حوزه‌های علمیه: تفاوت میان نسخه‌ها

حوزه‌های علمیه، مراکز آموزشی، تربیتی و پژوهشی علوم دینی در میان شیعیان.

حوزه به معنای ناحیه، محدوده قلمرو و بخشی از یک سازمان یا تشکیلات است <ref>(انوری، ۳/۲۶۰۰ ـ ۲۶۰۱)</ref> و حوزه علمیه، مرکز تحصیل علوم دینی <ref>(معین، ۱/۱۳۷۸)</ref> و عنوان جدیدی برای سازمان، نهاد و مرکز آموزش نظام‌مند علوم دینی در میان شیعه امامیه (حسینی، پنج) است و برای فهم، تفسیر، تعلیم، تبلیغ آموزه‌های دینی و حفظ و گسترش دین تأسیس شده است <ref>(حسینی‌زاده، ۱۱).</ref> امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را محل تدریس، تعلیم و تربیت، تبلیغ دین، رهبری مسلمانان و جایگاه فقهای عادل و امین می‌دانست <ref>(ولایت فقیه، ۱۴۶)</ref> و کارکرد اصلی و مهم حوزه‌های علمیه را حفظ اسلام و ترویج آموزه‌های قرآنی و احکام الهی به شمار می‌آورد و بر پویایی و مقاومت آن در برابر دشمنان اسلام تأکید می‌کرد <ref>(← ادامه مقاله).</ref>

ریشه شکل‌گیری حوزه‌های علمیه به صدر اسلام و آغاز رسالت پیامبر اکرم(ص) باز می‌گردد. بعثت پیامبر(ص) با هدف تربیت و آموزش مردم صورت گرفت <ref>(آل عمران، ۱۶۴؛ جمعه، ۲).</ref> با تأکید قرآن کریم بر لزوم فراگیری علم دین <ref>(توبه، ۱۲۲)</ref> و ستایش دانش و دانشمندان <ref>(زمر، ۹؛ فاطر، ۲۸)</ref>، فراگیری علم دین از دوران پیامبر(ص) رواج یافت <ref>(موحد ابطحی، ۱/۸)</ref> و هم‌زمان با ظهور اسلام، نخستین مرکز آموزش امور دینی در مکه برپا شد (صافی گلپایگانی، ۲۱)؛ چنان‌که در مسجدالحرام <ref>(ابن‌هشام، ۱/۳۸۲ ـ ۳۸۳)</ref> و در خانه‌های مؤمنان مانند خانه ارقم‌بن‌ابی‌ارقم در دامنه کوه صفا که بعدها به «دارالتبلیغ ارقم» معروف شد حلقه‌های آموزشی تشکیل می‌گردید <ref>(ابن‌سعد، ۳/۸۶؛ علم‌الهدی، ۱۲ ـ ۱۳).</ref> بر اساس برخی نقل‌ها به سبب آموزش‌های پنهانی در این محل چهل نفر و ازجمله حمزةبن‌عبدالمطلب و ابوذر به اسلام گرویدند <ref>(علم‌الهدی، ۱۲ ـ ۱۳).</ref> این آموزش‌ها که در آغاز ساده و محدود به فراگیری قرآن و معارف و احکام آن بود، مبنا و پایه آموزش‌های پیچیده‌تر بعدی و زمینه‌ساز تحولات پس از آن به شمار می‌رود <ref>(همان، ۱۲).</ref>

با هجرت پیامبر اکرم(ص) به مدینه، این شهر به مرکز علمی، فکری و سیاسی اسلام تبدیل شد و مسجدالنبی(ص)، بزرگ‌ترین مرکز تعلیم و تدریس مسائل و معارف اسلامی گردید <ref>(صافی گلپایگانی، ۲۱).</ref> با نزول آیه ۱۲۲ توبه، که از مومنان می‌خواست گروهی از آنان پس از فراگیری معارف و احکام اسلام در مدینه برای تبلیغ و انذار مردم به میان قوم و قبیله خود بروند، در حقیقت مرکز آموزش دینی برای تفقه در دین شکل گرفت و به تدریج زمینه تأسیس نهاد عالمان دین و مدارس و حوزه‌های علمیه در اسلام فراهم شد <ref>(علم‌الهدی، ۱۳۹ ـ ۱۴۷).</ref> پیامبر اکرم(ص) در سال سوم هجری گروهی از مسلمانان را که قرآن و اسلام را فراگرفته بودند برای تبلیغ اسلام به اطراف مدینه فرستاد که در محلی به نام رجیع مورد حمله دشمنان قرار گرفتند <ref>(واقدی، ۱/۳۵۴ ـ ۳۵۵).</ref>

پس از رحلت پیامبر اکرم(ص)، شهر مدینه با حضور امام‌علی(ع) و تنی چند از صحابه، مرکزیت علمی خود را حفظ کرد و در ادامه، مبدأ همه حوزه‌های علمیه شیعه، بلکه جهان اسلام شد <ref>(صافی گلپایگانی، ۲۹ ـ ۳۰)</ref> و همه علمای اسلام و ائمه مذاهب و رهبران فرقه‌های کلامی، اعم از معتزله و اشاعره و امامیه، مستقیم یا غیر مستقیم، شاگرد امیرالمؤمنین علی(ع) بودند؛ همچنان‌که آن حضرت منشأ گسترش علوم کلام، فقه، تفسیر، عرفان و نحو و ادبیات عرب، بود <ref>(ابن‌ابی‌الحدید، ۱/۱۷ ـ ۲۰).</ref> فعالیت مرکز علمی مدینه در عصر امامت امام‌حسن(ع)، امام‌حسین(ع) و امام‌زین‌العابدین(ع)، با هدایت و رهبری این بزرگان، ادامه یافت (صافی گلپایگانی، ۳۰ ـ ۳۲)؛ اما شکوفایی این مکتب علمی در دوران امامت امام‌باقر(ع) و امام‌صادق(ع) بود (سبحانی، ۱۲۱). امام‌صادق(ع) علاوه بر علوم رایج اسلامی، علوم دیگری نیز تدریس می‌کرد <ref>(صافی گلپایگانی، ۳۲).</ref> برای امام‌باقر(ع) بیش از پانصد <ref>(طوسی، ۱۲۳ ـ ۱۵۱)</ref> و برای امام‌صادق(ع) دست‌کم چهار هزار راوی ذکر کرده‌اند <ref>(مفید، ۲/۱۷۹).</ref> امام‌صادق(ع) در دوران خلافت سفاح عباسی، به مدت دو سال به کوفه رفت و باعث شکوفایی مرکز علمی کوفه شد که پیش از آن به دست امیرالمؤمنین(ع) بنیان گذاشته شده بود. در آن زمان، بزرگان بسیاری جذب این پایگاه علمی شدند و نهصد عالم و راوی در مسجد کوفه از امام‌صادق(ع) روایت نقل می‌کردند. ابان‌بن‌تغلب، محمدبن‌مسلم و زرارةبن‌اعین از شاگردان این حوزه بودند <ref>(سبحانی، ۱۲۲ ـ ۱۲۳)</ref> (← مقاله‌های محمدبن‌علی، امام‌باقر(ع)؛ جعفربن‌محمد، امام‌صادق(ع)).

