سیدعلی خامنه‌ای

سیدعلی خامنه‌ای، روحانی مبارز، امام‌جمعه تهران، سومین رئیس‌جمهور و دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران.

خاندان

سیدعلی حسینی خامنه‌ای ۲۹ فروردین ۱۳۱۸ش/ ۲۸ صفر ۱۳۵۸ق در مشهد به دنیا آمد پدر وی سیدجواد (۱۳۱۳ ـ ۱۴۰۶ق) فرزند سیدحسین از علمای حوزه علمیه مشهد اما زاده شهر تبریز بود. سیدجواد خامنه‌ای دوره مقدمات را در حوزه تبریز آموخت و در سال ۱۳۳۶ق به مشهد رفت و از درس سیدحسین قمی، میرزامحمد آقازاده خراسانی و فاضل خراسانی بهره جست او در سال ۱۳۴۵ق به نجف اشرف رفت و در درس میرزامحمدحسین نایینی، آقاضیاءالدین عراقی و سیدابوالحسن اصفهانی حاضر شد و از محمدحسین غروی اصفهانی اجازه اجتهاد گرفت و در حدود سال ۱۳۵۱ق به ایران بازگشت و در مشهد اقامت گزید.

سیدجواد خامنه‌ای پس از درگذشت همسر خود با دختر عالم مشهور حوزه مشهد، سیدهاشم نجف‌آبادی ازدواج کرد و از او صاحب چهار پسر به ترتیب به نام‌های سیدمحمد، سیدعلی، سیدهادی، سیدمحمدحسن و دختری به نام بدرالسادات (رباب) شد. وی که اهل تقوا و فضل و مورد احترام همگان بود، چهل سال امامت مسجد ترک‌ها در بازار سرشور مشهد را بر عهده داشت آشنایی و ارتباط سیدجواد با امام‌خمینی به جلسه دیداری با امام‌خمینی در مشهد باز می‌گشت. وی در این جلسه، تحت تأثیر سلوک اخلاقی امام‌خمینی قرار گرفت. وی در ۲۸ شوال ۱۴۰۶ق/ چهاردهم تیر ۱۳۶۵ درگذشت و در رواق پشت سر امام‌رضا(ع) به خاک سپرده شد امام‌خمینی در پیام تسلیتی به فرزندش سیدعلی خامنه‌ای، وی را شخصیتی دانست که عمری را با علم، تعهد و تقوا به سر برده است

سیدحسین خامنه‌ای، از روحانیان مبارز و مورد احترام در آذربایجان بود وی در خامنه تبریز به دنیا آمد و مقدمات علوم دینی را در تبریز آموخت و در سال ۱۲۹۰ق/ ۱۲۵۲ش راهی نجف شد و فقه و اصول را نزد سیدحسین کوه‌کمره‌ای و ملامحمد فاضل ایروانی و فلسفه را از میرزاباقر شکی آموخت. او کتاب ریاض المسائل سیدعلی طباطبایی و مکاسب شیخ انصاری را تدریس کرد و بر آن دو اثر، تعلیقاتی نوشت وی در سال ۱۳۱۵ق/ ۱۲۷۶ش به تبریز بازگشت و در مدرسه طالبیه به تدریس پرداخت و به درخواست بزرگان در مسجد جامع اقامه نماز کرد و به «سیدحسین پیشنماز» شهرت یافت.

سیدحسین خامنه‌ای در نهضت مشروطه حضوری فعال داشت و مردم را به حمایت از آن تشویق می‌کرد؛ چنان‌که شیخ‌محمد خیابانی داماد وی شد و گاه در مسجد جامع به جای او نماز می‌خواند وی در سال ۱۳۲۵ق/ ۱۲۸۶ش درگذشت و در وادی‌السلام نجف به خاک سپرده شد. از او هفت فرزند باقی ماند؛ ازجمله سیدمحمد معروف به «پیغمبر» و سیدجواد و میرمهدی که بعداً به مجتهدزاده معروف شد. مجتهدزاده چهار پسر به نام‌های سیدحسین، سیدمصطفی، سیدمجتبی و سیدمرتضی داشت و سیدمرتضی در قیام پانزده خرداد ۱۳۴۲ به شهادت رسید سیدحسین خامنه‌ای فرزند سیدمحمد حسینی تفرشی خامنه‌ای تبریزی است و علت هجرت وی از تفرش به آذربایجان معلوم نیست. تبار او به سادات افطسی و سلطان سیداحمد می‌رسد که با پنج واسطه به امام‌زین‌العابدین(ع) منتهی می‌گردد

مادر سیدعلی خامنه‌ای سیده‌خدیجه میردامادی تنها فرزند سیدهاشم نجف‌آبادی میردامادی از همسر نخست بود. سیدهاشم در ماجرای قیام مسجد گوهرشاد بازداشت و به قزوین و سمنان تبعید شد. او پس از دوران تبعید، مدتی در شهر ری بود، سپس به مشهد بازگشت و در مسجد گوهرشاد به اقامه نماز جماعت و تدریس خویش ادامه داد سیده‌خدیجه در سال ۱۲۹۳ در نجف اشرف متولد شد و در بیست‌سالگی به عقد سیدجواد خامنه‌ای درآمد وی مادری شجاع بود، زندان‌رفتن و تبعیدشدنِ فرزندان خود را با صبوری تحمل می‌کرد وی در میان دوستان خود به همسر امام‌خمینی علاقه بیشتر داشت. در آبان ۱۳۴۳ وقتی امام‌خمینی به ترکیه تبعید شد، همسر ایشان، خدیجه ثقفی به مشهد رفت و در خانه میردامادی ساکن شد. میردامادی از شدت ناراحتی گریه کرد و از ثقفی خواست برای آزادی ایشان ختم صلوات بگیرد و به امام‌رضا(ع) متوسل شود وی در پانزده مرداد ۱۳۶۸ بر اثر سکته قلبی درگذشت و پیکرش در حرم امام‌رضا(ع) در کنار قبر همسرش به خاک سپرده شد

تحصیلات

سیدعلی خامنه‌ای خواندن و نوشتن را از چهارسالگی در مکتبخانه آغاز کرد و در مدرسه‌ای که به دارالتعلیم دیانتی معروف بود، دوره ابتدایی را گذراند وی دوره دبیرستان را به صورت متفرقه سپری کرد و دیپلم گرفت هم‌زمان مقدما ت دروس حوزوی را از کلاس پنجم دبستان نزد یکی از آموزگاران آغاز کرد و بخش دیگر آن را نزد پدر و مادرش آموخت؛ سپس به مدرسه «سلیمان‌خان» و «نواب» راه یافت. وی شرائع الاسلام و شرح لمعه را از پدر خود و آقامیرزااحمد مدرس یزدی و رسائل و مکاسب شیخ انصاری را از هاشم قزوینی آموخت و در کنار فقه و اصول به آموختن فلسفه هم پرداخت و بخشی از شرح منظومه سبزواری را از میرزاجواد تهرانی و بخشی دیگر را از سیف‌الله اِیسی میانجی فرا گرفت. سپس در درس‌های خارج اصول میرزاهاشم قزوینی و خارج فقه سیدمحمدهادی میلانی در سال ۱۳۳۴ در سن هفده‌سالگی شرکت کرد.

