فلسفه، دانشی برهانی دربردارنده بحث از حقایق و احوال وجود اشیا.
برخی بر این اعتقادند که سرچشمه فلسفه و حکمت از ناحیه انبیای الهی است. و کهن‌ترین مجموعه‌های مکتوب فلسفی، مربوط به حکمای یونان است. اما شکل‌گیری فلسفه اسلامی به معنای واقعی به دست فارابی صورت گرفت، زیرا وی دغدغه ویژه‌ای در سازگاری فلسفه با دین داشت، بعدها ابن‌سینا، با تأکید بر روش مشائی به گسترش فلسفه اسلامی پرداخت. ملاصدرا شکل جدیدی را از حکمت مبتنی بر برهان، عرفان و قرآن ایجاد کرد. امام‌خمینی را می‌توان یکی از شارحان بزرگ حکمت متعالیه دانست که توانست با تأمل در نظام فلسفی، لوازم و فروع بسیاری از آن استنتاج کند و از آنها در تقریر و بسط معارف الهی بهره ببرد. امام‌خمینی در روش و محتوا به تقریر و تکمیل فلسفه پرداخت و فلسفه را در حد عرفان بالا برد و آن را به حکمت عرفانی تبدیل کرد؛ از این رو در آثار ایشان، ارائه‌های دقیق و تحلیل‌های بسیار فنی بر اساس حکمت متعالیه وجود دارد. امام علاوه بر آشنایی فلسفه اسلامی با آراء و نظریات فلسفه و متفکران غرب نیز آشنایی داشت و از همین جهت است که امام‌خمینی فلسفه دکارت را در باب الهیات و مابعدالطبیعه، سست می‌داند و خودباختگی مسلمانان در برابر فلسفه غرب را نکوهش می‌کند. ایشان در بیان رابطه فلسفه و عرفان، میان عرفان و برهان تعارضی نمی‌بیند، بلکه هر کدام از آنها را مرتبه‌ای برای رسیدن به مقصود و حقیقت می‌داند. امام‌خمینی در آثار فلسفی خود در ضمن طرح مباحث فلسفی در موارد پرشماری به نقد آرای دیگر فلاسفه پرداخته است.