حوزه‌های علمیه: تفاوت میان نسخه‌ها

حوزه به معنای ناحیه، محدوده قلمرو و بخشی از یک سازمان یا تشکیلات است<ref>انوری، فرهنگ بزرگ سخن، ۳/۲۶۰۰ ـ ۲۶۰۱.</ref> و حوزه علمیه، مرکز تحصیل علوم دینی<ref>معین،  فرهنگ فارسی، ۱/۱۳۷۸.</ref> و عنوان جدیدی برای سازمان، نهاد و مرکز آموزش نظام‌مند علوم دینی در میان شیعه امامیه<ref>حسینی، پیشگفتار، پنج.</ref> است و برای فهم، [[تفسیر]]، تعلیم، تبلیغ آموزه‌های دینی و حفظ و گسترش [[دین]] تأسیس شده است<ref>حسینی‌زاده، شکل‌گیری و تحول حوزه‌های شیعه، ۱۱.</ref> امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را محل تدریس، تعلیم و [[تربیت]]، تبلیغ دین، رهبری مسلمانان و جایگاه فقهای عادل و امین می‌دانست<ref>ولایت فقیه، ۱۴۶.</ref> و کارکرد اصلی و مهم حوزه‌های علمیه را حفظ اسلام و ترویج آموزه‌های قرآنی و احکام الهی به شمار می‌آورد و بر پویایی و مقاومت آن در برابر [[دشمن|دشمنان]] اسلام تأکید می‌کرد.

پس از رحلت پیامبر اکرم(ص)، شهر مدینه با حضور [[امام‌علی(ع)]] و تنی چند از صحابه، مرکزیت علمی خود را حفظ کرد و در ادامه، مبدأ همه حوزه‌های علمیه شیعه، بلکه جهان اسلام شد<ref>صافی گلپایگانی، سیر حوزه‌های علمی شیعه، ص۲۹ ـ ۳۰.</ref> و همه علمای اسلام و ائمه مذاهب و رهبران فرقه‌های کلامی، اعم از [[معتزله]] و [[اشاعره]] و امامیه، مستقیم یا غیر مستقیم، شاگرد امیرالمؤمنین علی(ع) بودند؛ همچنان‌که آن حضرت منشأ گسترش علوم [[علم کلام|کلام]]، [[فقه]]، [[تفسیر قرآن|تفسیر]]، [[عرفان]] و نحو و ادبیات عرب، بود<ref>ابن‌ابی‌الحدید، شرح نهج البلاغه، ۱/۱۷ ـ ۲۰.</ref> فعالیت مرکز علمی مدینه در عصر امامت [[امام حسن‌ مجتبی(ع)|امام‌حسن(ع)]]، [[امام حسین(ع)|امام‌حسین(ع)]] و [[امام‌سجاد(ع)|امام‌زین‌العابدین(ع)]]، با هدایت و رهبری این بزرگان، ادامه یافت<ref>صافی گلپایگانی، سیر حوزه‌های علمی شیعه،  ۳۰ ـ ۳۲.</ref>؛ اما شکوفایی این مکتب علمی در دوران امامت [[امام محمد باقر(ع)|امام‌باقر(ع)]] و [[امام جعفر صادق(ع)|امام‌صادق(ع)]] بود<ref>سبحانی، دور الشیعة فی بناء الحضارة الاسلامیه، ص۱۲۱.</ref> امام‌صادق(ع) علاوه بر علوم رایج اسلامی، علوم دیگری نیز تدریس می‌کرد<ref>صافی گلپایگانی، سیر حوزه‌های علمی شیعه، ص۳۲.</ref> برای امام‌باقر(ع) بیش از پانصد<ref>طوسی، رجال الطوسی، ص۱۲۳ ـ ۱۵۱.</ref> و برای امام‌صادق(ع) دست‌کم چهار هزار راوی ذکر کرده‌اند<ref>مفید، الارشاد، ۲/۱۷۹.</ref> امام‌صادق(ع) در دوران خلافت سفاح عباسی، به مدت دو سال به [[کوفه]] رفت و باعث شکوفایی مرکز علمی کوفه شد که پیش از آن به دست امیرالمؤمنین(ع) بنیان گذاشته شده بود. در آن زمان، بزرگان بسیاری جذب این پایگاه علمی شدند و نهصد عالم و راوی در [[مسجد کوفه]] از امام‌صادق(ع) روایت نقل می‌کردند. ابان‌بن‌تغلب، محمدبن‌مسلم و زرارةبن‌اعین از شاگردان این حوزه بودند.<ref>سبحانی، دور الشیعة فی بناء الحضارة الاسلامیه، ص۱۲۲ ـ ۱۲۳.</ref> {{ببینید|امام‌باقر(ع) | امام‌صادق(ع)}}