خامنه‌ای در سال ۱۳۳۶ طی سفر زیارتی به نجف اشرف در برخی جلسات درس اساتید بزرگ نجف حضور یافت و برای ماندن در حوزه نجف از پدر خود اجازه خواست؛ ولی با مخالفت وی روبه‌رو شد و پس از حدود دو ماه به ایران بازگشت وی در سال ۱۳۳۷ به حوزه علمیه قم رفت و تا ۱۳۴۳ در این شهر ماند او در مدرسه حجتیه سکونت داشت و مدتی در درس سیدحسین بروجردی، متوفای فروردین ۱۳۴۰، شرکت کرد و پس از درگذشت وی در درس‌های خارج امام‌خمینی، مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و درس خصوصی سیدکاظم شریعتمداری حاضر شد سیدجعفر شبیری زنجانی، مهدی باقری کنی، محمدحسین بهجتی (شفق) و مهدی ربانی املشی هم‌بحث‌های وی بودند. او بخشی از شفای بوعلی و اسفار ملاصدرا را نزد سیدمحمدحسین طباطبایی و حسینعلی منتظری آموخت.

مطالعات غیر درسی ازجمله مطالعه کتاب‌های داستان و رمان، ازجمله فعالیت‌های دوران طلبگی خامنه‌ای بود. در آن زمان کمتر رمانی پیدا می‌شد که مطرح باشد و او آن را نخوانده باشد؛ البته وقتی به دوره دروس سطح و خارج رسید از گرایش وی به رمان کاسته شد ذوق ادبی، علاقه به شعر و شاعری را از دیگر گرایش‌های وی در این دوره می‌توان ذکر کرد. او نخست با تخلص «نسیم» شعر می‌سرود، بعد آن را به «امین» تغییر داد؛ همچنین نام ضیاءالدین حسینی خامنه‌ای را برای عالم شعر برگزیده بود وی در انجمن ادبی که در مشهد برگزار می‌شد، حضور می‌یافت و انجمن ادبی فردوسی شنبه‌شب‌ها پاتوق ذوقی او بود با انجمن ادبی فرخ نیز ارتباط جدی داشت و حضور وی در این محافل ادبی سبب شد با شخصیت‌های برجسته ادبی خراسان، ارتباط داشته باشد و از این طریق بر اندوخته‌های ذوقی خویش اضافه کند. به گفته وی، او به اشعار و غزل‌های سیدکریم امیری فیروزکوهی، مهدی اخوان ثالث، (محمدحسن) رهی معیری، نیما یوشیج و سیدمحمدحسین شهریار علاقه و با بعضی از آنان ارتباط دیرینه داشت.

از سوی دیگر، جلسه‌های روشنگرانه تفسیر قرآن خامنه‌ای تأثیر بسزایی در حوزه و مجامع روشنفکری مشهد گذاشت و مورد استقبال قرار می‌گرفت. این جلسات نخست در مسجد امام‌حسن(ع) و سپس در مسجد کرامت برگزار می‌شد که بر اثر فشار و تهدید سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک) تعطیل شد درس تخصصی تفسیر را نیز برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و پیش از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت وی همچنین دروس حوزوی را هم‌زمان با آموختن دروس بالاتر، ازجمله سطوح عالی فقه و اصول یعنی رسائل، مکاسب و کفایة الاصول، تدریس می‌کرد و هر روز از چند نفر از شاگردان، درس روز گذشته را می‌پرسید

خامنه‌ای در شمار مؤسسان جامعه روحانیت مبارز تهران در بهار ۱۳۵۶ بود و در ۱۳۶۰ که مجمع عمومی جامعه روحانیت مبارز تشکیل شد، در شمار اعضای شورای مرکزی این تشکل انتخاب شد (ببینید: جامعه روحانیت مبارز)

دوران مبارزه و نهضت

در سال ۱۳۳۲ نخستین جرقه‌های مبارزه در دل خامنه‌ای به وسیله سیدمجتبی نواب صفوی زده شد وی در سال ۱۳۳۴ ـ ۱۳۳۵ از طریق طلاب قم و سیدمصطفی خمینی که تابستان‌ها به مشهد می‌رفتند با نام و راه امام‌خمینی آشنا شد نخستین دیدار وی با امام‌خمینی در سال ۱۳۳۶ صورت گرفت و ایشان را متفاوت از دیگران یافت و تحت تأثیر اخلاق ایشان قرار گرفت؛ اما چهره سیاسی ایشان برای نخستین بار در جریان لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای خامنه‌ای کشف شد.

خامنه‌ای با آغاز نهضت اسلامی به رهبری امام‌خمینی در سال ۱۳۴۱ وارد عرصه‌های گوناگون مبارزه با طاغوت شد و جزو نخستین افرادی بود که همگامی و فعالیت مبارزاتی را در دوره پیش از قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ با تکثیر و پخش اطلاعیه‌های ایشان آغاز کرد در بهمن ۱۳۴۱، پس از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، خامنه‌ای و برادرش سیدمحمد خامنه‌ای مأمور رساندن گزارش سیدمحمدهادی میلانی از مراجع تقلید مشهد به امام‌خمینی در قالب نامه درباره واکنش مردم مشهد به این لایحه شدند و وی در محرم ۱۳۸۳ق/ خرداد ۱۳۴۲ از طرف امام‌خمینی مأموریت یافت نامه‌هایی به میلانی و سیدحسن قمی و دیگر علمای مشهد برساند. امام‌خمینی در این نامه‌ها خط مشی مبارزه را ترسیم و از علما و روحانیون خواسته بود به منظور تبیین جنایات رژیم پهلوی، واقعه مدرسه فیضیه را از روز هفتم محرم در منبرها بازگو کنند. هیئت‌ها و دسته‌های سینه‌زنی نیز از روز نهم این برنامه را اجرا کنند وی پس از انجام این مأموریت، خود نیز برای محقق ساختن هدف و اجرای خط مشی امام‌خمینی راهی بیرجند شد و در مجالس آن شهر درباره حادثه مدرسه فیضیه و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی کرد.

به دنبال این سخنرانی‌ها، خامنه‌ای در خرداد ۱۳۴۲ش/ نهم محرم ۱۳۸۳ق، دستگیر و در مشهد زندانی شد سیدمحمدهادی میلانی پس از آزادی وی، از او دیدن کرد خامنه‌ای پس از آن به حوزه علمیه قم بازگشت و با همکاری۴۰ تن از روحانیان مبارز ازجمله اکبر هاشمی رفسنجانی، مهدی ربانی املشی و علی‌اصغر مروارید به سازمان‌دهی دوباره فعالیت‌های سیاسی از طریق جلسات مشورتی پرداخت او ازجمله روحانیانی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ تلگرامی به سیدمحمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی، که زندانی شده بودند، فرستاد در همان زمان وی به همراه طلاب و فضلای خراسانی حوزه قم ازجمله ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی در اعتراض به ادامه حصر امام‌خمینی نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشته و منتشر کردند پس از آن، خامنه‌ای سه روز در کرمان و چند روز در زاهدان علیه همه‌پرسی انقلاب سفید در روزهای سالگرد ششم بهمن سخنرانی کرد که منجر به بازداشت دوباره او شد. مأموران رژیم پهلوی او را با هواپیما به تهران بردند و در زندان قزل‌قلعه به مدت دو ماه حبس کردند وی پس از آزادی به محل حصر امام‌خمینی در قیطریه رفت و گزارشی از وضعیت مردم و دوستان را در نبود ایشان ارائه کرد.