امامان معصوم(ع) و یاران آنان در مسجدها و خانه‌های خود حلقه‌های درسی تشکیل می‌دادند تا آموزه‌های اصیل دینی را برای مخاطبان بیان کنند <ref>(صفار، ۱/۵۰۸؛ صدوق، ۲/۴۵۳؛ طارمی‌راد، ۱).</ref> کوفه، حلّه و بغداد از مراکز پررونق علمی در عصر امامان معصوم(ع) بودند <ref>(اباذری، ۱۰۷).</ref> شیعیان با آغاز عصر غیبت، برای حفظ میراث ائمه(ع) و تقویت بنیه‌های علمی خود در برابر مخالفان، اقدام به تأسیس مراکز علمی کردند <ref>(حسینی‌زاده، ۲۴).</ref> گسترش علوم اسلامی، ورود شبهات و لزوم تطبیق مکتب بر موضوعات جدید، و نیز گسترش سرزمین‌های اسلامی و لزوم تشریح و تبلیغ دین به وسیله عالمان و فقیهان ایجاب می‌کرد که مراکزی به نام مدارس علوم دینی (حوزه‌های علمیه) به وجود آید <ref>(علم‌الهدی، ۸۶)</ref>؛ ازجمله این مراکز علمی، بغداد بود که بزرگانی مانند شیخ مفید، سید مرتضی و شیخ طوسی یکی پس از دیگری، رهبری آن را بر عهده گرفتند و محور درس و بحث و آموزش شدند و صدها فقیه و محدث از اهل تسنن و شیعه از محضر آنان بهره می‌بردند <ref>(سبحانی، ۱۲۵ ـ ۱۲۷).</ref>

جامعةالقرویین در مغرب عربی و جامعةالازهر در قاهره مصر را نیز که از مراکز مهم علمی اهل سنت است دولت‌های شیعی تأسیس کردند <ref>(صافی گلپایگانی، ۳۷ و ۸۰).</ref> شهرهای دارای مشاهد و مزارات امامان معصوم(ع) و برخی از امام‌زادگان، از آن رو که کانون سکونت و تجمع شیعیان بوده‌اند، غالبا دارای حوزه‌های علمیه بوده‌اند؛ به استثنای مدینه که به‌رغم داشتن ساکنان و گاه حاکمان شیعه، به دلیل سیطره حکومت‌های تابع خلافت هیچ‌گاه حوزه علمیه نداشته است <ref>(طارمی‌راد، ۱۴/۳۴۸).</ref> حوزه‌های علمیه با فعالیت‌های علمی و تحقیقات در رشته‌های مختلف برای تبلیغ، هدایت و شناساندن اسلام به دنیا و جوامع بشری تلاش کرده‌اند و با تألیف کتاب‌های سودمند و انتشار مقالات، مجلات، سخنرانی‌ها، مواعظ و تربیت افراد لایق و علمای صالح، در همه زمان‌ها نقش مؤثر و چشمگیری داشته‌اند و در بالابردن سطح معارف مسلمانان و نیز تحرک و بیداری شیعه و پایداری آنان در برابر هجوم‌ها و یورش‌ها در مقاطع و فرصت‌های مختلف، عامل مهمی بوده و هستند <ref>(صافی گلپایگانی، ۹۰).</ref> جهاد و مبارزه و فعالیت‌های اجتماعی و مبارزه با ظلم، همواره از ویژگی‌ها و ارزش‌های حاکم بر حوزه‌های علمیه بوده است <ref>(موحد ابطحی، ۱/۱۹ ـ ۲۰)</ref> و در این جهت در حدود یک قرن اخیر، حوزه‌های علمیه و علمای شیعه در خط اول مبارزه با استعمارگران بوده‌اند و تلاش عالمانی مانند آقانورالله اصفهانی، آقاجمال اصفهانی، سیدحسن مدرس، سیدابوالقاسم کاشانی، سیدحسین بروجردی و امام‌خمینی، از نمونه‌های شاخص آن شمرده می‌شوند <ref>(صافی گلپایگانی، ۹۱ ـ ۹۴).</ref>

تشکیل حوزه علمیه در جهان اسلام به معنای امروزین آن را در بغداد و سپس نجف و حله دانسته‌اند (جعفری هرندی، ۱۸۲) و چنانکه مشهور است شیخ طوسی بزرگ‌ترین و ماندگارترین حوزه علمیه شیعه را در نجف تأسیس کرد و برای آن برنامه منظم درسی قرار داد. در این حوزه، در سده‌های طولانی، هزاران عالم در رشته‌های فقه، فلسفه، کلام، تفسیر، لغت و دیگر علوم پرورش یافتند <ref>(آقابزرگ، ۱/۶ ـ ۷)</ref> (← مقاله حوزه علمیه نجف). از دیگر حوزه‌های علمیه می‌توان به حوزه سامرا، کربلا، بغداد، ری، اصفهان و قم اشاره کرد <ref>(موحد ابطحی، ۱/۶۳، ۲۶۴، ۲۷۶، ۲۹۰ و ۳۵۳)</ref> (← مقاله حوزه علمیه قم). به لحاظ سرزمینی نیز گسترش حوزه‌های علمیه در مناطقی مانند عراق، ایران، سمرقند، بخارا، افغانستان، پاکستان، هند، آذربایجان، بحرین، مصر، سوریه و جبل عامل لبنان بوده است <ref>(اباذری، ۱۰۷).</ref>

حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ با فراز و نشیب‌های فراوانی روبه‌رو بوده‌اند و فشارها و خفقان‌های سخت و سنگینی را که برای نابودی هر گروه و مجموعه‌ای کافی است، تحمل کرده‌اند <ref>(صافی گلپایگانی، ۹۰).</ref> در طول تاریخ پیدایش حوزه‌های علمیه علمای دین و روحانیت با سختی‌ها و تنگناهای سیاسی و اجتماعی فراوانی از سوی حاکمان روبه‌رو بوده‌اند و از این‌رو همیشه مترصد فرصتی برای رهایی از این تنگناها بوده‌اند <ref>(علم‌الهدی، ۹۱)</ref>؛ ولی حرکت درست و هوشمندانه آن‌ها در مقابله با مشکلات و استفاده از فرصت‌هایی که پیش می‌آمد موجب شد که از مشکلات و تنگناها عبور کنند و حوزه‌های علمیه از تعطیلی نجات پیدا کند <ref>(همان، ۹۱ ـ ۹۲).</ref> یکی از این دوره‌های سخت و طاقت‌فرسا به زمان رضاشاه پهلوی بر می‌گردد که مراکز دینی و حوزه‌های علمیه در ایران بر اثر سیاست‌های ضد دینی وی با سختی‌ها و مشکلات زیادی روبه‌رو شد و در آستانه نابودی قرار گرفت <ref>(← ادامه مقاله)</ref>؛ ولی با این حال، عواملی مانند مقاومت و پایداری علما و حمایت‌های مردمی، مانعِ از میان‌رفتن حوزه‌های علمیه شد <ref>(حسینیان، ۴۳۰؛ موحد ابطحی، ۱۸).</ref>

عوامل دیگری نیز در ماندگاری حوزه‌های علمیه موثر بودند که برخی از آن‌ها عبارت‌اند از: ۱. وجود عالمان بزرگ و مقاوم و تعطیل‌نکردن مجالس درسِ و بحث؛ ۲. قرارداشتن برخی حوزه‌های علمیه در جوار بارگاه و حرم‌های امامان(ع) و امامزادگان که محل زیارت و کانون سکونت و تجمع شیعیان بوده‌اند؛ ۳. فرمانروایی حاکمان شیعه در برخی دوره‌ها و مرکزیت سیاسی یافتن شهرهایی مانند اصفهان، تهران و قزوین و شکل‌گیری حوزه‌های علمیه در آن شهرها (طارمی‌راد، ۴ ـ ۵). حوزه‌های علمیه همیشه کانون بزرگان و اندیشمندان اسلامی، علما، فقها، مفسران و فلاسفه متألّه و دیگر متخصصان علوم اسلامی بوده‌اند و هزاران اثر علمی در رشته‌های علمی مختلف اسلامی به دست آنان تهیه شده است و به صورت میراث علمی باقی مانده است. حوزه‌های علمیه افزون بر خدمات علمی، همواره در کنار مردم و انگیزه نیرومندی برای حرکت‌های مردمی در برابر فشارهای سیاسی و ظلم‌های اجتماعی بوده‌اند؛ نمونه بارز آن انقلاب اسلامی ایران است که با هدایت و رهبری امام‌خمینی به ثمر رسید <ref>(شیرخانی و زارع، ۵۴ ـ ۵۵).</ref>

اهداف حوزه‌های علمیه متنوع و گوناگون است. این اهداف ناشی از رسالت‌هایی است که از پیامبران الهی به علما و حوزه‌های علمیه به ارث رسیده است <ref>(علم‌الهدی، ۳۵).</ref> ازجمله اهداف اصلی حوزه‌های علمیه عبارت‌اند از : ۱. تفقه در دین و شناخت همه‌جانبه اسلام بر مبنای منابع اصیل دینی؛ ۲. سوق دادن مردم به عمل به اخلاق الهی و پای‌بند عملی به همه احکام و آموزه‌های اسلامی؛ ۳. تبلیغ اسلام و تعلیم معارف اسلامی و شناساندن آن به همه جوامع بشری؛ ۴. بسط و گسترش تربیت معنوی و آموزه‌های اخلاقی در سطح جامعه و جهان؛ ۵. مرزبانی و دفاع از کیان اسلام در برابر تهاجم دشمنان؛ ۶. تربیت نیروی انسانی برای اقامه قسط و عدل و برقراری حاکمیت الهی در ابعاد مختلف <ref>(شیرخانی و زارع، ۱۳۰).</ref> همچنین حوزه‌های علمیه اهداف دیگری مانند تربیت مبلغان دینی (اعم از مرد و زن) و نیز تربیت و تأمین نیرو برای نهاد قضا و امر قضاوت است <ref>(همان، ۲۲۳ و ۲۲۹).</ref>

نظام آموزشی در حوزه‌های علمیه بر محور استاد ـ شاگرد استوار است و غالباً همراه با یک متن تعلیمی و به روش القا، املا، سماع، مباحثه، قرائت و کتابت، شکل گرفته و گسترش یافته است <ref>(طارمی‌راد، ۱ ـ ۲).</ref> این نظام آموزشی در دوره اخیر، دارای سه دوره مقدمات، سطح و درس خارج است. در مقدمات، علومی مانند صرف، نحو، منطق، معانی و کتاب‌هایی مانند شرح امثله، صمدیه، مختصر المعانی و المنطق مظفر خوانده می‌شود. در دوره سطح به طور عمده علم فقه، اصول، فلسفه و کلام، در قالب کتاب‌هایی مانند شرح لمعه و مکاسب در فقه، اصول فقه و رسائل در اصول، شرح منظومه و نهایة الحکمه و شرح تجرید الاعتقاد تدریس می‌شود <ref>(موحد ابطحی، ۱/۲۷ ـ ۲۸).</ref> در درس خارج، علوم فقه و اصول، محور کار و بحث طلاب علوم دینی است و برای نظم‌بخشیدن به مطالب، یک کتاب فقهی مانند جواهر الکلام، عروة الوثقی یا تحریر الوسیله و یک کتاب اصولی مانند کفایة الاصول، محور بحث قرار می‌گیرد <ref>(شیرخانی و زارع، ۱۳۴)</ref> و استاد دیدگاه‌های مختلف را ارزیابی و نقد و سپس نظر خاص خود را ارائه می‌کند و شاگردان نیز حق اظهار نظر و رد نظر استاد را دارند. با طی این دوره، شاگرد می‌تواند به مرتبه اجتهاد برسد و صاحب نظر در فقه و اصول و مسائل اسلامی شود. در تمام این مراحل، محصل علوم دینی با راهنمایی استاد، اقدام به مطالعات و تحقیقات به صورت آزاد یا همراه با مطالعه و مباحثه می‌کند <ref>(موحد ابطحی، ۱/۲۹).</ref> پس از پیروزی انقلاب اسلامی، بر حسب نیاز و به دستور امام‌خمینی و تأیید مراجع تقلید و علمای حوزه، شورای مدیریت حوزه علمیه قم تشکیل شد <ref>(شیرخانی و زارع، ۴۴)</ref> و این شورا مبنای تحولات بسیاری در نظام آموزشی و تبلیغی حوزه علمیه گردید (← مقاله شورای مدیریت حوزه علمیه قم).