تشکیل حوزه علمیه در [[جهان اسلام]] به معنای امروزین آن را در [[بغداد]] و سپس [[نجف]] و [[حله]] دانسته‌اند<ref>جعفری هرندی، مروری بر تاریخ حوزه‌های علمیه، ص۱۸۲.</ref> و چنانکه مشهور است شیخ طوسی بزرگ‌ترین و ماندگارترین حوزه علمیه شیعه را در نجف تأسیس کرد و برای آن برنامه منظم درسی قرار داد. در این حوزه، در سده‌های طولانی، هزاران عالم در رشته‌های فقه، [[فلسفه]]، کلام، تفسیر، لغت و دیگر علوم پرورش یافتند<ref>آقابزرگ، حیاة الشیخ الطوسی، ۱/۶ ـ ۷.</ref> {{ببینید| حوزه علمیه نجف}} از دیگر حوزه‌های علمیه می‌توان به حوزه سامرا، کربلا، بغداد، ری، اصفهان و قم اشاره کرد<ref>موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱/۶۳، ۲۶۴، ۲۷۶، ۲۹۰ و ۳۵۳.</ref> {{ببینید| حوزه علمیه قم}} به لحاظ سرزمینی نیز گسترش حوزه‌های علمیه در مناطقی مانند عراق، ایران، سمرقند، بخارا، افغانستان، [[پاکستان]]، هند، آذربایجان، بحرین، مصر، سوریه و جبل عامل لبنان بوده است.<ref>اباذری، تبارنامه حوزه و روحانیت، ص۱۰۷.</ref>

حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ با فراز و نشیب‌های فراوانی روبه‌رو بوده‌اند و فشارها و خفقان‌های سخت و سنگینی را که برای نابودی هر گروه و مجموعه‌ای کافی است، تحمل کرده‌اند<ref>صافی گلپایگانی، سیر حوزه‌های علمی شیعه،  ۹۰.</ref> در طول تاریخ پیدایش حوزه‌های علمیه علمای دین و [[روحانیت]] با سختی‌ها و تنگناهای سیاسی و اجتماعی فراوانی از سوی حاکمان روبه‌رو بوده‌اند و از این‌رو همیشه مترصد فرصتی برای رهایی از این تنگناها بوده‌اند<ref>علم‌الهدی، درآمدی بر شناخت حوزه و روحانیت، ص ۹۱.</ref>؛ ولی حرکت درست و هوشمندانه آن‌ها در مقابله با مشکلات و استفاده از فرصت‌هایی که پیش می‌آمد موجب شد که از مشکلات و تنگناها عبور کنند و حوزه‌های علمیه از تعطیلی نجات پیدا کند<ref>علم‌الهدی، درآمدی بر شناخت حوزه و روحانیت، ص ۹۱ ـ ۹۲.</ref> یکی از این دوره‌های سخت و طاقت‌فرسا به زمان رضاشاه پهلوی بر می‌گردد که مراکز دینی و حوزه‌های علمیه در ایران بر اثر سیاست‌های ضد دینی وی با سختی‌ها و مشکلات زیادی روبه‌رو شد و در آستانه نابودی قرار گرفت؛ ولی با این حال، عواملی مانند [[استقامت|مقاومت]] و پایداری علما و حمایت‌های مردمی، مانعِ از میان‌رفتن حوزه‌های علمیه شد.<ref>حسینیان، چهارده قرن تلاش شیعه برای ماندن و توسعه،۴۳۰؛ موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱۸.</ref>

