حوزه‌های علمیه'، مراکز آموزشی، تربیتی و پژوهشی علوم دینی در میان شیعیان.
ریشۀ شکل‌گیری حوزه‌های علمیه به صدر اسلام بازمی‌گردد. حلقه‌های درسی در زمان امامان معصوم(ع) و مراکز علمی که در عصر غیبت برای حفظ میراث ائمه(ع) تشکیل می‌شد، هستۀ اصلی حوزه‌های علمیه در دوره‌های جدید است. این حوزه‌ها در طول تاریخ با فراز و نشیب‌های فراوانی روبه‌رو بوده‌اند و تنها عواملی مانند پایداری علما و حمایت‌های مردمی، مانعِ از میان رفتن آنها شده است. امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را مایه حیات اسلام و دژ مدافع اسلام و مذهب می‌دانست و حرکت اصلاحی خود را نیز از حوزه علمیه آغاز کرد. ایشان با اعتقاد بر ضرورت حفظ میراث گذشتگان در فقه سنتی، بر این باور بود که اصلاح حوزه در دورۀ جدید، به معنای تدوین برنامه‌هایی متناسب با نیاز کشور، در ضمن وفاداری به طریقه مشایخ گذشته است. از نظر امام‌خمینی مهم‌ترین خطرهایی که حوزه‌های علمیه را تهدید می‌کند، رواج تفکر و روحیه انزواطلبی، گسترش تشریفات و تجملات و تحجرگرایی است.