فروردین ۱۳۴۳ وقتی امام‌خمینی پس از ده ماه حصر و حبس در تهران آزاد شد و به قم بازگشت، خامنه‌ای به همراه پدر خود از مشهد به قم رفتند و با ایشان دیدار کردند وی در ۲۲ خرداد ۱۳۴۳ برابر با اول ماه صفر، برای تبلیغ به گرگان رفت که با استقبال مردم به‌ویژه جوانان روبه‌رو شد؛ اما با تعقیب ساواک به اجبار گرگان را ترک کرد پس از آن به دیدار امام‌خمینی در قم رفت و درباره جذب بهتر و بیشتر روحانیان شهرها و ائمه جماعات به نهضت پیشنهاداتی داد که مورد پذیرش ایشان قرار گرفت او در زمره روحانیانی بود که اندکی پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه با نگارش نامه‌ای به دولت وقت ـ ـ دولت امیرعباس هویدا ـ ـ در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به اوضاع نابسامان کشور و تبعید امام‌خمینی اعتراض کردند.

خامنه‌ای از بنیان‌گذاران جمعیت یازده‌نفره روحانیان مبارز حوزه علمیه قم بود که با لورفتن اساسنامه و اسامی اعضا، مجبور به زندگی پنهانی شد و در مقطعی از آن با هاشمی رفسنجانی در تهران در یک خانه زندگی می‌کردند این تشکل سری که در پایان سال ۱۳۴۲ تأسیس شد و نشریات «بعثت» و «انتقام» نشریه‌های آن به حساب می‌آمدند، غیر از تشکل مدرسان بود که در سال پیشتر تأسیس شده بود. (ببینید: جامعه مدرسین حوزه علمیه قم) و وی به همراه هاشمی رفسنجانی عضو آن نیز بودند و در نخستین نشست‌های آن شرکت داشتند

پس از تبعید امام‌خمینی به ترکیه، خامنه‌ای با گروهی از طلاب خراسانی ساکن حوزه قم نامه‌ای به نخست‌وزیر وقت نوشت و خواستار بازگشت ایشان شد وی در همین زمان پنهانی به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام نوشته سید قطب اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است. ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد؛ اما موفق به بازداشت خامنه‌ای نشد وی در آن روزها مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود؛ اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج منع شد.

در پی دستگیری و تبعید سیدحسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، خامنه‌ای از میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند و این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد آگاهی یافته و در ۱۴ فروردین ۱۳۴۶، در مراسم تشییع جنازه عالم سرشناس مشهد مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند وی پس از بازجویی‌های متوالی بویژه درباره کتاب یادشده، در دادگاه محاکمه و در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد و اندکی پس از آزادی، در تهران به دیدار زندانیان سیاسی رفت وی در فروردین ۱۳۴۷ به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام‌خمینی در خواست گذرنامه کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد و این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. خامنه‌ای در سال ۱۳۴۷ در مشهد افزون بر تدریس حوزوی برای تربیت نیروهای حوزوی که به مبارزه نیز معتقد باشند تشکیلاتی را راه اندازی کرد این تشکیلات و سازماندهی در زلزله ویرانگر جنوب خراسان نمود پیدا کرد. در پی وقوع زمین‌لرزه، در ۹ شهریور ۱۳۴۷ عده‌ای از روحانیان خراسان به سرپرستی خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت شدید و تهدید مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد؛ به‌ویژه که خامنه‌ای را با نام امام‌خمینی می شناختند. اما این کاروان که به نام «پایگاه امدادی روحانیت» خوانده می‌شد در برابر تهدیدها مقاومت کرد و اقدامات مؤثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دوماهه خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و در مجالس و منابر، پیام نهضت اسلامی را تبیین کند. این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد.

از سوی دیگر، خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده‌نفره در اول اسفند ۱۳۴۷ به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه کیهان و احضار وی به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد ازجمله عباس واعظ طبسی، سیدعبدالکریم هاشمی نژاد و دیگران از حضور در دادگاه خودداری کرد او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیان مبارز ازجمله سیدمحمود طالقانی، سیدمحمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی کنی، مرتضی مطهری، هاشمی رفسنجانی و فضل‌الله محلاتی ارتباط داشت و با وجود اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیان مبارز تهران حضور می‌یافت.

خامنه‌ای در سال ۱۳۴۸ در اندیشه تأسیس یک دبیرستان دخترانه بود که به‌رغم تلاش‌های فراوانی که انجام داد به نتیجه نرسید رفت و آمد خامنه‌ای به تهران محدود به سخنرانی‌ها و مناسبت‌ها نبود و مربوط به جلسات ماهانه طرح تدوین منشور اسلامی در برابر مانیفست کمونیست‌ها نیز بود. در این جلسات عده‌ای از روحانیان مبارز و روشنفکران ازجمله بهشتی، مطهری، طالقانی، هاشمی رفسنجانی، سیدابوالفضل موسوی زنجانی، باهنر، علی شریعتی، بازرگان، یدالله سحابی، عزت‌الله سحابی، جلال‌الدین فارسی، حبیب‌الله پیمان و دیگران شرکت داشتند، که با دستگیری خامنه‌ای در سال ۱۳۴۹ و چندی بعد پیمان و پس از آن هاشمی رفسنجانی جلسات موقتا تعطیل شد.

با رحلت سیدمحسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ روحانیان طرفدار امام‌خمینی ازجمله خامنه‌ای به تبلیغ مرجعیت ایشان پرداختند و خامنه‌ای از طلاب درس خود خواست که درباره معرفی امام‌خمینی به جد فعالیت کنند با شهادت سیدمحمدرضا سعیدی در زندان که در همین سال و پس از رحلت حکیم صورت گرفت ساواک گزارش داده است که تبلیغ مرجعیت امام‌خمینی علنی‌تر و هواداران ایشان ازجمله خامنه‌ای خواستار تعطیلی درس‌ها شده‌اند اعلامیه‌ای نیز درباره شهادت سعیدی و طرفداری از امام‌خمینی در مدارس علمیه و معابر نصب شد و دیدگاه‌های امام‌خمینی درباره ولایت فقیه که خامنه‌ای در اختیار طلبه‌ای به نام جواد حافظی قرار داده بود تکثیر و توزیع شد.