نظام آموزشی در حوزه‌های علمیه بر محور استاد ـ شاگرد استوار است و غالباً همراه با یک متن تعلیمی و به روش القا، املا، سماع، مباحثه، قرائت و کتابت، شکل گرفته و گسترش یافته است<ref>طارمی‌راد، کلیات، ص ۱ ـ ۲.</ref> این نظام آموزشی در دوره اخیر، دارای سه دوره مقدمات، سطح و درس خارج است. در مقدمات، علومی مانند صرف، نحو، منطق، معانی و کتاب‌هایی مانند شرح امثله، صمدیه، مختصر المعانی و المنطق مظفر خوانده می‌شود. در دوره سطح به طور عمده [[فقه|علم فقه]]، [[اصول فقه|اصول]]، [[فلسفه]] و [[علم کلام|کلام]]، در قالب کتاب‌هایی مانند شرح لمعه و مکاسب در فقه، اصول فقه و رسائل در اصول، شرح منظومه و نهایة الحکمه و شرح تجرید الاعتقاد تدریس می‌شود<ref>موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱/۲۷ ـ ۲۸.</ref> در درس خارج، علوم فقه و اصول، محور کار و بحث [[طلاب|طلاب علوم دینی]] است و برای نظم‌بخشیدن به مطالب، یک کتاب فقهی مانند جواهر الکلام، عروة الوثقی یا [[تحریر الوسیله]] و یک کتاب اصولی مانند کفایة الاصول، محور بحث قرار می‌گیرد<ref>شیرخانی و زارع، ۱۳۴.</ref> و استاد دیدگاه‌های مختلف را ارزیابی و نقد و سپس نظر خاص خود را ارائه می‌کند و شاگردان نیز حق اظهار نظر و رد نظر استاد را دارند. با طی این دوره، شاگرد می‌تواند به مرتبه اجتهاد برسد و صاحب نظر در فقه و اصول و مسائل اسلامی شود. در تمام این مراحل، محصل علوم دینی با راهنمایی استاد، اقدام به مطالعات و تحقیقات به صورت آزاد یا همراه با مطالعه و مباحثه می‌کند<ref>موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱/۲۹.</ref> پس از [[انقلاب اسلامی ایران|پیروزی انقلاب اسلامی]]، بر حسب نیاز و به دستور امام‌خمینی و تأیید مراجع تقلید و علمای حوزه، شورای مدیریت حوزه علمیه قم تشکیل شد<ref>شیرخانی و زارع، ۴۴.</ref> و این شورا مبنای تحولات بسیاری در نظام آموزشی و تبلیغی حوزه علمیه گردید. {{ببینید|شورای مدیریت حوزه علمیه قم}}

امام‌خمینی فقاهت را ضروری و بقای اسلام را در گرو فقیهان می‌دانست<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۶/۲۸۶.</ref> و معتقد بود توجه به فقه و فقاهت، شاخصه اصلی حوزه‌های علمیه است و همین ویژگی است که [[اسلام]] و رابطه میان فقها و مردم را حفظ کرده است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۳/۱۲ ـ ۱۵.</ref>؛ زیرا بیشترین و مهم‌ترین نیاز دینی مردم را که همواره پشتوانه و حامی حوزه‌های علمیه بوده‌اند، فقه برآورده می‌کند<ref>موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱/۱۸.</ref> امام‌خمینی در کنار توجه ویژه به فقه و فقاهت به نیازهای دیگر نیز توجه می‌داد.

