امامخمینی و برپایی نظام جمهوری اسلامی
پس از سقوط رژیم پهلوی، نخستین اقدام امامخمینی به عنوان رهبر انقلاب اسلامی، اداره کشور بر اساس تعهدی بود که میان ایشان و مردم، طی پانزده سال مبارزه، شکل گرفته بود. مهم‌ترین اقدامات ایشان در این جهت عبارت‌اند از:
جلوگیری از هرجومرج و ایجاد نظم
با فروپاشی ساختار سیاسی کشور، هرجومرج و بی‌نظمی طبیعی بود؛ اما این تهدید، با رهبری امامخمینی به حداقل رسید:
- حفظ نظم و جلوگیری از خشونت: امامخمینی از ساعات نخست پیروزی در ۲۲ بهمن، درباره هرگونه آشوب و هرجومرج، هشدار داد و این‌گونه حوادث را موجب تخریب چهره نهضت در جهان دانست و مرتکبان آن را از جامعه انقلابی ایران مطرود و در پیشگاه خداوند مسئول خواند. (ببینید: بیست و دو بهمن)
امامخمینی در این پیام‌ها، نظارت بر حفظ مراکز عمومی و مراقبت از اموال ملت، مهلت‌ندادن به فرصت‌طلبان، همکاری با ماموران نخست‌وزیری موقت، تجمع در مساجد به جای خیابان‌ها، توجه به راهنمایی علما و حمایت از نیروهای نظامی و انتظامی را که به ملت پیوسته‌اند تکلیف شرعی و تعهد ملی دانست. خلا نیروهای حافظ نظم و امنیت و مورد اعتماد مردم، زمینه شکل‌گیری شتابان کمیته‌های مردمی و مسلح را از نخستین ساعات پیروزی فراهم ساخت. امامخمینی با تاکید بر لزوم تحویل سلاح‌ها به مساجد و انتقال آنها به این کمیته‌ها، بر تشکیل کمیته‌های انقلاب صحه گذاشت. این کمیته‌ها وظیفه جمع‌آوری سلاح‌های پخش‌شده میان مردم، بازرسی‌های خیابانی، حفاظت از اماکن مهم دولتی، همکاری با شهربانی‌ها و کلانتری‌ها، بازداشت عوامل فساد وابسته به رژیم و مانند آن را برعهده داشتند. (ببینید: بیست و دو بهمن و کمیته انقلاب اسلامی) سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز نهادی نظامی برای پاسداری از انقلاب اسلامی و دستاوردهای آن بود که در فروردین ۱۳۵۸ به فرمان امامخمینی شکل گرفت و در ادامه به عنوان یک بخش مستقل از نیروهای مسلح، در اصل ۱۵۰ قانون اساسی تثبیت شد. امامخمینی از پاسداران خواست ضمن انجام وظیفه خود، هماهنگ با نیروهای دیگر، در رفع نابسامانی‌های عمومی به دیگر قوا یاری رسانند. (ببینید: سپاه پاسداران انقلاب اسلامی) در کنار این نیروها، امامخمینی تقاضای انحلال ارتش را رد کرد و با تاکید بر لزوم تحول ارتش به نیرویی ملی، اسلامی و وفادار، تخریب‌کنندگان نیروهای مسلح را دشمن اسلام خواند. (ببینید: قوای مسلح)
- نصب نمایندگان در مناطق مختلف: امامخمینی پس از پیروزی انقلاب اسلامی، با ابتکار نصب نمایندگان خود در مراکز استان‌ها و شهرستان‌ها، تلاش کرد وضع امنیتی و انتظامی کشور را برای استقرار نهادهای قانونی آماده سازد. (ببینید: منصوبان امامخمینی)
تعیین ساختارهای اصلی
عمده‌ترین اقدام امامخمینی برای اداره کشور، تعیین ساختارهای قانونی برآمده از اندیشه اسلامی و خواست مردم بود و نخستین اقدام پیشنهاد نظام «جمهوری اسلامی» بود. در جمهوری اسلامی واژه «جمهوری» شکل حکومت و واژه «اسلامی» محتوای آن را مشخص می‌کند: (ببینید: جمهوری اسلامی)
همه‌پرسی نظام سیاسی