حوزه‌های علمیه با توجه به سخن امیرالمؤمنین علی(ع) که هیچ اجتهاد و تلاشی بدون تحقیق، سودمند نیست <ref>(آمدی، ۶۱)</ref>، مهد تفکر، تحقیق و تألیف بوده‌اند و تحقیق و پژوهش، رسالت و وظیفه حوزه به شمار می‌رفته است. امروزه نیز این رسالت کم‌وبیش در حوزه‌های علمیه وجود دارد <ref>(درایتی، ۵۷۹).</ref> فقه و اصول از علوم پررونق حوزه است و در کنار آن کلام و فلسفه هم تدریس می‌شود؛ چنان‌که در گذشته علوم ریاضی، نجوم، طب و مانند آن تدریس می‌شده است <ref>(طارمی‌راد، ۷ ـ ۸).</ref>

امام‌خمینی فقاهت را ضروری و بقای اسلام را در گرو فقیهان می‌دانست <ref>(صحیفه، ۶/۲۸۶)</ref> و معتقد بود توجه به فقه و فقاهت، شاخصه اصلی حوزه‌های علمیه است و همین ویژگی است که اسلام و رابطه میان فقها و مردم را حفظ کرده است <ref>(همان، ۱۳/۱۲ ـ ۱۵)</ref>؛ زیرا بیشترین و مهم‌ترین نیاز دینی مردم را که همواره پشتوانه و حامی حوزه‌های علمیه بوده‌اند، فقه برآورده می‌کند <ref>(موحد ابطحی، ۱/۱۸).</ref> امام‌خمینی در کنار توجه ویژه به فقه و فقاهت به نیازهای دیگر نیز توجه می‌داد <ref>(← ادامه مقاله).</ref>

اتصال و ارتباط حوزه‌های علمیه با مساجد و کتابخانه‌ها که پیوستگی علم و دین و ارتباط تنگاتنگ حوزه با جامعه و حضور حوزویان در متن جامعه و میان توده‌های مردم را نشان می‌دهد، از ویژگی‌های حوزه‌های علمیه شمرده شده است <ref>(همان، ۱/۱۱)</ref>؛ همچنین توجه به خودسازی و وجود درس‌های اخلاق که استادان و شخصیت‌های معتبر حوزه برگزار می‌کنند، یکی از ابعاد آموزشی و از مهم‌ترین ویژگی‌های حوزه‌های علمیه است (علم‌الهدی، ۴۱ ـ ۴۲؛ طارمی‌راد، ۹). امام‌خمینی که خود در حوزه علمیه قم درس اخلاق تدریس می‌کرد و به تربیت روحی و تهذیب نفوس طلاب اهتمام می‌ورزید (چهل حدیث، ۷) (← مقاله تدریس امام‌خمینی)، همواره بر لزوم توجه به خودسازی درکنار تحصیل علوم دینی تأکید می‌کرد (صحیفه، ۲/۲۰ ـ ۲۱، ۲۷، ۲۸ و ۳۷) و علم بدون تهذیب را بی‌فایده، بلکه مضر می‌خواند <ref>(همان، ۱۳/۴۱۳)</ref> و بر آن بود که توجه‌نکردن به تهذیب اخلاق در حوزه‌های علمیه و خطر عالمان غیر مهذّب، بیشتر و خطرناک‌تر از قدرت نظامی پادشاهان مستبد است (همان، ۱۴/۱۶۹ ـ ۱۷۰). ایشان فقدان مبانی اخلاقی و آداب اسلامی را مایه اختلاف در حوزه‌ها می‌دانست و همواره درباره پیامد آن که از دست‌دادن پایگاه مردمی حوزه است، هشدار می‌داد (جهاد اکبر، ۲۶ ـ ۲۷ و ۲۸ ـ ۳۱) (← مقاله‌های طلاب؛ تهذیب نفس).

یکی دیگر از شاخص‌های مهم حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، استقلال این نهاد دینی از حکومت‌های وقت بوده است (اباذری، ۳۵). این ویژگی به روحانیت شیعه و حوزه‌های علمیه، قدرت ایستادگی در برابر حکومت‌های ستمگر و رهبری انقلاب‌ها را بخشیده است (مطهری، ۲۴/۱۹۲ و ۲۷۵). امام‌خمینی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، استقلال حوزه‌های علمیه را موجب ساخته‌شدن انسان‌های شایسته و درخشش شخصیت‌های مستقلی چون سیدحسن مدرس می‌دانست (صحیفه، ۱/۳۹۰). ایشان بر همین اساس پس از پیروزی نیز بر استقلال حوزه‌ها و روحانیت از حکومت تأکید می‌کرد و معتقد بود حوزه‌های علمیه باید همانند گذشته مستقل و مردمی باقی بمانند (مطهری، ۲۴/۲۷۵) (← مقاله حوزه علمیه قم).

  رضاشاه پهلوی در آغاز سلطنت (۱۳۰۵ش) با تظاهر به پایبندی به رفتار مذهبی بسیاری از متدینان و عالمان را به خود جلب کرد <ref>(حسینیان، ۳۶۱).</ref> وی به سبب آگاهی از نفوذ علما، در آغاز از مخالفت آشکار با آنان خودداری می‌کرد و حتی خود را متدین و حامی شرع نشان می‌داد <ref>(حسینی‌زاده، ۲۲۳)</ref>؛ اما پس از رسیدن به سلطنت و استوار کردن پایه‌های قدرت خود، در جهت حذف سنت‌ها، ارزش‌ها، باورهای مذهبی و نابودی روحانیت و حوزه‌های علمیه قدم برداشت <ref>(همان؛ حسینیان، ۳۶۱ ـ ۳۶۲).</ref> او حوزه و روحانیت را نهاد سنت و باورهای کهن و مانع توسعه مورد نظر خود می‌دید و برای محدودیت شدید آن برنامه داشت <ref>(حسینی‌زاده، ۲۲۴).</ref> تعطیلی مجالس عزاداری و خطابه‌های مذهبی که وظیفه ذاتی حوزویان بود، چنان‌که امام‌خمینی خود شاهد بوده است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۸/۷۸؛ ۱۰/۳۰۷ و ۱۶/۱۷۷)</ref>، دخالت در امور داخلی حوزه و امتحانات و نیز بر قراری قوانین برای پوشیدن لباس یک‌شکل که بسیاری از طلاب و روحانیان را با مشکلات زیادی مواجه و جمع بسیاری را به کنارگذاشتن لباس روحانیت مجبور کرد <ref>(حسینی‌زاده، ۲۲۷ ـ ۲۲۹)</ref>، ازجمله محدودیت‌هایی بود که رژیم پهلوی در این دوره بر حوزه و روحانیت تحمیل کرد. این محدودیت‌ها تعطیلی برخی حوزه‌ها و تخریب و واگذاری برخی از مدارس علمیه را در پی‌داشت <ref>(امام‌خمینی، کشف اسرار، ۳۳۲؛ حسینیان، ۳۹۵)</ref>؛ به گونه‌ای که در طی سلطنت رضاشاه، مدارس دینی از ۲۸۲ مدرسه به ۲۰۶ مدرسه و طلاب علوم دینی از ۵۹۸۴ تن به ۷۸۴ تن کاهش یافت <ref>(شیرخانی و زارع، ۳۳).</ref>