از سوی دیگر، ساواک خراسان چندین بار از شهربانی خواست که عباس واعظی طبسی، محمدرضا محامی و خامنه‌ای را که به نفع امام‌خمینی تبلیغ می‌کردند بازداشت کند و تحویل آن سازمان بدهد پس از تعلل شهربانی خامنه‌ای در دوم مهر ۱۳۴۹ توسط خود ساواک بازداشت و مدتی در زندان لشکر خراسان زندانی شد وی پس از آزادی در محرم ۱۳۹۱ق/ اسفند ۱۳۴۹ش با آنکه نام او در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک بود، سخنرانی‌هایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد ساواک در سال ۱۳۵۰ گزارش کرده است که طالقانی که خامنه‌ای را مرجع مطمئنی برای روشنفکران و آزادی‌خواهان می‌داند، از وی خواسته است سخنرانی‌هایی را در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز است، ایراد کند.

از سوی دیگر، هنگام برگزاری جشن‌های ۲۵۰۰ساله و تحریم آن از سوی امام‌خمینی، ساواک موظف شد هر آن چه را مزاحمتی با این جشن‌ها داشته باشد از میان بر دارد و یکی از این موانع روحانیان مبارز بودند از این‌روی ساواک مراقبت‌های شدیدی نسبت به فعالیت روحانیان مبارز در پیش گرفت. بر این اساس خامنه‌ای در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و در ۴/۷/۱۳۵۰ بازداشت و مدتی در زندان لشکر خراسان زندانی شد او پس از آزادی، با همسرش در اردیبهشت ۱۳۵۱ با دوست زندانی خود هاشمی رفسنجانی با ترفندی خاص دیدار کرد.

خامنه‌ای پس از آزادی، فعالیت‌های سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانی‌هایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزاجعفر و مسجد امام‌حسن(ع) و مسجد قبله و نیز در خانه خود در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروه‌هایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند

خامنه‌ای در سال ۱۳۵۱ جلساتی را در مشهد با علی شریعتی، محمدتقی شریعتی و مرتضی مطهری برای رفع اختلافی که درباره حسینیه ارشاد تهران پیش آمده بود بر گزار کرد در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیر وی در مسجد امام‌حسن(ع) و خانه‌اش را تعطیل کرد وی در آذر ۱۳۵۲ اقامه نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد ساواک مشهد در واکنش به فعالیت‌های سیاسی گسترده او، وی را از اقامه نماز جماعت در آن مسجد باز داشت.

خامنه‌ای در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانون‌های مهم مبارزه اقدام کرد و خانه خامنه‌ای نیز در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصت‌ها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام کرد

خامنه‌ای در بیستم دی ۱۳۵۳ برای ششمین‌بار بازداشت و همراه نامه‌ای از سوی رئیس ساواک خراسان که به فعالیت‌ها، زندان‌ها و ارتباطات وی اشاره شده بود، به زندان کمیته مشترک ضد خرابکاری در تهران منتقل گردید و در پایان از ریاست ساواک تهران خواسته شده بود که برخورد با خامنه‌ای به گونه‌ای باشد که برای مدت طولانی در زندان بماند شکنجه‌های جسمی و روحی این بار شدید بود و به گفته خود وی، این بار دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت حبس را تجربه کرد. او اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود. رئیس ساوک تهران برای تشدید محکومیت وی در نامه‌ای دیگر وی را از نمایندگان فعال امام‌خمینی در خراسان که وجوهات جمع‌آوری و به قم ارسال می‌کند، دانست

بازداشت خامنه‌ای این بار واکنش‌هایی را در پی داشت؛ ازجمله اعلامیه‌ای به امضای دانشجویان خراسان منتشر شد که در آن از مراجع و حوزه‌های علمیه خواسته شده بود که نسبت به دستگیری وی اعتراض و برای آزادی او تلاش کنند دوستداران خامنه‌ای نیز برای آزادی وی به میلانی متوسل شدند و نیز هفته‌ای نگذشته بود که اعلامیه‌ای سراسر انتقاد از رژیم پهلوی منتشر شد و تظاهراتی از سوی طلاب و دانشجویان و مردم صورت گرفت که عده‌ای باز داشت شدند پس از بازداشت وی، طبق گزارش ساواک، مطهری نیز در دانشکده الهیات تهران با اظهار تاسف از این واقعه خامنه‌ای را از عوامل موثر در روشن کردن افکار اجتماع دانست و یادآور شد نمونه ارزنده‌ای چون وی اندک است.

خامنه‌ای در دوم شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد و از آن جا به خانه حسینی بهشتی و سپس برادرش سیدمحمد رفت و خبر آزادی خود را به مشهد اعلام کرد پس از آزادی تحت مراقبت شدید مأموران امنیتی بود و اقامه جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در خانه‌اش ممنوع شده بود و از ساواک تهران به خراسان دستور داده شد که همه ارتباطات، مکاتبات و مکالمات او زیر نظر قرار گیرد؛ اما او با وجود همه محدودیت‌های سیاسی و امنیتی فعالیت‌ها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت پنهانی پی‌گرفت و پرداخت شهریه امام‌خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. در اواخر سال ۱۳۵۴ پنهانی کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد.

خامنه‌ای سال ۱۳۵۵ را با ممنوعیت از همه فعالیت‌های اجتماعی آغاز کرد؛ حتی نشست‌های خانگی او تعطیل شد و ارتباطات شخصی او نیز زیر نظر قرار گرفت و از معدود تحرکات وی در سال ۱۳۵۵، کمک به سیل‌زدگان قوچان بود. وی گروهی را برای کمک‌رسانی به مردم سیل‌زده آن شهر تشکیل داد که با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امداد رسانی پرداختند؛ اما از فعالیت وی جلوگیری و از قوچان اخراج شد ازجمله اقدامات وی در این سال طرح گردآوری فطریه برای مسلمانان آواره لبنان در جنگ‌های داخلی آن بود در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره فعالیت‌های سیاسی خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام‌خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند.

خامنه‌ای در محرم ۱۳۹۶ق/ دی ۱۳۵۵ش جلساتی در تهران با برخی از روحانیان مبارز و روشنفکران داشت که سبب نگرانی ساواک شد ساواک گزارش کرده که وی برای برنامه‌ریزی و هماهنگی در امر مبارزه زیر پوشش میهمانی جلساتی با برخی از عالمان ازجمله مطهری و مفتح و روشنفکران ازجمله علی شریعتی در تهران داشته است وی ازجمله روحانیان انقلابی و روشنفکری بود که با حسینیه ارشاد و علی شریعتی ارتباط نزدیکی داشت؛ به همین جهت برخی با او مخالف بودند؛ اما وی از موضع خود عقب‌نشینی نکرد و زمانی که شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ از دنیا رفت، مجلس ترحیمی برای وی در مسجد کرامت مشهد برگزار کرد. وی از اینکه برخی از روحانیان علیه شریعتی اظهار نظر می‌کردند، متأسف می‌شد و بعدها نیز وقتی شنید همان افراد، شریعتی را متهم به همکاری با ساواک کرده‌اند، این اتهام را به صورت کتبی در حاشیه یک کتاب تکذیب کرد او علاوه بر شریعتی با افرادی مانند جلال آل‌احمد و شمس آل‌احمد نیز ارتباط صمیمی و مستمر داشت.

