محمدصادق خلخالی: تفاوت میان نسخه‌ها

'''محمدصادق خلخالی'''، شاگرد مبارز امام‌خمینی، نخستین حاکم شرع دادگاه انقلاب و نماینده [[مجلس شورای اسلامی]] و [[مجلس خبرگان رهبری]].  

محمدصادق صادقی‌گیوی معروف به صادق خلخالی در یکم مرداد ۱۳۰۵ در روستای «گیو» شهرستان خلخال به دنیا آمد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۹ و ۲/۲۷.</ref>. وی پس از تحصیل دوره ابتدایی، به تشویق پدرش یدالله به آموزش علوم حوزوی روی آورد و در مدرسه حاج‌ملاابراهیم در خلخال به مدت یک سال بخشی از ادبیات را خواند؛ سپس به سفارش پدر به قم رفت و در مدرسه فیضیه ساکن شد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۹؛ خلخالی، یاران امام، هفت ـ هشت.</ref>. خلخالی از آغاز ورود به قم با سیدمصطفی خمینی فرزند ارشد امام‌خمینی آشنا و صمیمی شد<ref>خلخالی، یاران امام، هشت؛ یزدی، خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، ۱۷۱.</ref>، تا آنجا که سیدمصطفی برخی شب‌ها در مدرسه نزد وی و سیدمحمد ابطحی کاشانی می‌ماند و آنان میان طلاب مدرسه، دوستان سیدمصطفی شناخته می‌شدند<ref>خلخالی، یاران امام، هشت؛ یزدی، خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، ۳۵۱.</ref>.  

خلخالی بقیه ادبیات، سطح متوسط و عالی را نزد عباسعلی نجف‌آبادی، علی‌پناه اشتهاردی، عبدالجواد اصفهانی و میرزامحمد مجاهدی تبریزی خواند و با سیدمصطفی خمینی مباحثه می‌کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۹؛ خلخالی، یاران امام، هشت.</ref>. پس از تمام‌کردن درس‌های سطح حوزه در سال ۱۳۳۰ پنج سال در درس خارج فقه سیدحسین بروجردی و نیز خارج اصول سیدمحمد محقق داماد و مدتی در درس خارج سیدمحمد حجت کوه‌کمره‌ای و میرزامحمد مجاهدی شرکت کرد و طولانی‌ترین حضور وی در درس خارج فقه و اصول امام‌خمینی بود که چهارده سال به درازا کشید<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۹؛ خلخالی، یاران امام، هشت.</ref>. وی از آغاز شرکت در درس امام‌خمینی، شیفته نظم و توجه ایشان به نماز اول وقت شد<ref>خلخالی، پابه‌پای آفتاب، ۴/۴۷.</ref>. وی همچنین از استادان سیداحمد خمینی در دوره سطح بود<ref>خمینی، دلیل آفتاب، ۲.</ref>.

پس از بازگردادن جنازه رضاخان پهلوی در سال ۱۳۲۹ از مصر به ایران و مخالفت بروجردی و فداییان اسلام با تشییع جنازه او در قم، خلخالی از طریق سیدعبدالحسین واحدی با فداییان اسلام آشنا شد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۴۱ ـ ۴۲.</ref> و به دلیل همکاری با آنان به مدت یک سال از ورود به مدرسه فیضیه محروم شد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۲۷.</ref>. وی در سال ۱۳۲۹، با دختر سیدحسین رسولی محلاتی امام جماعت امامزاده قاسم تهران{{ببینید|سیدحسین رسولی محلاتی}} ازدواج کرد.<ref>خلخالی، یاران امام، نه.</ref>.

