دعا نیایش و درخواست همراه با خضوع و فروتنی. امام‌خمینی دعا را توجه به کسی می‌داند که نیازمندی‌های انسان را برآورده سازد. ایشان حقیقت دعا را همان عبادت می‌داند و آن را بالاترین مظهر عبودیت و یکی از منابع غنی معارف اسلامی به‌شمار می‌آورد و معتقد است قرآن و دعا از هم جدا نیستند؛ و دعا را قرآن صاعد دانسته که همانند قرآن نازل دارای معارف بلندی است؛ و زبان قرآن را از زبان دعا متفاوت می‌داند.
امام‌خمینی دعا را به دعای قال، حال و استعداد تقسیم کرده و معتقد است دعا به زبان قال، اگر مطابق با لسان استعداد باشد، مستجاب خواهد شد و اگر از زبان استعداد صادر نشود مستجاب نمی‌گردد.او در تقسیمی دیگر، دعا را به دعای عامه، صاحبان حکمت و اصحاب معارف و همچنین دعا را به لحاظ روایت، به دعای مأثور و غیر مأثور تقسیم کرده است.
امام‌خمینی به آداب ظاهری و باطنی دعا نیز توجه کرده و در این زمینه رعایت اموری چون، حضور قلب، دوری از اعتماد به خویشتن و رعایت طهارت را مهم می‌داند و بر این باور است که دعا نقش مهمی در ساختن انسان‌ها و تربیت جامعه دارد و در افراد عادی بیشتر از نماز تأثیر می‌کند.
امام‌خمینی دعا را جزء اصلی‌ترین برنامه‌های خود قرار می‌داد و با دعای کمیل و مناجات شعبانیه انس داشت و در دعاهای خود دیگران را فراموش نمی‌کرد.