به نظر امام‌خمینی این فشارها و محدودیت‌ها که در طول دوران سلسله پهلوی ادامه داشت، در حقیقت برای از میان‌بردن حوزه‌های علمیه <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۸/۲۱۹)</ref> و در جهت حذف باورهای سنتی و مذهبی مردم و نابودی روحانیت بود <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۸/۲۲۳).</ref> ایشان دلیل دشمنی شدید رضاشاه پهلوی با علما را مخالفت آنان با زمامداری و اهداف مسموم و مخالف دین و منافع جامعه وی، ذکر کرده است؛ زیرا به باور ایشان پهلوی می‌دانست اگر گلوی علما را نفشرد و دهان آنان را با سرنیزه نبندد، تنها کسانی که با اهداف وی مخالفت می‌کنند، آنانند <ref>(کشف اسرار، ۹).</ref> در چنین شرایطی عبدالکریم حائری یزدی، سیاست مدارا و مماشات را برای بقای حوزه و اسلام و فرهنگ مذهبی در پیش گرفت <ref>(حسینی‌زاده، ۲۳۲ ـ ۲۳۳).</ref>

پس از رضاشاه عوامل متعددی ازجمله موقعیت اجتماعی متزلزل محمدرضا پهلوی، دولت را به همراهی با علما و تظاهر به دینداری وادار می‌ساخت و از سوی دیگر، نگرانی از گسترش مارکسیسم و جریان‌های ضد مذهبی، حوزه‌های علمیه و علما را به سوی مدارا با دولت می‌کشاند <ref>(همان، ۲۴۷)</ref> پس از کودتای ۲۸ مرداد که با تثبیت قدرت محمدرضا پهلوی و سرکوب توده‌ای‌ها و ملی‌گرایان همراه بود، پهلوی به‌تدریج از علما فاصله گرفت؛ اما تا زمان درگذشت سیدحسین بروجردی، مرجع تقلید وقت ایران، در سال ۱۳۴۰، آرامش نسبی میان دو طرف ادامه داشت <ref>(همان، ۲۴۸).</ref> درگذشت بروجردی موجب شد رژیم با تصور ضعف حوزه، در صدد اجرای برنامه‌های اصلاحی مورد نظر خود برآید؛ اما روند امور به گونه‌ای پیش رفت که اعتراض حوزه‌های علمیه و علما به رهبری امام‌خمینی، به مخالفت همه جانبه با محمدرضا پهلوی و در مرحله بعد اصل رژیم تبدیل شد <ref>(همان، ۲۵۰).</ref> در این دوره برخی سیاست‌های رژیم، استقلال حوزه‌های علمیه و روحانیت را نشانه گرفته بود که با واکنش امام‌خمینی روبه‌رو شد؛ چنانکه پس از اعلام راه‌اندازی «دانشگاه اسلامی» از سوی رژیم که با هدف مدیریت و تسلط بر حوزه‌های علمیه صورت می‌گرفت، ایشان هشدار داد و با صراحت اعلام کرد تا پای جان از استقلال حوزه دفاع و از مدیریت وزارت فرهنگ بر حوزه علمیه جلوگیری می‌کند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۳۰۳).</ref> از نظر ایشان، هدف رژیم از این ترفند سلطه‌جویانه، «کوبیدن اسلام با نام اسلام» بود <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۶۱)</ref>؛ چنان‌که اقدام رژیم در بردن طلاب به سربازی را می‌توان در همین راستا شمرد (← مقاله سربازگیری طلاب).

امام‌خمینی که معتقد بود رژیم پهلوی برای نابودی اسلام، از بی‌حرمتی به حوزه‌های علمیه و طلاب و محصور و زندانی‌کردن علما و مراجع ابایی ندارد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۴۱)</ref>، در فروردین ۱۳۴۲، پس از حمله رژیم پهلوی به مدرسه فیضیه (← مقاله حمله به مدرسه فیضیه) به این واقعه واکنش نشان داد و رژیم را نکوهش کرد <ref>(مرکز بررسی اسناد، ۵۰).</ref> به باور ایشان اختلاف‌افکنی میان علما و مردم <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۷۳ ـ ۲۷۵)</ref> و نیز دست‌یافتن بر حوزه‌های علمیه و اداره آن‌ها طبق میل و اراده حکومت <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۴۸۹)</ref>، ازجمله سیاست‌های رژیم پهلوی بود. حمله‌های مکرر رژیم به مدارس علوم دینی و بازداشت طلاب نیز با هدف برهم‌زدن آرامش محیط علمی حوزه‌ها و جلوگیری از علم‌آموزی طلاب <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۴/۹۲)</ref> و در نهایت تعطیلی این مراکز علمی <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۵/۱۰۳)</ref> صورت می‌گرفت؛ چنان‌که وقتی بعضی از مراجع مانند سیدابوالقاسم خویی، سیدکاظم شریعتمداری و امام‌خمینی از طریق نمایندگان‌شان، به ساخت بنا برای مدرسه علمیه و خوابگاه برای طلاب علوم دینی اقدام کردند، سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک) با نگرانی از رشد و نفوذ حوزه‌های علمیه و مشکلات امنیتی آینده از ادامه کار جلوگیری کرد و در عوض ساخت بناها و مراکزی با محوریت تمدن روز در قم را پیشنهاد کرد. شخص محمدرضا پهلوی با اطلاع از ساخت این مدارس در قم، به جلوگیری از آن و وضع مالیات سنگین برای کسانی که پول ساخت این مدارس را تأمین می‌کنند، فرمان داد. بیشتر هزینه ساخت مدارس، به وسیله خیرین تأمین می‌شد <ref>(مؤسسه تنظیم، ۱۷/ ۲۲۶ ـ ۲۳۸ و ۲۴۲).</ref> در اسناد ساواک افزون بر اینکه از نامه امام‌خمینی به سیداحمد خمینی یا در سندی دیگر سیدمرتضی پسندیده یادشده است که ساختن بنا برای طلاب، تأمین هزینه آن و لزوم سرعت عمل و بی‌سروصدابودن آن را درخواست کرده است <ref>(همان، ۱۷/۲۳۴ و ۲۳۷؛ امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۲۳).</ref> محمد صدوقی نیز به عنوان فردی که در دریافت وجوه نماینده امام‌خمینی است و در قم اقدام به خرید زمین و ساخت بنا برای طلاب می‌کند، معرفی شده است (همان، ۱۷/ ۲۲۸ ـ ۲۳۰، ۲۳۷) (← مقاله صدوقی، محمد). امام‌خمینی که حمایت و حفاظت از کیان اسلام و قرآن در برابر دشمنان را وظیفه اساسی حوزویان می‌دانست، بیداری و مقاومت حوزه‌های علمیه، به‌ویژه حوزه علمیه قم در برابر رژیم پهلوی را مایه سرافرازی و رونق نهضت روحانیت بر می‌شمرد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۱۴ ـ ۳۱۵، ۳۲۱ و ۳۳۸).</ref>