براساس منابع موجود، امامخمینی نخستین‌بار تعبیر «جمهوری اسلامی» را در بیستم مهر ۱۳۵۷ در پاریس و در پاسخ خبرنگاران به کار برد. ایشان معتقد بود شکل نهایی حکومت باید با توجه به شرایط و مقتضیات جامعه، به دست خود مردم تعیین شود. (ببینید: جمهوری اسلامی) امامخمینی پس از تعیین نخست‌وزیر دولت موقت، در نخستین اقدام، برگزاری همه‌پرسی درباره نظام سیاسی را در اولویت قرار داد. ایشان در حکم نخست‌وزیری بازرگان یکی از ماموریت‌های دولت او را برگزاری همه‌پرسی و رجوع به آرای عمومی ملت درباره تغییر نظام سیاسی کشور دانست و بر نظام «جمهوری اسلامی»، نه یک کلمه کم و نه یک کلمه زیاد، تاکید داشت. در این همه‌پرسی که در دهم و یازدهم فروردین ۱۳۵۸ در سراسر کشور برگزار شد، ۲۸۸/۰۲۱/۲۰ نفر (۲/۹۸ درصد آرا) به جمهوری اسلامی رای موافق و ۰۶۶/۱۴۰ نفر رای مخالف دادند و به همین مناسبت روز دوازدهم فروردین ۱۳۶۸ «روز جمهوری اسلامی» نامیده شد. (ببینید: روز جمهوری اسلامی)
تشکیل مجلس خبرگان قانون اساسی
امامخمینی با اینکه بارها از تشکیل مجلس مؤسسان برای تدوین قانون اساسی، سخن گفته بود؛ اما به دلیل شرایط انقلابی و ضرورت تسریع در تاسیس نهادهای قانونی و تدوین قانون اساسی، پس از مشورت با مسئولان کشور، با تشکیل مجمعی از خبرگان ملت برای تدوین قانون اساسی موافقت کرد. از این رو، در میانه مرداد ۱۳۵۸، انتخابات خبرگان قانون اساسی برگزار و ۷۳ تن برگزیده شدند. مجلس خبرگان قانون اساسی در ۲۸ مرداد ۱۳۵۸ در محل مجلس سنای سابق تشکیل شد و با مبنا قراردادن پیش‌نویس قانون اساسی و پیشنهادها و طرح‌های رسیده، موادی را تصحیح و اصول جدیدی را تصویب کرد و قانون اساسی در دوازده فصل و ۱۷۵ اصل، تنظیم و در آخرین جلسه خبرگان در ۲۴ آبان، به امضای نمایندگان رسید. از رویدادهای مهم هنگام تدوین قانون اساسی، تلاش برای انحلال مجلس خبرگان از سوی برخی افراد و گروه‌ها بود که پس از تصویب چند اصل مهم به‌ویژه اصل ولایت فقیه آغاز شد. امامخمینی با دفاع کامل از مجلس خبرگان و اصل ولایت فقیه، طراحان انحلال را منحرف و مخالف اسلام و از کسانی معرفی کرد که از ولایت فقیه می‌ترسند. (ببینید: مجلس خبرگان قانون اساسی) پس از تدوین قانون اساسی، به اصرار امامخمینی، همه‌پرسی قانون اساسی در یازدهم و دوازدهم آذر ۱۳۵۸ برگزار شد و ۵/۹۹ درصد رای‌دهندگان به قانون اساسی مصوب رای موافق دادند. (ببینید: قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران)
شکل‌گیری قوای حاکم
بر اساس اصل ۵۷ قانون اساسی مصوب، قوای حاکم در جمهوری اسلامی قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضائیه که مستقل از یکدیگرند، تعیین شد: (ببینید: قوای سه‌گانه) یکم. قوه مجریه: در قانون اساسی سال ۱۳۵۸ قوه مجریه به صورت نیمه‌ریاستی و نیمه‌پارلمانی طراحی شده بود و در آن اعمال قوه مجریه جز در اموری که در قانون مستقیماً بر عهده رهبری گذارده شده، از طریق رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر و وزرا انجام می‌شد. نخستین انتخابات ریاست‌جمهوری در ایران، در پنجم بهمن ۱۳۵۸ برگزار شد و سیدابوالحسن بنی‌صدر با به‌دست‌آوردن بیش از ۰۰۰/۷۰۰/۱۰ رای که ۷۵ درصد آرا بود، رئیس‌جمهور ایران شد. امامخمینی با تنفیذ حکم ریاست‌جمهوری وی در پانزدهم بهمن، تنفیذ رای مردم از جانب ایشان را محدود به تخلف نکردن بنی‌صدر از احکام اسلام و تبعیت از قانون اساسی دانست. شکل‌گیری کامل قوه مجریه متوقف بر شکل‌گیری هیئت دولت بود که در انتظار شکل‌گیری مجلس شورای اسلامی بود. دوم. قوه مقننه: انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی که رکن اصلی قوه مقننه است، در ۲۴ اسفند ۱۳۵۸ برگزار شد و نخستین جلسه آن در ۷ خرداد ۱۳۵۹ با پیام امامخمینی افتتاح شد. (ببینید: مجلس شورای اسلامی) با تدوین قانون اساسی، نظام دومجلسی، جای خود را به نظام تک‌مجلسی