پس از درگذشت بروجردی در فروردین ۱۳۴۰، خلخالی و برخی دیگر از شاگردان امام‌خمینی، برای معرفی و ترویج مرجعیت ایشان تلاش کردند<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۵۰.</ref>. امام‌خمینی در خرداد ۱۳۴۰ و دی ۱۳۵۷، به خلخالی اجازه تصدی امور حسبیه داده است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۵۸ و ۵/۴۵۳.</ref>. خلخالی با همکاری عبدالرحیم ربانی شیرازی و حسن صانعی کتاب مناسک حج امام‌خمینی را بر اساس فتواهای ایشان تنظیم کردند؛ همچنین پس از کسب رضایت ایشان با همکاری برخی فاضلان نخستین رساله فارسی ایشان را به نام رساله نجاة العباد در دسترس مردم قرار دادند.<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۵۸، یزدی، خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، ۲۹۲.</ref> {{ببینید|رساله نجاة العباد}} پس از تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در سال ۱۳۴۱، خلخالی اعلامیه امام‌خمینی را در مخالفت با این لایحه به تهران برد و اقدام به تکثیر و پخش آن کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۶۷.</ref>.  

در ۲ فروردین ۱۳۴۲ که مأموران رژیم پهلوی قصد به‌هم‌ریختن مجلس عزاداری در خانه امام‌خمینی را داشتند، ایشان به واسطه خلخالی پیام داد اگر مانع آرامش مجلس شوند، به حرم می‌رود و طی صحبت با مردم، حساب خود را با هیئت حاکمه یکسره خواهد کرد. این امر باعث شد مجلس بدون درگیری برگزار شود<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۷۴ ـ ۷۵.</ref>. خلخالی که واسطه رساندن برخی از پیام‌های امام‌خمینی بود، در ۱۳ فروردین ۱۳۴۲ اعلامیه ایشان را در استیضاح اسدالله علم نخست‌وزیر رژیم پهلوی و محکومیت هجوم عوامل رژیم به مدرسه فیضیه و ضرب و جرح مردم و طلاب<ref>‏ امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۷۷.</ref> به شخصیت‌هایی ازجمله علی‌اصغر خویی در تهران مخابره کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۸۵ ـ ۸۷.</ref>. در جریان بازدید امام‌خمینی از آثار جنایت مأموران رژیم پهلوی در فیضیه، خلخالی در سخنانی کوتاه در حضور ایشان، ضمن گزارش از فاجعه همه را به بردباری دعوت کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۹۸.</ref> {{ببینید|حمله به مدرسه فیضیه}}

با فرارسیدن روزهای محرم در سال ۱۳۴۲ خلخالی برای تبلیغ راهی شهرستان تفرش شد؛ اما وقتی از بازداشت امام‌خمینی مطلع شد، به‌سرعت خود را به قم رساند که نیروهای سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک) در ۲۳ خرداد ۱۳۴۲ او را بازداشت و از او بازجویی کردند<ref>خلخالی، یاران امام، چهارده ـ پانزده.</ref>. پس از دستگیری امام‌خمینی در شب ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ که به قیام ۱۵ خرداد انجامید، خلخالی از کسانی بود که در قیطریه تهران به دیدار ایشان رفت<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۱۲۰ ـ ۱۲۱.</ref>؛ او همچنین در سفر تبلیغی به رفسنجان، نام امام‌خمینی را که از طرف رژیم ممنوع اعلام شده بود، در سخنرانی‌ها به زبان آورد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۱۲۹.</ref>. ساواک خلخالی را از طرفداران جدی امام‌خمینی و نماینده ایشان در جمع‌آوری وجوه شرعی در خلخال می‌دانست<ref>مؤسسه تنظیم، سیر مبارزات، ۱۱/۳۲۱، ۳۳۹ و ۳۴۴.</ref>.  

پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه، خلخالی در ۱۱/۱۲/۱۳۴۳ به جرم شرکت در مراسم دعا برای آزادی ایشان بازداشت و به زندان قزل‌قلعه منتقل شد و در ۷/۱/۱۳۴۴ با قرار التزام عدم خروج از حوزه قضایی تهران از زندان آزاد شد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۱۰؛ خلخالی، یاران امام، شانزده ـ هفده.</ref>. پس از انتقال امام‌خمینی از ترکیه به عراق در مهر ۱۳۴۴، خلخالی همراه جمعی از طلبه‌های آذربایجانی مقیم قم، در نامه‌ای ادامه تبعید ایشان را مایه تأسف خواند و از حضور ایشان در نجف ابراز خرسندی کرد<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۱۶۸؛ دوانی، نهضت روحانیون ایران، ۶ ـ ۵/۱۶۸ ـ ۱۶۹.</ref>. وی در سال ۱۳۴۵ از مسیر آبادان و به صورت قاچاق به عراق رفت و با امام‌خمینی دیدار کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۱۴۵ ـ ۱۴۸.</ref>. در شهریور ۱۳۴۵ امام‌خمینی در نامه‌ای به خلخالی سفارش کرد ضمن فراگیری علوم دینی، به تزکیه نفس نیز بپردازد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۹۵.</ref>. در دی ۱۳۴۸ او که گمان می‌کرد امام‌خمینی از دست او سخت دلگیر و ناراحت است، در نامه‌ای به امام‌خمینی که نشان‌دهنده خشم او بود، این توهم را مطرح ساخت که امام‌خمینی از وی برای ترقی خود استفاده کرده و دوست ندارد او درس بخواند؛ همچنین از بی‌علاقگی سیدمصطفی خمینی به خود گلایه کرده بود<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۲۶۲.</ref>. امام‌خمینی در ۲۳ بهمن در پاسخ، ضمن اشاره به محبت متقابل و همین‌طور علاقه سیدمصطفی به خلخالی، گلایه تند او را ناشی از عواطف زیاد، محبت به ایشان و ناراحتی اعصاب دانست و تأکید کرد او مطالبی را گفته است که از دیگران شنیده است، در حالی‌که خود امام‌خمینی به هیچ وجه از آنها خبر ندارد و افزود در حق کسانی که به ایشان خیانت کرده‌اند این گونه سخن نمی‌گوید، چه برسد به خلخالی که نزد ایشان جایگاه مخصوص دارد و نور چشم ایشان است و از اینکه خلخالی با آن همه سوابق، ایشان را نشناخته و گمان برده که ایشان آغامحمدخان قاجار است، اظهار شگفتی کرد و آن را جای تأمل شمرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۲۶۱ ـ ۲۶۲.</ref>. ایشان با تأکید بر اینکه تا آخر عمر عواطف وی را فراموش نمی‌کند، به وی توصیه کرد بر اعصاب خود غلبه کند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۲۶۱ ـ ۲۶۲.</ref> در سال ۱۳۴۹ نیز امام‌خمینی در پاسخ نامه خلخالی از تخلف برخی از وکلای شرعی خود در وجوه شرعی گلایه کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۲۹۵.</ref> و در سال ۱۳۵۱ از سیداحمد خمینی خواست به وضع خلخالی که از فضلای حوزه می‌باشد رسیدگی کند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۴۴۱ و ۳/۱۸.</ref>.  

در مرداد ۱۳۵۲ رژیم پهلوی خلخالی را به اتهام فعالیت‌های ضد امنیتی و تحریک طلبه‌ها، به مدت سه سال به شهر انارک یزد تبعید کرد<ref>خلخالی، یاران امام، ۱۳۲.</ref>؛ اما او در ۱۹ آبان همان سال به قم بازگشت؛ ساواک پس از ده روز دوباره وی را بازداشت کرد و به محل تبعیدش برگرداند<ref>خلخالی، یاران امام، ۱۵۴ ـ ۱۵۵.</ref>. به دلیل اعتراض و نارضایتی خلخالی، در اردیبهشت ۱۳۵۳ محل تبعید وی به رودبار از توابع استان گیلان تغییر کرد<ref>خلخالی، یاران امام، ۱۷۴ ـ ۱۷۶.</ref>. وی در روزهای تبعید به نوشتن حاشیه بر عروة الوثقی تألیف سیدکاظم یزدی طباطبایی اهتمام ورزید و پس از سپری‌شدن ۲۶ ماه از مدت تبعید به قم بازگشت<ref>خلخالی، یاران امام، بیست.</ref>.  

