امام‌خمینی از استادان برجسته حوزه علمیه قم بود. تدریس ایشان در فقه، اصول، فلسفه، عرفان و اخلاق مشهور بود (ببینید: تدریس امام‌خمینی)؛ چنان‌که محمد صدوقی از استادان برجسته حوزه قم، امام‌خمینی را در تدریس فلسفه، عرفان، فقه و اصول، استاد درجه اول حوزه شمرده است که پس از درس بروجردی پرشمارترین شاگردان را داشت. بسیاری از برجستگان علمی در درس ایشان حاضر می‌شدند.