حوزه علمیه نجف نیز با توجه به محدودیت‌های به‌وجودآمده از سوی حکومت‌ها، دوره‌های اوج و فرود را پشت سر گذاشته است (سیف‌زاده، ۱۰۶ ـ ۱۰۷). قدرت‌یافتن کمونیسم و حزب بعث در عراق، واکنش حوزه علمیه نجف و ورود این حوزه به صحنه سیاست، پیامدهایی همچون زندانی و اعدام‌شدنِ شمار زیادی از روحانیون را در پی داشت (حکیم، ۱۲۵ و ۱۳۲). حکومت بعثی عراق برای زمین‌گیرکردن مرجعیت شیعه و تضعیف حوزه‌های علمیه، اقدام‌هایی را مانند ضمیمه‌کردن عتبات و مکان‌های دینی به اوقاف، لغو معافیت طلاب از سربازی و اخراج ایرانیان از عراق (تبرائیان، ۴۸۷ ـ ۴۸۸) در سال‌های ۱۹۷۰م/ ۱۳۵۰ش، ۱۹۷۶م/ ۱۳۵۴ش، ۱۹۸۰م/ ۱۳۵۸ش و ۱۹۹۱م/ ۱۳۶۹ش انجام داد و با نسبت‌دادن اتهام جاسوسی به علمای شیعه و خاندان آنان تلاش کرد فعالیت‌های حوزه را محدود و عده زیادی از علما و طلاب غیر عراقی را از نجف اخراج کند (سیف‌زاده، ۱۰۷ ـ ۱۰۸). هدف رژیم بعثی از پاکسازی حوزه از طلاب علوم دینیِ غیر عراقی، خالی‌کردن حوزه از ملیت‌های مختلف بود که رفت و آمد آنان خطری برای حاکمیت به شمار می‌رفت (تبرائیان، ۴۹۲ ـ ۴۹۳). امام‌خمینی با ناگوار شمردن این عمل، اعلام کرد از عراق خارج خواهد شد و از طلاب خواست آماده تحمل ناگواری‌ها باشند (صحیفه، ۲/۴۰۶ ـ ۴۰۷) (← مقاله حوزه علمیه نجف).

حوزه‌های علمیه در گذشته و حال، بزرگ‌ترین نقش را در حفظ و ترویج اسلام ایفا کرده‌اند. امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را مایه حیات اسلام می‌دانست و حرکت اصلاحی خود را از حوزه علمیه آغاز کرده بود <ref>(اخوان کاظمی، ۹ ـ ۱۰).</ref> ایشان در جوانی از آغاز حضور عبدالکریم حائری یزدی برای احیای حوزه علمیه قم، به این شهر هجرت کرد <ref>(ذاکری، ۴۵ ـ ۴۶)</ref> (← مقاله حائری یزدی، عبدالکریم) و در دوره زعامت سیدحسین بروجردی تلاش کرد با تقویت ایشان به تحکیم پایگاه نهاد مرجعیت بپردازد؛ زیرا معتقد بود از این راه می‌توان جامعه‌ای سالم و حوزه‌ای سرزنده و پویا داشت <ref>(ذاکری، ۱۱۵ ـ ۱۱۷).</ref> ایشان در همین راستا، اقداماتی را نیز برای حمایت مالی از بروجردی و حفظ حوزه‌های علمیه که زیر نظر ایشان اداره می‌شد، انجام داد <ref>(← امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۴ ـ ۲۵)</ref> (← مقاله‌های مرجعیت؛ بروجردی، سیدحسین).

امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را دژ مدافع عدالت‌خواهی و اسلام و مذهب <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۱۵)</ref>، و حفظ اسلام را مرهون حوزه‌های علمیه می‌دانست <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۶/۲۷۸).</ref> ایشان معتقد بود حوزه‌های علمیه سپاه واقعی دانش و اخلاق و درستی <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۱۲۶)</ref> و پایگاهی ممتاز برای حفظ عظمت اسلام و استقلال کشورهای اسلامی است که همواره چون سدی محکم در برابر تجاوز بیگانگان ایستادگی کرده است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۵۹؛ ۶/۲۷۸ و ۸/۱۵۰)</ref> و همانند دانشگاه می‌تواند منشأ همه سعادت‌های مادی و معنوی یا سرچشمه همه گرفتاری‌های کشور باشد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۳/۴۱۴).</ref> ایشان هدف حوزه‌های علمیه را حفظ اسلام معرفی می‌کرد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۷۴)</ref> و بر همین اساس معتقد بود حوزه‌های علمیه به خاطر برخورداری از امدادهای الهی و معنوی و همچنین پشتیبانی‌های مردمی، زوال‌ناپذیر است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۴۱۰ ـ ۴۱۲).</ref> ایشان تداوم مبارزه روحانیان را، با وجود سختی‌های فراوان، موجب اعتبار بین‌المللی حوزه‌های علمیه می‌دانست <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۱۴).</ref>