پس از درگذشت مشکوک سیدمصطفی خمینی در آبان ۱۳۵۶، خلخالی در تلگرامی به امام‌خمینی تسلیت گفت<ref>مؤسسه تنظیم، سیر مبارزات ۶/۶۹.</ref>. امام‌خمینی در پاسخ ضمن تشکر، نقش خلخالی را در نهضت مردمی فراموش‌نشدنی دانست<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۲۷۳.</ref>. خلخالی یکی از چهار سخنران مراسم چهلم درگذشت سیدمصطفی خمینی، در ۱۱ آذر ۱۳۵۶ در مسجد اعظم قم بود که از سیاست‌های محمدرضا پهلوی به‌شدت انتقاد کرد<ref>مؤسسه تنظیم، سیر مبارزات، ۶/۸۵ ـ ۸۶، ۹۰ و ۹۵.</ref>. این امر موجب شد ساواک وی را بازداشت و برای مدت سه سال، به رفسنجان تبعید کند<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۱۴؛ خلخالی، یاران امام، ۲۴۳ و ۲۶۸؛ بنی‌فضل، خاطرات آیت‌الله مرتضی بنی‌فضل، ۱۹۰ ـ ۱۹۱.</ref>. در پی اهانت روزنامه اطلاعات در ۱۷ دی همان سال به امام‌خمینی، خلخالی به همراه جمعی از علما با صدور اعلامیه‌ای اعتراض خود را به این عمل رژیم ابراز کردند<ref> مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۲۳۶ ـ ۲۳۷.</ref>. پس از قیام ۲۹ بهمن ۱۳۵۶ تبریز، خلخالی با شرکت در راهپیمایی اعتراضی، با وجود تهدید نظامیان، بالای تانک ارتش رفت و پس از دست‌دادن با سربازان، از رفتار محمدرضا پهلوی و دولت حاکم انتقاد کرد<ref>بنی‌فضل، خاطرات آیت‌الله مرتضی بنی‌فضل، ۱۹۲.</ref>. امام‌خمینی در اسفند ۱۳۵۶ در پاسخ نامه‌ای از خلخالی، با تشکر از تذکرات عاقلانه و رندانه او، برخی موضع‌گیری‌های خود را از روی آگاهی به واقع مسئله اما بر اساس برخی مصالح دانسته است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۵۶.</ref>.

ساواک ادامۀ تبعید خلخالی را در رفسنجان، به دلیل تحریک مردم توسط او و تظاهرات علیه رژیم، به صلاح ندانست و با پیشنهاد پرویز ثابتی رئیس اداره کل امنیت داخلی ساواک، محل تبعید وی به شهر «لار» در استان فارس تغییر یافت<ref>خلخالی، یاران امام، ۲۵۹، ۲۶۸ و ۲۷۲.</ref>. او در زمان تبعید در این شهر در فروردین ۱۳۵۷ اعلامیه‌ای در چهارده بند منتشر و در آن خواسته‌های ملت را بیان کرد<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۲/۲۳۹ ـ ۲۴۲.</ref>. وی روزهای تبعید در لار را از بدترین روزهای دوران خود شمرده است<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۱۶.</ref>.  