اتصال و ارتباط حوزه‌های علمیه با [[مسجد|مساجد]] و کتابخانه‌ها که پیوستگی علم و دین و ارتباط تنگاتنگ حوزه با [[جامعه]] و حضور حوزویان در متن جامعه و میان توده‌های مردم را نشان می‌دهد، از ویژگی‌های حوزه‌های علمیه شمرده شده است<ref>موحد ابطحی، آشنایی با حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، ۱/۱۱.</ref>؛ همچنین توجه به خودسازی و وجود درس‌های اخلاق که استادان و شخصیت‌های معتبر حوزه برگزار می‌کنند، یکی از ابعاد آموزشی و از مهم‌ترین ویژگی‌های حوزه‌های علمیه است<ref>علم‌الهدی، درآمدی بر شناخت حوزه و روحانیت، ص ۴۱ ـ ۴۲؛ طارمی‌راد، کلیات، ص ۹.</ref> امام‌خمینی که خود در حوزه علمیه قم درس اخلاق تدریس می‌کرد و به تربیت روحی و تهذیب نفوس طلاب اهتمام می‌ورزید<ref>امام‌خمینی، چهل حدیث، ۷.</ref>{{ببینید|تدریس امام‌خمینی}} همواره بر لزوم توجه به خودسازی درکنار تحصیل علوم دینی تأکید می‌کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۲۰ ـ ۲۱، ۲۷، ۲۸ و ۳۷.</ref> و علم بدون تهذیب را بی‌فایده، بلکه مضر می‌خواند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۳/۴۱۳.</ref> و بر آن بود که توجه‌نکردن به تهذیب اخلاق در حوزه‌های علمیه و خطر عالمان غیر مهذّب، بیشتر و خطرناک‌تر از قدرت نظامی پادشاهان مستبد است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۱۶۹ ـ ۱۷۰.</ref> ایشان فقدان مبانی اخلاقی و آداب اسلامی را مایه اختلاف در حوزه‌ها می‌دانست و همواره درباره پیامد آن که از دست‌دادن پایگاه مردمی حوزه است، هشدار می‌داد.<ref>جهاد اکبر، ۲۶ ـ ۲۷ و ۲۸ ـ ۳۱.</ref> {{ببینید|طلاب | تهذیب نفس}}

یکی دیگر از شاخص‌های مهم حوزه‌های علمیه شیعه در طول تاریخ، استقلال این نهاد دینی از حکومت‌های وقت بوده است<ref>اباذری، تبارنامه حوزه و روحانیت، ص۳۵.</ref> این ویژگی به روحانیت شیعه و حوزه‌های علمیه، قدرت ایستادگی در برابر حکومت‌های ستمگر و رهبری انقلاب‌ها را بخشیده است<ref>مطهری، ۲۴/۱۹۲ و ۲۷۵.</ref> امام‌خمینی پیش از [[انقلاب اسلامی ایران|پیروزی انقلاب اسلامی]]، استقلال حوزه‌های علمیه را موجب ساخته‌شدن انسان‌های شایسته و درخشش شخصیت‌های مستقلی چون سیدحسن مدرس می‌دانست<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۳۹۰.</ref> ایشان بر همین اساس پس از پیروزی نیز بر استقلال حوزه‌ها و [[روحانیت]] از حکومت تأکید می‌کرد و معتقد بود حوزه‌های علمیه باید همانند گذشته مستقل و مردمی باقی بمانند<ref>مطهری، ۲۴/۲۷۵.</ref> {{ببینید|حوزه علمیه قم}}

پس از رضاشاه عوامل متعددی ازجمله موقعیت اجتماعی متزلزل [[محمدرضا پهلوی]]، دولت را به همراهی با علما و تظاهر به دینداری وادار می‌ساخت و از سوی دیگر، نگرانی از گسترش مارکسیسم و جریان‌های ضد مذهبی، حوزه‌های علمیه و علما را به سوی مدارا با دولت می‌کشاند<ref>حسینی‌زاده، شکل‌گیری و تحول حوزه‌های شیعه، ۲۴۷.</ref> پس از کودتای ۲۸ مرداد که با تثبیت قدرت محمدرضا پهلوی و سرکوب توده‌ای‌ها و [[ملی‌گرایی|ملی‌گرایان]] همراه بود، پهلوی به‌تدریج از علما فاصله گرفت؛ اما تا زمان درگذشت [[سیدحسین بروجردی]]، مرجع تقلید وقت ایران، در سال ۱۳۴۰، آرامش نسبی میان دو طرف ادامه داشت<ref>حسینی‌زاده، شکل‌گیری و تحول حوزه‌های شیعه، ۲۴۸.</ref> درگذشت بروجردی موجب شد رژیم با تصور ضعف حوزه، در صدد اجرای برنامه‌های اصلاحی مورد نظر خود برآید؛ اما روند امور به گونه‌ای پیش رفت که اعتراض حوزه‌های علمیه و علما به رهبری امام‌خمینی، به مخالفت همه جانبه با محمدرضا پهلوی و در مرحله بعد اصل رژیم تبدیل شد<ref>حسینی‌زاده، شکل‌گیری و تحول حوزه‌های شیعه، ۲۵۰.</ref> در این دوره برخی سیاست‌های رژیم، استقلال حوزه‌های علمیه و روحانیت را نشانه گرفته بود که با واکنش امام‌خمینی روبه‌رو شد؛ چنانکه پس از اعلام راه‌اندازی «دانشگاه اسلامی» از سوی رژیم که با هدف مدیریت و تسلط بر حوزه‌های علمیه صورت می‌گرفت، ایشان هشدار داد و با صراحت اعلام کرد تا پای جان از استقلال حوزه دفاع و از مدیریت وزارت فرهنگ بر حوزه علمیه جلوگیری می‌کند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۳۰۳.</ref> از نظر ایشان، هدف رژیم از این ترفند سلطه‌جویانه، «کوبیدن اسلام با نام اسلام» بود<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۶۱.</ref>؛ چنان‌که اقدام رژیم در بردن طلاب به سربازی را می‌توان در همین راستا شمرد. {{ببینید|سربازگیری طلاب}}