به دنبال درگذشت مشکوک سیدمصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ششم آبان در مسجد ملاهاشم مشهد برپا کرد و تلگرامی از سوی خود و سه تلگرام دیگر از طرف واعظ طبسی، هاشمی نژاد و محامی به امام‌خمینی در نجف مخابره کرد مراسم بزرگداشت سیدمصطفی خمینی تحولاتی پدید آورد که نهضت اسلامی را وارد مرحله نهایی کرد و رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیت‌ها، با وجود اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان، فعالیت‌های مبارزان را محدودتر کرد (← مقاله خمینی، سیدمصطفی.)

به دنبال اجرای این سیاست، جمعی از مبارزان سرشناس ازجمله خامنه‌ای به تبعید محکوم شدند. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ پس از بازرسی خانه او برخی از کتاب‌ها و جزوه‌های دست‌نویس و نامه‌ها را با خود بردند و خامنه‌ای را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان بود؛ اما وی به علت تعامل خوب با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و از این فرصت در راستای گسترش انقلاب در آن مناطق بهره گرفت احیای مسجد آل‌رسول ایرانشهر و سخنرانی‌های وی در آن مسجد و رفت و آمد علما و روحانیان مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به خانه او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیت‌های او را محدود سازند و مردم را از رفت و آمد بازدارند.

خامنه‌ای در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به محمد صدوقی عالم سرشناس یزد، به تحلیل نهضت و وظایف علما و مردم پرداخت و این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را نیز گرامی داشت این نامه مفصل که در واقع دستورالعملی برای مبارزه بود، به صورت اعلامیه‌ای در سراسر کشور پخش گردید صدوقی در پاسخ ضمن سپاس از نامه ارسالی از وی خواست که بیشتر بنویسد و وی نامه‌ای در هشت صفحه برای او نوشت و در این نامه مسئولیت سنگین علما را در برابر انقلاب اسلامی و رویارویی با توطئه‌های دشمن بازگو کرد. این نامه در جزوه‌ای بی‌نام در یزد و مشهد و جاهای دیگر نشر و پخش شد خامنه‌ای وقتی آثار مثبت این نوشته‌ها را دید در نامه‌هایی برای سیدعبدالحسین دستغیب و علمای شیراز ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راه‌کارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی مطرح ساخت. همچنین در پی حوادث ۲۹ تیر ۱۳۵۷ شیراز نامه‌ای مفصل به علمای شیراز نوشت نامه‌ای نیز در نقد سخنان سیدکاظم شریعتمداری؛ از مراجع تقلید وقت، که انقلابیان را تندرو خوانده بود، نوشت و یادآور شد که این‌گونه سخنان به رژیم پهلوی بهانه می‌دهد که به کشتار مردم انقلابی به عنوان مبارزه با تندروی دست بزند.

وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشین خود مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف ازجمله یزد و مشهد داشت، توانست کمک‌های مردمی را از همه نقاط ایران جذب و میان سیل‌زده‌ها تقسیم کند با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸ق/ ۲۸ تیر۱۳۵۷ش، شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به ادامه تبعید خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید.

گسترش فعالیت‌های انقلابی و مردمی خامنه‌ای در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. از این‌رو در مرداد ۱۳۵۷ به جیرفت تبعید شد وی از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی و ستایش از امام‌خمینی پرداخت. یکی از سخنرانی‌ها، که در ماه رمضان برابر با پنجم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی و پخش اعلامیه علیه رژیم پهلوی توسط مردم منجر شد وی در این دوره، پنهانی عازم کهنوج شده، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای ایراد کرد.

اوج‌گیری انقلاب

با گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، خامنه‌ای از تبعید رهایی یافت و در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به بم و کرمان و یزد رفت و پس از هماهنگی‌های لازم با صدوقی برای ادامه مبارزه راهی تهران شد و نیز با هماهنگی با مبارزان در تهران به مشهد برگشت و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان‌دهی امور نهضت ادامه داد وی به همراه برخی از روحانیان مبارز مشهد، در زمان اقامت امام‌خمینی در فرانسه در پاییز ۱۳۵۷، با ارسال تلگرامی به امام‌خمینی اقامت موقت ایشان در فرانسه را عاملی برای پدیدآمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام‌خمینی در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان درخواست کردند دستورهای لازم را برای ادامه مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت ایشان به ایران شدند

فعالیت‌های مبارزاتی خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکت‌ها و تظاهرات مردمی، سخنرانی‌های افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد؛ در عین حال با بیت امام‌خمینی و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دایم بود. پیرو همین ارتباط بود که سیداحمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با محمد صدوقی تماس گرفت و تمایل امام‌خمینی برای دیدار با وی و خامنه‌ای را اعلام کرد وی در پنجم آبان نیز برای راهپیمایان در صحن عتیق حرم امام‌رضا(ع) درباره بازگشت امام‌خمینی به ایران، آزادی زندانیان سیاسی، تنبیه مسببان کشتارهای اخیر و شکنجه‌گران زندانیان سیاسی سخن گفت و پس از سخنرانی وی تظاهرات مردم با شعارهای گوناگون تا ۹ شب ادامه داشت خامنه‌ای در شانزدهم آبان در گردهمایی ۳۰ هزار تن از اهالی مشهد ازجمله فرهنگیان در ورزشگاه سعدآباد، خواستار بازگشت امام‌خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد در ۲۷ آبان شورای تامین استان به اتفاق آرا تصمیمم به تبعید هشت تن از روحانیان مشهد ازجمله خامنه‌ای گرفت ولی نتواست آن را عملی کند.

خامنه‌ای پیش از ماه محرم همراه با هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستان‌های قوچان، شیروان و بجنورد ضمن برپایی جلسات سخنرانی برنامه‌های ماه محرم را نیز برای روحانیان آن شهرها توضیح داد تحرکات وی در بیرون از مشهد با آمدن ماه محرم نیز ادامه یافت. وی در هفتم محرم همراه واعظ طبسی، سیدکاظم مرعشی و پسران سیدعبدالله شیرازی راهی فریمان شد. تظاهرات بزرگ و ۲۰هزار نفری مردم در این شهر در حالی برگزار شد که افراد یادشده پیشاپیش جمعیت حرکت می‌کردند. در این تظاهرات مجسمه محمدرضا پهلوی پایین کشیده شد و عکس امام‌خمینی به جای آن نصب شد.

پس از دستور امام‌خمینی به فرار سربازان از پادگان‌ها، یکی از کارهای خامنه‌ای در مسجد کرامت رسیدگی به سربازان فراری بود و برای شناسایی‌نشدن آنان طرحی ارائه کرد که آن را بهشتی پسندید و تاکید کرد این طرح در تهران و در بقیه کشور نیز پیاده شود در گزارش‌های ساواک از خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است.