کمیسیون امنیت اجتماعی قم در اردیبهشت ۱۳۵۷، پس از دو ماه اقامت خلخالی در لار، محل تبعید وی را به شهر مرزی «بانه» در غرب کشور تغییر داد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۱۸ ـ ۲۱۹.</ref> و در مرداد ۱۳۵۷ به «بندر لنگه» انتقال یافت<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۳۰؛ خلخالی، یاران امام، بیست‌وچهار.</ref>. در پی محاصره خانه امام‌خمینی در عراق توسط رژیم بعث در مهر ۱۳۵۷ خلخالی در اعلامیه‌ای مشترک به همراه سیدکاظم نورمفیدی، سیدعلی‌اصغر دستغیب و سیدمحمدجواد حسینی رکنی، اعتراض خود را به این اقدام ابراز کرد<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۳۹۲ ـ ۳۹۳.</ref>. پس از حمله رژیم پهلوی به حرم امام‌رضا(ع) در آذر ۱۳۵۷ خلخالی همراه گروهی از استادان قم در اعلامیه‌ای این عمل را محکوم کرد و پیروزی ملت را نزدیک دانست<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۴۴۱ ـ ۴۴۳؛ مؤسسه تنطیم، ۱۵/۲۶۴ ـ ۲۶۶.</ref>؛ او همچنین در اعلامیه‌ای دیگر در آذر ۱۳۵۷ نسبت به کشتار مردم در محرم این سال اعتراض کرد<ref>مرکز اسناد انقلاب اسلامی، اسناد انقلاب اسلامی، ۳/۴۵۹ ـ ۴۶۲.</ref>.  

پس از بازگشت امام‌خمینی به ایران، به گفته خلخالی، در شب ۲۱ بهمن ۱۳۵۷ که درگیری‌ها به اوج رسید و نگرانی از بمباران مدرسه رفاه، محل اقامت امام‌خمینی وجود داشت، وی برخلاف نظر کمیته استقبال با تغییر محل سکونت امام‌خمینی مخالفت کرد و ایشان نیز نظر او را پذیرفت<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/ ۲۷۹.</ref>.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی، امام‌خمینی، خلخالی را نخست به طور شفاهی<ref>مؤسسه تنظیم، کوثر، ۳/۳۹۷.</ref> و سپس در ۵ اسفند ۱۳۵۷، رسماً به سمت حاکم شرع برای تشکیل دادگاه انقلاب اسلامی و محاکمه جنایتکاران رژیم پهلوی منصوب کرد <ref>مؤسسه تنظیم، کوثر، ۶/۲۱۵؛ خلخالی، خاطرات، ۱/۲۹۰ و ۲/۱۹۳.</ref>. وی پس از دریافت حکم، این مسئولیت را که اتهامات زیادی متوجه او خواهد کرد، سنگین دانست؛ اما امام‌خمینی اطمینان داد از او حمایت خواهد کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۹۱.</ref>. نخستین جلسه دادگاه، به ریاست خلخالی در مدرسه علوی شماره دو تهران، در ۲۶ بهمن ۱۳۵۷ تشکیل شد و چهار تن از سران نظامی رژیم پهلوی؛ [[نعمت‌الله نصیری]] رئیس ساواک، مهدی رحیمی رئیس شهربانی و فرماندار نظامی تهران، رضا ناجی فرماندار نظامی اصفهان و منوچهر خسروداد فرمانده هوانیروز محاکمه و به اعدام محکوم شدند<ref>مؤسسه تنظیم، کوثر، ۳/۳۹۷ ـ ۳۹۸.</ref>. امام‌خمینی در ۲۷ بهمن در پاسخ به پرسشی درباره اعدام افراد یادشده از این حکم دفاع و تأکید کرد این جنایتکاران در دادگاه ویژه انقلاب محاکمه و به سزای اعمال خود رسیده‌اند و به حکم قرآن جنایات و کشتاری که این افراد مرتکب شده‌اند، کیفری سخت دارد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۶/۱۶۷.</ref>. خلخالی پس از آن افراد ضد انقلاب و شخصیت‌های شاخص سیاسی، نظامی، اجرایی و امنیتی رژیم پهلوی را نظیر ناصر مقدم آخرین رئیس ساواک و امیرعباس هویدا نخست‌وزیر رژیم پهلوی به تدریج محاکمه و به اعدام محکوم کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۲۹۱ ـ ۲۹۲ و ۳۵۲؛ رسالت، ۱.</ref> {{ببینید|دادگاه‌های انقلاب اسلامی| هویدا | امیرعباس}} وی حکم اعدام محمدرضا پهلوی را نیز غیاباً صادر کرد<ref>اطلاعات، ۲/۳/۱۳۵۸، ۲.</ref>. امام‌خمینی در ۲۳/۲/۱۳۵۸ برای بازداشتن دادگاه‌های انقلاب از تندروی‌های احتمالی، در نامه‌ای به دادستان کل انقلاب دادگاه‌ها، شرایط مجازات اعدام را بیان کرد؛ چنان‌که تنها برای افرادی می‌توان حکم اعدام صادر کرد که کسی را در رژیم پهلوی کشته‌اند یا دستور کشتار عمومی داده یا مرتکب شکنجه منجر به مرگ شده‌اند؛ ایشان تخلف از این حکم را جرم و موجب قصاص شمرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۷/۲۷۴.</ref>. خلخالی در دوم اردیبهشت ۱۳۵۸، در مقاله‌ای در روزنامه اطلاعات، تأسیس حزب خلق مسلمان ایران و موضع سیاسی سیدکاظم شریعتمداری را زیر سؤال برد، که با تحریک حزب جمهوری خلق مسلمان منجر به تظاهرات طرفداران شریعتمداری در تبریز و قم شد. امام‌خمینی با اشاره به اهمیت وحدت در پیروزی، یادآور شد نباید چاپ یک مقاله در روزنامه، باعث تحریکات در جامعه شده و وحدت ملت را خدشه‌دار کند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۷/۱۱۶.</ref> {{ببینید|حزب جمهوری خلق مسلمان}}