امام‌خمینی که معتقد بود رژیم پهلوی برای نابودی اسلام، از بی‌حرمتی به حوزه‌های علمیه و طلاب و محصور و زندانی‌کردن علما و مراجع ابایی ندارد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۴۱.</ref>، در فروردین ۱۳۴۲، پس از [[حمله رژیم پهلوی به مدرسه فیضیه]] به این واقعه واکنش نشان داد و رژیم را نکوهش کرد<ref>مرکز بررسی اسناد تاریخی وزارت اطلاعات، مدرسه فیضیه به روایت اسناد ساواک، ص۵۰.</ref> به باور ایشان اختلاف‌افکنی میان علما و مردم<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۷۳ ـ ۲۷۵.</ref> و نیز دست‌یافتن بر حوزه‌های علمیه و اداره آن‌ها طبق میل و اراده حکومت<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۴۸۹.</ref>، ازجمله سیاست‌های رژیم پهلوی بود. حمله‌های مکرر رژیم به مدارس علوم دینی و بازداشت طلاب نیز با هدف برهم‌زدن آرامش محیط علمی حوزه‌ها و جلوگیری از علم‌آموزی طلاب<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۴/۹۲.</ref> و در نهایت تعطیلی این مراکز علمی<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۵/۱۰۳.</ref> صورت می‌گرفت؛ چنان‌که وقتی بعضی از مراجع مانند [[سیدابوالقاسم خویی]]، [[سیدکاظم شریعتمداری]] و امام‌خمینی از طریق نمایندگان‌شان، به ساخت بنا برای مدرسه علمیه و خوابگاه برای طلاب علوم دینی اقدام کردند، [[ساواک|سازمان اطلاعات و امنیت کشور]] (ساواک) با نگرانی از رشد و نفوذ حوزه‌های علمیه و مشکلات امنیتی آینده از ادامه کار جلوگیری کرد و در عوض ساخت بناها و مراکزی با محوریت تمدن روز در قم را پیشنهاد کرد. شخص محمدرضا پهلوی با اطلاع از ساخت این مدارس در قم، به جلوگیری از آن و وضع مالیات سنگین برای کسانی که پول ساخت این مدارس را تأمین می‌کنند، فرمان داد. بیشتر هزینه ساخت مدارس، به وسیله خیرین تأمین می‌شد<ref>مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی، سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ۱۷/ ۲۲۶ ـ ۲۳۸ و ۲۴۲.</ref> در اسناد ساواک افزون بر اینکه از نامه امام‌خمینی به [[سیداحمد خمینی]] یا در سندی دیگر [[سیدمرتضی پسندیده]] یادشده است که ساختن بنا برای طلاب، تأمین هزینه آن و لزوم سرعت عمل و بی‌سروصدابودن آن را درخواست کرده است<ref>مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی، سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ۱۷/۲۳۴ و ۲۳۷؛ امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۲۳.</ref> [[محمد صدوقی]] نیز به عنوان فردی که در دریافت وجوه نماینده امام‌خمینی است و در قم اقدام به خرید زمین و ساخت بنا برای [[طلاب]] می‌کند، معرفی شده است.<ref>مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی، سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک، ۱۷/ ۲۲۸ ـ ۲۳۰، ۲۳۷.</ref> {{ببینید| محمد صدوقی}} امام‌خمینی که حمایت و حفاظت از کیان اسلام و قرآن در برابر دشمنان را وظیفه اساسی حوزویان می‌دانست، بیداری و مقاومت حوزه‌های علمیه، به‌ویژه حوزه علمیه قم در برابر رژیم پهلوی را مایه سرافرازی و رونق نهضت روحانیت بر می‌شمرد.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۱۴ ـ ۳۱۵، ۳۲۱ و ۳۳۸.</ref>