خامنه‌ای در آذر ۱۳۵۷ هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد سخنرانی کرد و خطبه شب عاشورا در حرم مطهر امام‌رضا(ع) را که هر سال به نام محمدرضا پهلوی خوانده می‌شد، به نام امام‌خمینی خواند و در جمع روسای ادارات و سازمان‌ها و افراد دیگری که استانداری دعوت کرده بود، بر نزدیکی پیروزی تأکید کرد. وی در شمار روحانیانی بود که در ۲۴ آذر در اعتراض به حمله مأموران رژیم پهلوی به بیمارستان امام‌رضا(ع) در مشهد برنامه تحصن در این بیمارستان را مطرح کرد و در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند متحصنان با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام‌خمینی تأکید کردند. اقدام به تحصن آنان در بیمارستان امام‌رضا(ع) بازتاب گسترده‌ای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنان در سراسر ایران منتشر شد.

اعلامیه‌های امام‌خمینی ازجمله اعلامیه ایشان درباره کمک به کارکنان شرکت نفت، در تحصن یادشده توسط خامنه‌ای خوانده شد امام‌خمینی از این تحصن در سخنرانی ۲۵ آذر خود یاد کرد و در پیامی در ششم دی ضمن تشکر از اهالی خراسان، علما و پزشکان و دیگر گروه‌ها از آنان پشتیبانی کرد این تحصن ۱۳ روز طول کشید و خامنه‌ای در این مدت جز برای نجات جان یک نظامی بیمارستان را ترک نکرد در پنجم دی یک تظاهرات بسیار گسترده که خبرگزاری فرانسه تعداد جمعیت را ۶۰۰هزار تن اعلام کرد به بیمارستان امام‌رضا(ع) و محل تحصن رفتند و به سخنرانی خامنه‌ای و علل تحصن گوش دادند. پس از آن با توصیه مراجع و علما تحصن پایان یافت.

خامنه‌ای در ۹ دی ۱۳۵۷ همراه گروهی از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه‌ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند؛ اما با وجود تلاش‌های مسالمت‌آمیز آنان نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابان‌ها ریخته و برخی ساختمان‌ها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد ازجمله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند به دنبال وقوع این حوادث، خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیان مبارز مشهد در محکوم‌ساختن این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند.

خامنه‌ای تا پایان دی‌ماه در مشهد بود و همراه دوستان خود تظاهرات با شکوه اربعین را در ۲۹ دی‌ماه رهبری کرد و طبق گزارش ساواک در راهپیمایی ۵۰۰هزار نفری آن روز سخنرانی کرد. در همین روزها مطهری چندین‌بار از خامنه‌ای خواست که هر چه سریع‌تر به تهران برود و پس از آن منتظری نیز که در پاریس بود، خواسته امام‌خمینی برای رفتن خامنه‌ای به تهران را به اطلاع او رساند علت این اصرار این بود با تشکیل شورای انقلاب از سوی امام‌خمینی و عضویت خامنه‌ای در آن شورا، حضور وی در تهران لازم بود. وی با آمدن به تهران در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت وی هنگام بازگشت امام‌خمینی به ایران، پس از تشکیل کمیته استقبال از سوی شورای انقلاب اسلامی مسئولیت تبلیغات این کمیته را بر عهده داشت. (ببینید: کمیته استقبال)

به دنبال بسته‌شدن فرودگاه‌های کشور به دستور شاپور بختیار و ممانعت از بازگشت امام‌خمینی به ایران، خامنه‌ای به همراه بهشتی و چند تن از روحانیان مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن بزرگی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد گسترده‌ای به خود گرفت خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل یک ستاد و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن، به اقداماتی مانند سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» دست زدند این تحصن که تا صبح روز ۱۲ بهمن ادامه یافت، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد. (ببینید: بازگشت به ایران)

پس از پیروزی انقلاب

پس از پیروزی انقلاب اسلامی، سیدعلی خامنه‌ای و دوستان همفکر خود، در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ تاسیس حزب جمهوری اسلامی را اعلان کردند و وی در ادامه پس از شهادت سیدمحمد حسینی بهشتی و سپس محمدجواد باهنر، در شهریور ۱۳۶۰ به عنوان سومین دبیرکلی معرفی شد. (ببینید: حزب جمهوری اسلامی)

خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۸ به دستور امام‌خمینی برای رسیدگی به اوضاع سیستان و بلوچستان به آن منطقه سفر کرد و در همان سال به نمایندگی شورای انقلاب در وزارت دفاع برگزیده شد؛ سپس در ۲۷ مرداد همان سال معاونت وزارت دفاع را نیز عهده‌دار شد وی با آگاهی از تصمیم برخی اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی با آن مخالفت و بر ضرورت آگاهی امام‌خمینی از آن تأکید کرد و ایشان نیز پس از آگاهی سخت با آن مخالفت و از آن جلوگیری کرد. (ببینید: مجلس خبرگان قانون اساسی)

در آذر ۱۳۵۸ امام‌خمینی و شورای انقلاب، خامنه‌ای را به سرپرستی سپاه پاسداران منصوب کردند و امام‌خمینی در ۲۴/۱۰/۱۳۵۸ به پیشنهاد منتظری، خامنه‌ای را امام‌جمعه تهران کرد وی نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کرد و تا تاریخ واقعه ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به وی سوء قصد شد و بر اثر آن به‌شدت مجروح گردید، نماز جمعه تهران را اقامه کرد و پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.

خامنه‌ای در کنار مسئولیت‌های اجرایی، با اشاره و تأکید امام‌خمینی بر لزوم روشنگری در سنگر دانشگاه، در این مراکز حاضر می‌شد و به ایفای نقش می‌پرداخت. به دنبال شهادت مطهری و خلاء ناشی از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان، امام‌خمینی در ۲۳ خرداد ۱۳۵۸ طی سخنانی در جمع دانشجویان، خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامید و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروه‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیست‌ها در محیط دانشگاهی تعیین کرد وی از این تاریخ تا آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و همراه اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسش‌های فکری و سیاسی آنان پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد اقدام ابتکاری خامنه‌ای درباره نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام‌خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد.

خامنه‌ای در خرداد ۱۳۵۹ با رأی مردم تهران به نخستین دوره مجلس شورای اسلامی راه یافت و در ۲۰/۲/۱۳۵۹ با حکم امام‌خمینی، مشاور ایشان در شورای عالی دفاع شد در ۶/۴/۱۳۶۰ سازمان مجاهدین خلق هنگام سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران، با بمبی که در دستگاه ضبط صوت کار گذاشته شده بود، وی را ترور و مجروح کرد و وی در شمار جانبازان انقلاب اسلامی قرار گرفت امام‌خمینی نیز دراین‌باره پیامی صادر کرد.