حوزه‌های علمیه در راستای وظایف و مسئولیت‌های خود باید متناسب با نیازهای زمان متحول و کارآمد شوند و دست‌کم در علوم انسانی مانند ادبیات، فلسفه، روان‌شناسی، جامعه‌شناسی، حقوق، اقتصاد و علم سیاست، نیازهای امروز جامعه را مرتفع سازند <ref>(باقری‌فر، ۱/۴۵۴)</ref>؛ از این‌رو امام‌خمینی انجام طراحی برای برنامه‌های درسی حوزه بر اساس نیاز کشور <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۲/۳۴۱)</ref> و تحقیق در ابعاد مختلف دین اسلام برای پاسخگویی به نیازها را به علما و طلاب توصیه می‌کرد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۶/۴۰۰).</ref> ایشان از حوزویان می‌خواست برای معرفی اسلام، آن‌گونه که هست، و دفاع از آن تلاش کنند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۵۹)</ref> و بر این باور بود که این مهم، علاوه بر فقه، مستلزم آموختن و آم وزش دیگر معارف اسلامی اعم از عقلی، سیاسی و اخلاقی نیز است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۶/۴۰۱ و ۱۳/۱۲ ـ ۱۳).</ref>

به اعتقاد امام‌خمینی فلسفه وجودی حوزه‌های علمی، ترویج احکام الهی، قوانین قرآنی و مقاومت در برابر دشمنان اسلام و خنثی‌سازی توطئه‌های آنان است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۵۹)</ref> (← مقاله روحانیت)؛ از این‌رو ایشان در دوران نهضت اسلامی ایران، با یادآوری سابقه درخشان حوزه‌های علمیه در ستم‌ستیزی، خواستار ادامه مبارزه حوزه‌ها با خطرهایی بود که اسلام و استقلال کشورهای اسلامی را تهدید می‌کند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۵۸).</ref> ایشان حوزه علمیه قم را پناهگاه مسلمانان عدالت‌خواه <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۲۱)</ref>، مرکز فقاهت راستین، مبدأ نهضت اسلامی <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۸/۵۰)</ref> و زنده‌کننده اسلام می‌نامید و خدمت این حوزه به اسلام را خدمتی دیرپا می‌دانست که تا صدها سال باقی خواهد ماند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۳۸)</ref> (← مقاله حوزه علمیه قم). همچنین ایشان درباره بی‌تحرکی برخی حوزه‌های علمیه و سکوت و سکون آنها در برابر مسائل کلان سیاسی اجتماعی هشدار می‌داد و درباره جو سکوت حاکم بر برخی حوزه‌های علمیه به‌ویژه حوزه علمیه نجف ابراز تأسف می‌کرد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۹۳ ـ ۳۹۴)</ref> (← مقاله حوزه علمیه نجف).

امام‌خمینی علمای اسلام را در طول تاریخ، پیش‌کسوت مبارزه و شهادت می‌دانست و معتقد بود در قیام پانزده خرداد و نهضت اسلامی ایران و نیز در دوران جنگ تحمیلی، بیشترین شهدا از قشر روحانی و از حوزه‌های علمیه‌اند؛ همچنین شهدای گمنام حوزه‌های علمیه که در مسیر نشر معارف و احکام الهی جان خود را فدا کرده‌اند نیز کم نیستند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۲۷۵ ـ ۲۷۶).</ref> ایشان با اشاره به اینکه امر قضاوت که از شئون فقها است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۷/۳۷۸ ـ ۳۷۹؛ مطهری، ۲۴/۲۷۵)</ref>، ضمن ابراز نارضایتی از کمبود مبلغ و قاضی <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۶/۴۵)</ref>، به حوزه‌های علمیه به‌خصوص حوزه‌های قم، مشهد و اصفهان، سفارش می‌کرد در رفع نیازهای نظام اسلامی مانند قضاوت تلاش کنند و به تربیت قاضی بپردازند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۵/۴۱۲ ـ ۴۱۳؛ ۱۷/۳۷۸ ـ ۳۷۹ و ۱۸/۱۰۱).</ref>

آسیب‌ها و اصلاحات: نهادهای آموزشی و پژوهشی همواره در مسیر توسعه، نیازمند برنامه‌ریزی و آسیب‌زدایی هستند، اصلاح حوزه‌های علمیه نیز سابقه‌ای طولانی دارد. بر همین اساس پس از تثبیت و توسعه نسبی حوزه علمیه قم در زمان بروجردی با توجه به برخی کاستی‌ها و بی‌نظمی‌ها که در حوزه علمیه قم و برخی حوزه‌های دیگر وجود داشت، بحث اصلاح حوزه در سال ۱۳۲۸ به صورت جدی مطرح شد و گروهی با نام هیئت مصلحین یا هیئت حاکمه، متشکل از امام‌خمینی و جمعی دیگر از علمای تراز دوم شکل گرفت <ref>(صالح، ۱/۳۱)</ref>؛ ولی برنامه‌های اصلاحی و طرح‌های پیشنهادی آنان به بروجردی با استقبال جدی ایشان روبه‌رو نشد. در همین راستا گروهی از مدرسان حوزه نیز به برخی از امور اصلاحی در حوزه مانند انتشار مجله، فراگیری علوم جدید و برگزاری برنامه‌ها و جلسات منظم برای اصلاحات در حوزه اقدام کردند <ref>(صالح، ۱/۴۴ ـ ۴۶)</ref> (← مقاله جامعه مدرسین حوزه علمیه قم). امام‌خمینی تکمیل برنامه‌های درسی و تبلیغی، دوری از سستی و ضعف اعتماد به نفس و جایگزینی جدیت، امید و اعتماد به نفس را از مصادیق اصلاح حوزه می‌دانست <ref>(ولایت فقیه، ۱۳۷).</ref>

پیش از پیروزی انقلاب اسلامی، امام‌خمینی با بسیار مهم ارزیابی‌کردن مسئولیت علما و مراجع اسلام، از درست و مناسب ارائه‌نشدنِ مفاهیم دینی و اسلام در داخل و خارج کشور، ابراز نارضایتی کرده و علت آن را کم‌کاری در دسترسی به ابزار تبلیغیِ جدید شمرده است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۳۵)</ref> (← مقاله تبلیغات). ایشان نظم‌بخشیدن به امور حوزه و جلوگیری از نفوذ عناصر بیگانه را گام مهمی برای اصلاح حوزه می‌دانست <ref>(جهاد اکبر، ۶۱)</ref> و به علما و حوزه‌های علمیه هشدار می‌داد که از صف‌بندی‌ها و اختلافات دوری کنند؛ زیرا اختلاف باعث ازدست‌دادن پایگاه مردمی و آسیب‌پذیری حوزه می‌شود <ref>(همان، ۲۵ ـ ۲۷)</ref> (← مقاله وحدت)،