در مرداد ۱۳۵۸، پس از حوادث کردستان و پاوه و شهادت فجیع ۲۹ نفر از اعضای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و مردم در بیمارستان پاوه و بریدن سر برخی از آنان و رهاکردن جسد آنان با بدن‌های مثله‌شده در بیابان به دست ضد انقلاب، خلخالی در جایگاه حاکم شرع به کردستان رفت و عاملان اصلی ازجمله ابوالقاسم رشوند سرداری را که مرتکب جنایت‌های زیادی شده بود به اعدام محکوم کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۹۵ ـ ۹۶ و ۱۰۵ ـ ۱۱۰.</ref>. وی همچنین یازده تن از فرماندهان رژیم پهلوی و نیروهای ضد انقلاب را در سنندج<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۰۹ ـ ۱۱۰.</ref>، نیز شماری از افسران و درجه‌داران ژاندارمری و ارتش را در مریوان و سقز به جرم حمله به تیپ سقز و گردان‌های سنندج و کرمانشاه، به اعدام محکوم کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۰۱ ـ ۱۰۳.</ref>. در غائله خلق عرب در سال ۱۳۵۸، خلخالی با سفر به خوزستان و محاکمه هشت تن از عوامل رژیم پهلوی<ref>کیهان، ۱۲/۳/۱۳۵۸.</ref>، در کنار تلاش‌های سایر مسئولان، در مهار غائله نقش داشت؛ اما انتشار مصاحبه او در ۳۰ خرداد ۱۳۵۸ مبنی بر مجازات خائنان و تجزیه‌طلبان ازجمله محمدطاهر شبیر خاقانی در صورت احراز خیانت وی، تحرکات عوامل خلق عرب شدت یافت<ref>یکتا، روزشمار جنگ ایران و عراق، ۲/۱۸؛ اطلاعات، ۳۱/۳/۱۳۵۸.</ref>؛ آنان ضمن راهپیمایی، در قطعنامه‌ای خواهان عزل و محکوم‌ساختن خلخالی شدند<ref>اطلاعات، ۲/۴/۱۳۵۸.</ref> {{خلق عرب | غائله}} خلخالی همچنین عاملان غائله گنبد از حزب خلق ترکمن را که با کمک شوروی، درصدد تجزیه ترکمن‌صحرا و شمال خراسان و ایجاد حکومت خودمختار بودند، محاکمه کرد و ۹۴ تن از سران آنان را به اعدام محکوم کرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۲ و ۲۹.</ref>. اعضای دولت موقت جمهوری اسلامی ایران ازجمله مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی و یدالله سحابی در شیوه محاکمه و اعدام‌های خلخالی با وی مخالف بودند<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۰ ـ ۱۱.</ref>؛ اما او به‌رغم مخالفت‌ها، در سال‌های بعد نیز تأکید کرد که از صدور حکم اعدام برای دشمنان انقلاب، نه پشیمان شده و نه دچار عذاب وجدان است. از نظر او کسانی مانند محمدرضا پهلوی، فرح دیبا، اشرف پهلوی، جعفر شریف‌امامی، حسین فردوست و عباس قره‌باغی هم سزاوار اعدام بودند و از اینکه به چنگ وی نیفتادند متأسف بود<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۲.</ref>. او به‌رغم مخالفت‌های سیدابوالحسن بنی‌صدر رئیس‌جمهور وقت، با همکاری سپاه پاسداران و مردم شهر ری، در اردیبهشت ۱۳۵۹ مقبره رضاشاه پهلوی را در شهر ری ویران ساخت<ref>خلخالی، خاطرات، ۱/۳۴۲ ـ ۳۵۰.</ref>. امام‌خمینی در تیر ۱۳۵۹ در سخنرانی خود از خراب‌کردن این قبر حمایت کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۲/۴۶۸.</ref>. ایشان همچنین از اعدام برخی افراد که قابل تربیت نبودند، به دست خلخالی، حمایت کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۳/۴۹.</ref>.  