حوزه علمیه نجف نیز با توجه به محدودیت‌های به‌وجودآمده از سوی حکومت‌ها، دوره‌های اوج و فرود را پشت سر گذاشته است<ref>سیف‌زاده، ساختارها و فرایند گرایش‌های سیاسی، ص۱۰۶ ـ ۱۰۷.</ref> قدرت‌یافتن کمونیسم و [[حزب بعث عراق|حزب بعث در عراق]]، واکنش [[حوزه علمیه نجف]] و ورود این حوزه به صحنه سیاست، پیامدهایی همچون زندانی و اعدام‌شدنِ شمار زیادی از روحانیون را در پی داشت<ref>حکیم، حوزه علمیه نجف سیر تاریخی و دستاوردهای فقهی و اصولی، ص۱۲۵ و ۱۳۲.</ref> حکومت بعثی عراق برای زمین‌گیرکردن [[مرجعیت|مرجعیت شیعه]] و تضعیف حوزه‌های علمیه، اقدام‌هایی را مانند ضمیمه‌کردن عتبات و مکان‌های دینی به اوقاف، لغو معافیت طلاب از سربازی و [[اخراج ایرانیان از عراق]]<ref>تبرائیان، احیاگرحوزه نجف، زندگی و زمانه آیت‌الله العظمی حکیم، ص۴۸۷ ـ ۴۸۸.</ref> در سال‌های ۱۹۷۰م/ ۱۳۵۰ش، ۱۹۷۶م/ ۱۳۵۴ش، ۱۹۸۰م/ ۱۳۵۸ش و ۱۹۹۱م/ ۱۳۶۹ش انجام داد و با نسبت‌دادن اتهام [[جاسوسی]] به علمای شیعه و خاندان آنان تلاش کرد فعالیت‌های حوزه را محدود و عده زیادی از علما و طلاب غیر عراقی را از نجف اخراج کند<ref>سیف‌زاده، ساختارها و فرایند گرایش‌های سیاسی، ص۱۰۷ ـ ۱۰۸.</ref> هدف رژیم بعثی از پاکسازی حوزه از طلاب علوم دینیِ غیر عراقی، خالی‌کردن حوزه از ملیت‌های مختلف بود که رفت و آمد آنان خطری برای حاکمیت به شمار می‌رفت<ref>تبرائیان، احیاگرحوزه نجف، زندگی و زمانه آیت‌الله العظمی حکیم، ص۴۹۲ ـ ۴۹۳.</ref> امام‌خمینی با ناگوار شمردن این عمل، اعلام کرد از عراق خارج خواهد شد و از طلاب خواست آماده تحمل ناگواری‌ها باشند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۴۰۶ ـ ۴۰۷.</ref> {{ ببینید| حوزه علمیه نجف}}

حوزه‌های علمیه در گذشته و حال، بزرگ‌ترین نقش را در حفظ و ترویج [[اسلام]] ایفا کرده‌اند. امام‌خمینی حوزه‌های علمیه را مایه حیات اسلام می‌دانست و حرکت اصلاحی خود را از حوزه علمیه آغاز کرده بود<ref>اخوان کاظمی، حوزه و روحانیت در سیره نظری و عملی امام، ص۹ ـ ۱۰.</ref> ایشان در جوانی از آغاز حضور [[عبدالکریم حائری یزدی]] برای احیای حوزه علمیه قم، به این شهر هجرت کرد<ref>ذاکری، طلوع خورشید، ص۴۵ ـ ۴۶.</ref>{{ ببینید| عبدالکریم حائری یزدی}} و در دوره زعامت [[سیدحسین بروجردی]] تلاش کرد با تقویت ایشان به تحکیم پایگاه نهاد [[مرجعیت]] بپردازد؛ زیرا معتقد بود از این راه می‌توان جامعه‌ای سالم و حوزه‌ای سرزنده و پویا داشت<ref>ذاکری، طلوع خورشید، ص۱۱۵ ـ ۱۱۷.</ref> ایشان در همین راستا، اقداماتی را نیز برای حمایت مالی از بروجردی و حفظ حوزه‌های علمیه که زیر نظر ایشان اداره می‌شد، انجام داد<ref>← امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۲۴ ـ ۲۵.</ref>{{ببینید| مرجعیت | سیدحسین بروجردی}}

