌خمینی، صحیفه مام، ج۲۰، ص۱۶۱ ـ ۱۶۳.</ref> و سبب شد که آنان اعتراض خود را پس بگیرند.{{ببینید|مک فارلین}}

سیدهادی خامنه‌ای که از فعالان سیاسی و عضو [[مجمع روحانیون مبارز]] است، نماینده مردم مشهد در دوره اول، دوم و سوم و نماینده مردم تهران در دوره ششم [[مجلس شورای اسلامی]] بوده است. سیدحسن خامنه‌ای دارای سابقه مبارزاتی در رژیم پهلوی است و این امر زندانی‌شدن او را در سال ۱۳۵۳ درپی داشته است<ref>خامنه‌ای، سیدمحمد، ج۱، ص۴۷.</ref>