پس از پیروزی انقلاب اسلامی که استقبال بیشتری از حوزه‌های علمیه شد، بار دیگر به صورت جدی به تفکر اصلاح حوزه و نظم‌بخشیدن به آن توجه شد <ref>(صالح، ۲/۴۶۳).</ref> به همین منظور [[حسینعلی منتظری]] در دیدار با امام‌خمینی، پیشنهاد تشکیل شورای مدیریت حوزه با عضویت سه نماینده از سوی امام‌خمینی و سه نماینده از جانب مرجع تقلید وقت، سیدمحمدرضا گلپایگانی را ارائه کرد که ایشان آن را پذیرفت <ref>(همان، ۲/۴۶۴)</ref> و فرمان تشکیل شورای شش‌نفره مدیریت را در ۸ اسفند ۱۳۵۹، صادر کرد <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۱۶۰)</ref> (← مقاله شورای مدیریت حوزه علمیه قم). با توجه به اهمیت موضوع، امام‌خمینی یک سال پس از فعالیت شورا، در پیام ۲۲ بهمن ۱۳۶۰ دوباره بر اصلاح حوزه تأکید کرد و از همه به‌ویژه علما و مدرسان خواست درباره این موضوع همت ویژه‌ای به خرج دهند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۶/۴۵ ـ ۴۶).</ref> ایشان نظام‌دادن به امور حوزه را از ضروریات به شمار می‌آورد و از بزرگان حوزه می‌خواست با برنامه‌ریزی دقیق و صحیح، مانع آسیب‌دیدن حوزه‌ها شوند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۴۲۵).</ref>

اصلاح حوزه‌های علمیه از نظر امام‌خمینی، به معنای نادیده‌انگاشتن میراث گذشتگان در فقه سنتی نبود؛ بلکه ایشان این اصلاح را در تدوین برنامه‌ها و تحقیقات جدید متناسبت با نیاز کشور، ضمن وفاداری به طریقه مشایخ گذشته می‌دید <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۴۲۵ ـ ۴۲۶).</ref> علاوه بر این، از نظر ایشان ایجاد تحول درونی و از میان‌بردن آثار فکری و اخلاقی استعمار را که مانع اصلاحات است، بُعد دیگر اصلاح حوزه به شمار می‌رفت <ref>(ولایت فقیه، ۱۳۷ ـ ۱۳۸).</ref>

امام‌خمینی اصلاح حوزه را اصلاح جامعه و فساد آن را فساد جامعه می‌دانست و به مسئولان هشدار می‌داد که دشمنان همواره در صدد نفوذ در حوزه‌های علمیه برای فاسدکردن جامعه هستند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۰/۱۹۰)</ref>؛ از این‌رو ایشان با اشاره به نقش و خدمات حوزه‌های علمیه در گرفتاری‌های مختلف کشور به‌ویژه جنگ تحمیلی و تشکر از خدمات علما و فضلا از آنان می‌خواست تا به دلیل حساسیت امر تبلیغ، از این موضوع غافل نشوند و اهتمام بیشتری در این زمینه داشته باشند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۶/۳۷۱).</ref>

از سوی دیگر، از نگاه امام‌خمینی، نفوذ افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه که به ایجاد نفاق و اختلاف دامن می‌زنند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۲۹۶)</ref>، یکی از راه‌های مهم دشمنان برای مقابله با اسلام است که با خطرهای بزرگی همراه خواهد بود <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۴۲۴ ـ ۴۲۵).</ref> از نگاه ایشان مهم‌ترین خطرها عبارت‌اند از:  

# رواج تفکر و روحیه انزواطلبی در میان حوزویان، به گونه‌ای که دوری از مسائل سیاسی، اجتماعی، ارزش دانسته شود و دخالت در امور سیاسی، ضد ارزش باشد. ایشان از رواج این روحیه در حوزه‌های علمیه که محصول توطئه‌های مرموز جهان‌خواران و ناشی از تفکر حاکم بر روحانیت مسیحی و کلیسا است، ابراز تأسف کرده است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۱۸۴ ـ ۱۸۵ و ۱۷/۲۰۴)</ref> (← مقاله دین و سیاست)؛  

# گسترش تشریفات و توجه به تجملات که از آفات حوزه، منافی با اسلام و تحصیل علوم دینی است <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۷/۳۲۵ و ۲۰/۲۷۷)</ref> و کم‌شدن محتوا و شکست روحانیت را در پی‌خواهد داشت <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۹/۴۲)</ref> (← مقاله ساده‌زیستی)

# خطر تحجرگرایی که موجب فعالیت کسانی علیه اسلام و انقلاب در حوزه‌های علمیه شده که مروج اسلام امریکایی و دشمن پیامبر اسلام‌اند <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۲۷۸).</ref> از نگاه ایشان، متحجران حوزوی، آبروی اسلام و مسلمانان را برده‌اند و از برخی معارف و آموزه‌های دینی برای کسب مال و مقام و رسیدن به عیش و نوش خود، بهره‌برداری می‌کنند و غفلت از این عناصر، یک لحظه هم جایز نیست <ref>(امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۲۸۱)</ref> (← مقاله تحجر).

* صافی گلپایگانی، لطف‌الله، سیر حوزه‌های علمی شیعه، قم، مرکز تنظیم و نشر آثار آیت‌الله العظمی صافی گلپایگانی، چاپ اول ۱۳۵۷ش.

* صفار، محمدبن حسن، بصائر الدرجات، قم، کتابخانه آیت‌الله مرعشی، چاپ دوم، ۱۴۰۴ق؛ صدوق، محمدبن علی، علل الشرایع، قم، داوری، ۱۳۸۵ش؛ طارمی‌راد، حسن، کلیات، چاپ‌شده در حوزه علمیه (تاریخ، ساختار، کارکرد)، تهران، کتاب مرجع، چاپ دوم، ۱۳۹۳ش.

* مطهری، مرتضی، مجموعه آثار استاد شهید مطهری، تهران، صدرا، چاپ چهارم، ۱۳۸۸ش؛ معین، محمد، فرهنگ فارسی، تهران، امیرکبیر، چاپ چهارم، ۱۳۶۰ش؛ مفید، محمدبن‌محمد، الارشاد فی معرفة حجج الله علی العباد، تحقیق مؤسسه آل‌البیت، قم، کنگره شیخ مفید، چاپ اول، ۱۴۱۳ق.