به اعتقاد امام‌خمینی فلسفه وجودی حوزه‌های علمی، ترویج احکام الهی، قوانین قرآنی و مقاومت در برابر دشمنان اسلام و خنثی‌سازی توطئه‌های آنان است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۵۹.</ref> {{ببینید|روحانیت}}؛ از این‌رو ایشان در دوران نهضت اسلامی ایران، با یادآوری سابقه درخشان حوزه‌های علمیه در ستم‌ستیزی، خواستار ادامه مبارزه حوزه‌ها با خطرهایی بود که اسلام و استقلال کشورهای اسلامی را تهدید می‌کند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱/۱۵۸.</ref> ایشان حوزه علمیه قم را پناهگاه مسلمانان عدالت‌خواه<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۲۱.</ref>، مرکز فقاهت راستین، مبدأ [[انقلاب اسلامی ایران|نهضت اسلامی]]<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۸/۵۰.</ref> و زنده‌کننده اسلام می‌نامید و خدمت این حوزه به اسلام را خدمتی دیرپا می‌دانست که تا صدها سال باقی خواهد ماند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۳۸.</ref> {{ ببینید|حوزه علمیه قم}} همچنین ایشان درباره بی‌تحرکی برخی حوزه‌های علمیه و سکوت و سکون آنها در برابر مسائل کلان سیاسی اجتماعی هشدار می‌داد و درباره جو سکوت حاکم بر برخی حوزه‌های علمیه به‌ویژه [[حوزه علمیه نجف]] ابراز تأسف می‌کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۳/۳۹۳ ـ ۳۹۴.</ref> {{ببینید| حوزه علمیه نجف}}

آسیب‌ها و اصلاحات: نهادهای آموزشی و پژوهشی همواره در مسیر توسعه، نیازمند برنامه‌ریزی و آسیب‌زدایی هستند، اصلاح حوزه‌های علمیه نیز سابقه‌ای طولانی دارد. بر همین اساس پس از تثبیت و توسعه نسبی حوزه علمیه قم در زمان بروجردی با توجه به برخی کاستی‌ها و بی‌نظمی‌ها که در [[حوزه علمیه قم]] و برخی حوزه‌های دیگر وجود داشت، بحث اصلاح حوزه در سال ۱۳۲۸ به صورت جدی مطرح شد و گروهی با نام هیئت مصلحین یا هیئت حاکمه، متشکل از امام‌خمینی و جمعی دیگر از علمای تراز دوم شکل گرفت<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۱/۳۱.</ref>؛ ولی برنامه‌های اصلاحی و طرح‌های پیشنهادی آنان به بروجردی با استقبال جدی ایشان روبه‌رو نشد. در همین راستا گروهی از مدرسان حوزه نیز به برخی از امور اصلاحی در حوزه مانند انتشار مجله، فراگیری علوم جدید و برگزاری برنامه‌ها و جلسات منظم برای اصلاحات در حوزه اقدام کردند<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۱/۴۴ ـ ۴۶.</ref> {{ببینید| جامعه مدرسین حوزه علمیه قم}} امام‌خمینی تکمیل برنامه‌های درسی و تبلیغی، دوری از سستی و ضعف [[خودباوری|اعتماد به نفس]] و جایگزینی جدیت، امید و اعتماد به نفس را از مصادیق اصلاح حوزه می‌دانست.<ref>ولایت فقیه، ۱۳۷.</ref>