پس از پیروزی انقلاب اسلامی برخی اعضای فداییان اسلام در قالب سه شاخه وارد فعالیت شدند: شاخه اول، «فداییان اسلام ـ بنیان‌گذاران» به سرپرستی ابوالقاسم رفیعی بود که پس از چند سال اولِ انقلاب، فعالیت خود را متوقف ساخت. شاخه دوم را خلخالی با عنوان «فداییان اسلام» تشکیل داد که میان جوانان در زمینه‌های سیاسی، فرهنگی و نظامی فعالیت می‌کردند و در اطاعت از دستورهای امام‌خمینی در جبهه، فعال بودند<ref>امینی، جمعیت فدائیان اسلام، ۳۴۷ ـ ۳۴۸.</ref>. شاخه سوم با عنوان «وفاداران شهید نواب صفوی» فعالیت خود را پس از ۲۶ سال تعطیلی با انتشار نشریه منشور برادری، نشریه جمعیت فداییان اسلام در سال ۱۳۵۸ آغاز کرد و طی اعلامیه‌ای از فعالیت خلخالی به نام فداییان اسلام که عضو آن جریان نبود انتقاد کرد و خلخالی در پاسخ عنوان کرد هر کسی می‌تواند عضو فداییان اسلام باشد و وی به عنوان عضو فعالیت می‌کند نه رهبر فداییان اسلام<ref>امینی، جمعیت فدائیان اسلام، ۳۴۸ ـ ۳۴۹.</ref>.