پس از شهادت رئیس‌جمهور، محمدعلی رجایی، خامنه‌ای در سومین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری که در ۱۰/۷/۱۳۶۰ برگزار شد با رأی قاطع ۹۵درصدی شرکت‌کنندگان به ریاست‌جمهوری رسید و چهار سال بعد در مرداد ۱۳۶۴ با اینکه خود تمایلی به نامزدی دوباره ریاست جمهوری نداشت، به دستور امام‌خمینی که این کار را متعین در وی دانسته بود، نامزد ریاست جمهوری شد و با رأی نزدیک به ۸۶ درصد رئیس‌جمهور شد وی در ۱۵/۱/۱۳۶۲ با حکم امام‌خمینی مأموریت یافت میان ارتش و سپاه هماهنگی لازم را پدید آورد و در ۱۹/۹/۱۳۶۳ در حکمی، از سوی ایشان به عضویت ستاد انقلاب فرهنگی درآمد و ریاست این شورا را به عنوان رئیس‌جمهور بر عهده داشت. (ببینید: شورای عالی انقلاب فرهنگی)

وی در ۱۷/۱۱/۱۳۶۶ به حکم امام‌خمینی به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام درآمد و به ریاست آن انتخاب شد آخرین حکمی که امام‌خمینی به وی داد، در ۴/۲/۱۳۶۸ بود که او را موظف به تشکیل مجلس بازنگری قانون اساسی کرد.

دوران جنگ تحمیلی

خامنه‌ای از آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ در تدبیر مسائل جنگ به‌صورت فعالانه نقش داشته است. در روز آغاز جنگ در جلسه ستاد مشترک ارتش حضور یافت و داوطلب بررسی مسئله جنگ در جبهه‌ها شد و در پنجم مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام‌خمینی در لباس یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت تا گزارشی از وضع جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه کرده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند بر این اساس وی عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه استقرار داشت و پس از آن در جبهه غرب حاضر شد و این حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام‌خمینی یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، تا ماه‌های آغازین سال ۱۳۶۰ مستمر بود؛ چنان‌که یک‌بار با لباس نظامی با امام‌خمینی دیدار کرد و ایشان خاطرنشان کرد که مایه افتخار است که یک روحانی لباس رزم بپوشد و این درست همان چیزی است که باید باشد.

به فرمان امام‌خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه امور جنگ شد و خامنه‌ای که پیش از آن بر اساس حکم امام‌خمینی در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده ایشان در این شورا و نیز سخنگوی آن بود، در مدت جنگ مشاور امام‌خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه مطبوعاتی برگزار می‌کرد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رساند. (ببینید: شورای عالی دفاع ملی)

خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور به‌کارگیری هرچه‌بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندی‌های جبهه‌های جنگ تشکیل شد امام‌خمینی در پاسخ به استعلام خامنه‌ای در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ اجرای مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم شمرد وی در خرداد ۱۳۶۷ در نامه‌ای به امام‌خمینی، درخواست کرد تمام امور مربوط به نیروهای مسلح، به یک نفر واگذار شود و هاشمی رفسنجانی را شایسته‌ترین شخص برای این منظور دانست و امام‌خمینی نیز در تاریخ ۱۲/۳/۱۳۶۷ در حکمی وی را با حفظ مسئولیت در مجلس شورای اسلامی، به جانشینی فرمانده کل قوا منصوب کرد و این مسئولیت تا پایان جنگ ادامه داشت. (ببینید: اکبر هاشمی رفسنجانی و فرماندهی کل قوا)

در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل متحد توسط ایران، جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش این قطعنامه در جلسه‌ای به ریاست خامنه‌ای و با حضور مسئولان عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام‌خمینی نیز آن را پذیرفته و به مردم اعلام کرد پس از آن خامنه‌ای نیز به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در ۲۷/۴/۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه را از سوی ایران اعلام کرد. (ببینید: قطعنامه ۵۹۸.)

پیوند با امام‌خمینی

خامنه‌ای که در سال ۱۳۳۴ با نام امام‌خمینی آشنا شده بود، امام‌خمینی را استادی متفاوت و حاضرجواب برشمرده و از درس اخلاق ایشان ستایش کرده است از نظر او امام‌خمینی، یک شخصیت استثنایی و بی‌نظیر بود که نمی‌توان با هیچ شخصیت دیگری مقایسه کرد مگر با پیامبران(ص)، اولیا و معصومان(ع). از نگاه وی امام‌خمینی همه ویژگی‌های کمال انسانی مانند عقلانیت، دوراندیشی، حکمت، تیزبینی، کیاست، ابهت، صلابت، هوشمندی، متانت، آینده‌نگری، دوراندیشی، آدم‌شناسی و مردم‌شناسی را یکجا جمع کرده بود وی که خود را شاگرد متواضع و فرزند مطیع و مریدِ دلباخته امام‌خمینی برشمرده است، درس ایشان را تنها در حوزه علمیه منحصر ندانسته است، بلکه بزرگ‌ترین و ماندگارترین درس ایشان در طول ده سال پایانی عمر ایشان دانسته که مانند آیات حکمت به جان و دل خریده است از نگاه وی، امام‌خمینی تنها یک رهبر سیاسی و یک مقام در سلسله‌مراتب تشکیلاتی کشور نبود، بلکه پشتوانه معنوی و روحی و مایه امید و وزنه بزرگ و قله عظیمی بود که دایم می‌جوشید و هر کس را به اندازه ظرفیت او سیراب و بهره‌مند می‌کرد.

خامنه‌ای که از اثرگذاری جدی شخصیت امام‌خمینی بر خود خبر داده است، رمز موفقیت ایشان را در اخلاص، توکل و حسن ظن ایشان شمرده و ایشان را دست قدرت الهی در روزگار و زمانه خوانده که اسلام را از غربت درآورد و به اسلام و مسلمانان قوت و عزت بخشید؛ چنان‌که در طول هشت سال ریاست جمهوری، گاهی اختلاف نظرهایی میان امام‌خمینی و خامنه‌ای ازجمله در تداوم نخست‌وزیری وقت پیش آمد و در ظاهر زاویه‌هایی ایجاد شد؛ اما وی همیشه از نظر امام‌خمینی پیروی می‌کرد و نظر ایشان را بر نظر خود مقدم می‌داشت.

امام‌خمینی نیز به خامنه‌ای توجه و علاقه ویژه‌ای داشت؛ چنان‌که برخلاف معمول او را به حضور می‌پذیرفت و سپس به دیگر کارها می‌پرداخت و با یادآوری حسن سابقه او در علم و عمل وی را شایسته امامت جمعه تهران دانسته و دست‌پروده خود شمرده است ایشان پس از ترور خامنه‌ای پیامی صادر کرد و او را از سلاله رسول اکرم(ص) و خاندان حسین‌بن‌علی(ع) نامید و سربازی فداکار در جبهه جنگ، معلمی آموزنده در محراب، خطیبی توانا در جمعه و جماعات، راهنمایی دلسوز در صحنه انقلاب و کسی که در جبهه‌ها لباس سربازی و در پشت جبهه‌ها لباس روحانی به تن کرده و به مردم خدمت می‌کند، شمرد ایشان همچنین هنگام تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری، خامنه‌ای را در خط مستقیم اسلام، عالم به دین و سیاست، متفکر و دانشمندی بی‌نظیر در میان تمام سلاطین و رؤسای جمهور دانست و در بیان دیگری، ایشان را متعهد به اسلام، خدمتگزار و نعمت خدا که بنای قلبی‌اش خدمت به ملت است، شمرد.