پیش از [[انقلاب اسلامی ایران|پیروزی انقلاب اسلامی]]، امام‌خمینی با بسیار مهم ارزیابی‌کردن مسئولیت علما و مراجع اسلام، از درست و مناسب ارائه‌نشدنِ مفاهیم دینی و اسلام در داخل و خارج کشور، ابراز نارضایتی کرده و علت آن را کم‌کاری در دسترسی به ابزار تبلیغیِ جدید شمرده است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲/۳۵.</ref> {{ببینید| تبلیغات}} ایشان نظم‌بخشیدن به امور حوزه و جلوگیری از نفوذ عناصر بیگانه را گام مهمی برای اصلاح حوزه می‌دانست<ref>امام‌خمینی، جهاد اکبر، ۶۱.</ref> و به علما و حوزه‌های علمیه هشدار می‌داد که از صف‌بندی‌ها و اختلافات دوری کنند؛ زیرا اختلاف باعث ازدست‌دادن پایگاه مردمی و آسیب‌پذیری حوزه می‌شود.<ref>امام‌خمینی، جهاد اکبر، ۲۵ ـ ۲۷.</ref> {{ببینید |وحدت}}

پس از پیروزی انقلاب اسلامی که استقبال بیشتری از حوزه‌های علمیه شد، بار دیگر به صورت جدی به تفکر اصلاح حوزه و نظم‌بخشیدن به آن توجه شد<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۴۶۳.</ref> به همین منظور [[حسینعلی منتظری]] در دیدار با امام‌خمینی، پیشنهاد تشکیل [[شورای مدیریت حوزه علمیه قم|شورای مدیریت حوزه]] با عضویت سه نماینده از سوی امام‌خمینی و سه نماینده از جانب مرجع تقلید وقت، [[سیدمحمدرضا گلپایگانی]] را ارائه کرد که ایشان آن را پذیرفت<ref>صالح، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از آغاز تا اکنون، ۲/۴۶۴.</ref> و فرمان تشکیل شورای شش‌نفره مدیریت را در ۸ اسفند ۱۳۵۹، صادر کرد<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۱۶۰.</ref> {{ببینید | شورای مدیریت حوزه علمیه قم}} با توجه به اهمیت موضوع، امام‌خمینی یک سال پس از فعالیت شورا، در پیام ۲۲ بهمن ۱۳۶۰ دوباره بر اصلاح حوزه تأکید کرد و از همه به‌ویژه علما و مدرسان خواست درباره این موضوع همت ویژه‌ای به خرج دهند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۶/۴۵ ـ ۴۶.</ref> ایشان نظام‌دادن به امور حوزه را از ضروریات به شمار می‌آورد و از بزرگان حوزه می‌خواست با برنامه‌ریزی دقیق و صحیح، مانع آسیب‌دیدن حوزه‌ها شوند.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۴۲۵.</ref>

# رواج تفکر و روحیه انزواطلبی در میان حوزویان، به گونه‌ای که دوری از مسائل سیاسی، اجتماعی، ارزش دانسته شود و دخالت در امور سیاسی، ضد ارزش باشد. ایشان از رواج این روحیه در حوزه‌های علمیه که محصول توطئه‌های مرموز جهان‌خواران و ناشی از تفکر حاکم بر روحانیت مسیحی و کلیسا است، ابراز تأسف کرده است.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۴/۱۸۴ ـ ۱۸۵ و ۱۷/۲۰۴.</ref> {{ببینید |دین و سیاست}}

# گسترش تشریفات و توجه به تجملات که از آفات حوزه، منافی با اسلام و تحصیل علوم دینی است<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۷/۳۲۵ و ۲۰/۲۷۷.</ref> و کم‌شدن محتوا و شکست [[روحانیت]] را در پی‌خواهد داشت.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۱۹/۴۲.</ref> {{ببینید |ساده‌زیستی}}

# خطر [[تحجر|تحجرگرایی]] که موجب فعالیت کسانی علیه [[اسلام]] و [[انقلاب اسلامی ایران|انقلاب]] در حوزه‌های علمیه شده که مروج [[اسلام امریکایی]] و دشمن پیامبر اسلام‌اند<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۲۷۸.</ref> از نگاه ایشان، متحجران حوزوی، آبروی اسلام و مسلمانان را برده‌اند و از برخی معارف و آموزه‌های دینی برای کسب مال و مقام و رسیدن به عیش و نوش خود، بهره‌برداری می‌کنند و غفلت از این عناصر، یک لحظه هم جایز نیست.<ref>امام‌خمینی، صحیفه امام، ۲۱/۲۸۱.</ref>{{ببینید | تحجر}}