خلخالی یک دوره مسئولیت مبارزه با مواد مخدر را نیز به عهده گرفت که با جدیت تمام با قاچاقچیان مواد مخدر برخورد کرد. اقدامات جدی او این بار نیز با مخالفت عده‌ای مانند بنی‌صدر روبه‌رو شد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۲۹ ـ ۳۰؛ رازینی، مصاحبه.</ref>. گستردگی حوزه عمل، سازمانی‌نبودن کار و کمبود بعضی امکانات، به ناچار موجب بروز خطاهایی شد که گزارش آن به امام‌خمینی نیز داده شد و گفته شده که ایشان به‌رغم علاقه و اعتماد به خلخالی، از اسفند ۱۳۵۹، ادامه کار وی در دستگاه قضا را به مصلحت ندید و در حکمی غیر رسمی از علی قدوسی، دادستان کل انقلاب خواست تمام پرونده‌هایی که خلخالی بررسی کرده است، بار دیگر بررسی شود؛ از این‌رو دادگاه انقلاب، صدها پرونده را که بیشتر مربوط به مواد مخدر بود، بار دیگر بررسی و احکام آن را تعدیل کرد<ref>رازینی، مصاحبه.</ref>.  

خلخالی در دوره اول، دوم و سوم مجلس شورای اسلامی از حوزه انتخابی قم به مجلس راه یافت <ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۲۹ ـ ۳۰؛ جهان‌محمدی، مجلس شورای اسلامی، ۳۳۴.</ref> وی با توجه به اینکه امام‌خمینی از مجلس شورای ملی به مجلس شورای اسلامی نام برده بود، در هشتمین جلسه تشکیل دوره نخست مجلس در ۳/۴/۱۳۵۹ پیشنهاد کرد نام مجلس به مجلس شورای اسلامی تغییر یابد<ref>مشروح مذاکرات، مشروح مذاکرات مجلس شورای اسلامی، ۸۰؛ صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، ۲/۷۱۲.</ref> که مورد موافقت نمایندگان قرار گرفت و در ۳۱/۴/۱۳۵۹ تصویب شد<ref>مشروح مذاکرات، مشروح مذاکرات مجلس شورای اسلامی، ۲۲۷.</ref> و سپس در بازنگری در قانون اساسی در سال ۱۳۶۸ به آن تصریح شد.{{ببینید|شورای بازنگری قانون اساسی}}

خلخالی ازجمله اعضای شورای مرکزی مجمع روحانیون مبارز تهران و از امضاکنندگان نامه این شورا و نیز برخی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به امام‌خمینی، در گلایه از قانون‌گذاری مجمع تشخیص مصلحت نظام بود که با پاسخ مثبت ایشان مواجه شد<ref>امام‌خمینی، ۲۱/۲۸ و ۲۱/۲۰۲ ـ ۲۰۳.</ref>. وی در دوره اول مجلس خبرگان رهبری نیز از استان تهران به آن مجلس راه یافت. پس از رحلت امام‌خمینی، او در انتخابات دوره دوم مجلس خبرگان و دوره چهارم مجلس شورای اسلامی شرکت کرد؛ اما شورای نگهبان صلاحیت وی را تأیید نکرد<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۱۳ و ۳۰.</ref>. او پس از ترک پست‌های سیاسی، به حوزه علمیه قم بازگشت و به تدریس خارج فقه و اصول پرداخت<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۳۰.</ref>.  

خلخالی سرانجام در پی یک بیماری طولانی در ۶ آذر ۱۳۸۲ در ۷۷سالگی درگذشت<ref>اطلاعات، ۶/۹/۱۳۸۲، ۲.</ref> و پس از تشییع در یکی از حجره‌های صحن بزرگ حرم فاطمه معصومه(س) به خاک سپرده شد<ref>شرق، ۱.</ref>.  

از خلخالی کتاب‌های چندی منتشر شده است، ازجمله: دماء ثلاثه (تقریرات درس فقه امام‌خمینی)، نکاح (۲جلد)، القضاء من شرایع الاسلام، رسالة فی النیه، توضیح المسائل، مناسک حج، زاد المعاد، هنر و عرفان (۳جلد)، خاطرات در تبعید (۳ جلد) و خاطرات خلخالی (۲جلد)<ref>خلخالی، خاطرات، ۲/۳۰.</ref>. وی خدماتی فرهنگی و اجتماعی نیز داشته است؛ ازجمله ساخت مدرسه علمیه در شهر ری.