از سوی دیگر، به دنبال تفسیری که خامنه‌ای از دیدگاه و سخن امام‌خمینی درباره قلمرو اختیارات حکومت اسلامی در یکی از خطبه‌های نماز جمعه مطرح کرد و واکنش‌هایی را در پی داشت، وی طی نامه‌ای به امام‌خمینی، نظر ایشان را درباره گفته‌های خود جویا شد امام‌خمینی ضمن نقد ظاهر سخن وی در نماز جمعه، آن را برخلاف گفته‌های خود شمرد و ضمن تشریح اختیارات حکومت و تأکید بر محدود نبودن آن در چارچوب احکام فرعی شرعی، در پایان اشاره کرد که هدف خامنه‌ای خدمت به اسلام است خامنه‌ای در نامه دیگری که چند روز بعد به امام‌خمینی نوشت، با استقبال از ارشادات ایشان، اعلان آمادگی کرد که مقصود خود را از سخنان یادشده توضیح دهد و امام‌خمینی در پاسخ دوباره خود به ارتباط نزدیک خود با خامنه‌ای اشاره کرد و او را برادری آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن، بازوی توانای جمهوری اسلامی، حامی مبانی فقهی ولایت مطلقه فقیه و ازجمله افراد نادری شمرد که چون خورشید روشنی می‌بخشد؛ چنان‌که امام‌خمینی وی و برخی دیگر مانند هاشمی رفسنجانی را شایسته مسئولیت رهبری پس از خود شمرده است. (ببینید: قائم‌مقام رهبری)

پس از رحلت امام‌خمینی، خامنه‌ای وصیت‌نامه امام‌خمینی را در مجلس خبرگان رهبری خواند و سپس مجلس خبرگان پس از بحث‌های جدی، وی را با ۶۰ رأی از ۷۴ عضو حاضر در جلسه، به رهبری انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران برگزید سیداحمد خمینی پس از انتخاب خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به وی با اشاره به تأکید چندباره امام‌خمینی بر مقام اجتهاد و کمال شایستگی وی برای رهبری جمهوری اسلامی ایران سپاسگزاری صمیمانه اعضای بیت امام‌خمینی از خبرگان را اعلام کرد و بر لزوم پیروی خود از دستورهای رهبری به عنوان ولی فقیه تأکید کرد (۳.)

این انتخاب بیعت وسیع و گسترده مردم و عالمان دین را در همه شهرها در پی‌داشت که به صورت حضوری، شرکت در راهپیمایی‌ها، انتشار اطلاعیه و پیام تبریک و امضای طومارها انجام شد «کاروان‌های میثاق با امام و بیعت با رهبری» در آستانه چهلمین روز ارتحال امام‌خمینی از سراسر کشور به راه افتاد و «مانورهای بیعت با رهبری» در برخی مناطق مرزی و راهبردی کشور و نیز برگزاری «سمینارهای میثاق با امام، بیعت با رهبری» شکل گرفت و این بیعت ماه‌ها استمرار داشت. در سال ۱۳۷۳ پس از رحلت محمدعلی اراکی از مراجع تقلید، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در بیانیه‌ای هفت تن را به عنوان مراجع جایزالتقلید معرفی کرد که یکی از آنان خامنه‌ای بود.

خامنه‌ای در طول سه دهه مسئولیت رهبری، همواره بر اصول و مبانی امام‌خمینی اهتمام ویژه داشته و در تلاش بوده است راه امام‌خمینی و آرمان‌های ایشان تبیین شود و ازجمله هر سال در مراسم سالگرد رحلت امام‌خمینی که در حرم ایشان برگزار شده، بر این اصول و مبانی تأکید کرده است و در ابعاد گوناگون از مسئولان ارشد و مدیران در رده‌های مختلف خواسته است در راستای این اصول و مبانی حرکت و برنامه‌ریزی کنند. (ببینید: ارتحال امام‌خمینی)

از خامنه‌ای آثار چندی منتشر شده است؛ ازجمله طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن، از ژرفای نماز، گفتاری در باب صبر، چهار کتاب اصلی علم رجال، هنر از دیدگاه سیدعلی خامنه‌ای، گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه مشهد، پیشوای صادق (سیری در زندگی امام‌صادق(ع))، زندگینامه ائمه دین و گفتاری درباره حکومت علوی(ع). آثاری نیز به دست وی ترجمه شده است، صلح امام‌حسن(ع) (تألیف شیخ‌راضی آل‌یاسین)، آینده در قلمرو اسلام (تألیف سید قطب)، مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان (تألیف عبدالمنعم نمری نصری) و ادعانامه‌ای علیه تمدن غرب (تألیف سید قطب) نیز مجموعه سخنان، احکام، نامه‌ها و پیام‌های وی از زمان رهبری با عنوان حدیث ولایت، در قالب کتاب و نرم‌افزار تدوین و منتشر شده است.

خانواده

خامنه‌ای در پاییز ۱۳۴۳ با منصوره خجسته باقرزاده، فرزند محمداسماعیل خجسته باقرزاده از بازاریان مذهبی مشهد ازدواج کرده است حاصل این ازدواج چهار فرزند پسر و دو دختر است و هر چهار فرزند پسر روحانی‌اند و به امور علمی و درسی حوزوی اشتغال دارند

سه برادر خامنه‌ای عبارت‌اند از سیدمحمد (ولادت ۱۳۱۴)، سیدهادی (ولادت ۱۳۲۶) که هر دو روحانی‌اند و سیدحسن (ولادت ۱۳۲۹). سیدمحمد خامنه‌ای پیش از انقلاب اسلامی دو بار ماموریت یافت که پیام امام‌خمینی را به علمای مشهد برساند و یک بار آن همراه با برادرش سیدعلی خامنه‌ای بود و آن دو از مشهد پیام مرجع تقلید وقت، سیدمحمدهادی میلانی را نیز به امام‌خمینی رساندند وی پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی و نماینده مردم مشهد در مجلس شورای اسلامی در دوره اول و دوم بود. او در شمار هشت نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی بود که در ماجرای سفر مک فارلین به ایران، به علی‌اکبر ولایتی وزیر امور خارجه وقت، نامه اعتراضی نوشته و خواهان توضیح وی در مجلس شدند و این کار آنان واکنش شدید امام‌خمینی را در پی داشت و سبب شد که آنان اعتراض خود را پس بگیرند. (ببینید: مک فارلین)

سیدهادی خامنه‌ای که از فعالان سیاسی و عضو مجمع روحانیون مبارز است، نماینده مردم مشهد در دوره اول، دوم و سوم و نماینده مردم تهران در دوره ششم مجلس شورای اسلامی بوده است. سیدحسن خامنه‌ای دارای سابقه مبارزاتی در رژیم پهلوی است و این امر زندانی‌شدن او را در سال ۱۳۵۳ درپی داشته است