داد و مجلس سنا حذف شد؛ ولی در کنار مجلس، رکن دوم و ناظری به نام شورای نگهبان پیش‌بینی شد که وظیفه آن نظارت بر مطابقت قوانین مصوب مجلس با موازین شرعی و قانون اساسی است. با انتصاب شش تن از فقهای شورای نگهبان در اسفند ۱۳۵۸ از سوی امامخمینی و معرفی شش حقوقدان با مشارکت قوه قضائیه و مجلس شورای اسلامی (ببینید: شورای نگهبان) قوه مقننه در جمهوری اسلامی ایران شکل کاملی یافت؛ چنان‌که معرفی محمدعلی رجایی از سوی بنی‌صدر به عنوان نخست‌وزیر و رای اعتماد مجلس شورای اسلامی به او و وزرای پیشنهادی رجایی، قوه مجریه را کامل کرد. (ببینید: سیدابوالحسن بنی‌صدر و محمدعلی رجایی) سوم. قوه قضائیه: به موجب قانون اساسی ۱۳۵۸، برای انجام مسئولیت‌های قوه قضائیه شورایی به نام شورای عالی قضایی تشکیل می‌شد و رئیس دیوان عالی کشور، دادستان کل کشور به انتخاب رهبری و سه نفر قاضی مجتهد و عادل به انتخاب قضات کشور، اعضای آن بودند. امامخمینی در ۴ اسفند ۱۳۵۸ بهشتی را به عنوان رئیس دیوان عالی کشور و موسوی اردبیلی را به عنوان دادستان کل کشور برگزید و با انتخاب سه قاضی مجتهد از سوی قضات کشور و حکم انتصاب امامخمینی، قوه قضائیه در جمهوری اسلامی شکل گرفت. چهارم. مجلس خبرگان رهبری: در قانون اساسی، تعیین رهبر و نیز برکناری او در صورت فقدان برخی شرایط مذکور در قانون اساسی، برعهده مجلس خبرگان رهبری گزارده شده است؛ از این‌رو برابر قانون، مقررات مربوطه از سوی شورای نگهبان تهیه و با امضای امامخمینی ابلاغ شد. نخستین انتخابات مجلس خبرگان رهبری در ۱۹/۹/۱۳۶۱ با حدود هجده میلیون شرکت‌کننده برگزار شد. با راهیابی بیش از دوسوم نمایندگان مجلس خبرگان در مرحله نخست انتخابات به مجلس (۶۹ نفر از ۸۳ نفر)، مجلس خبرگان، با پیام امامخمینی در ۲۳/۴/۱۳۶۲ برای مدت هشت سال افتتاح شد. (ببینید: مجلس خبرگان رهبری)
پالایش ادارات
امامخمینی برای کارآمدی نظام نوپا، معتقد به پالایش نیروی انسانی بجامانده از رژیم گذشته و جایگزینی نیروهای متعهد بود. ایشان در زمان اقامت در فرانسه، در ضمن برنامه‌های حکومت اسلامی، بر تصفیه کامل وزارتخانه‌ها، اداره‌ها و مؤسسات دولتی و ملی از اشخاص خائن و ناصالح تاکید کرد و پس از پیروزی انقلاب نیز تصفیه این افراد از وزارتخانه‌ها و اداره‌ها را موجب تحقق نظام اسلامی دانست. (ببینید: پاکسازی و ادارات) امامخمینی بر این باور بود که گرچه بر مبنای مسلمانی، توبه اشخاص پذیرفته می‌شود، اما باید با گزینش درست افراد، از سپردن مسئولیت‌های کلیدی نظام، به اشخاصی که سابقه روشنی ندارند، پرهیز شود. ایشان در عین حال سخت‌گیری در گزینش افراد را خلاف موازین شرعی می‌دانست. (ببینید: گزینش)
شکل‌گیری نهادهای جدید
امامخمینی برای سرعت‌بخشی به خدمات نظام اسلامی به طبقات محروم، به تاسیس نهادهای انقلابی و خدماتی و یا موافقت با پیشنهاد تاسیس آنها نیز اقدام کرده است؛ تاسیس نهادهایی مانند: کمیته امداد امامخمینی در اسفند ۱۳۵۷؛ بنیاد مستضعفان در اسفند ۱۳۵۷؛ بنیاد مسکن انقلاب اسلامی در فروردین ۱۳۵۸؛ بنیاد شهید انقلاب اسلامی در اسفند ۱۳۵۸؛ بنیاد پانزده خرداد در خرداد ۱۳۶۰.
دفع تهدیدها و تثبیت نظام
نظام جمهوری اسلامی ایران، از آغازین روزهای خود با توطئه‌های فراوان از سوی برخی زمینه‌های بجامانده از رژیم پهلوی یا دیگر دشمنان داخلی و خارجی روبرو بوده است. (ببینید: شورش) مخالفان جمهوری اسلامی افزون بر جنگ روانی و دامن‌زدن به شایعاتی که آرامش جامعه را هدف قرار می‌داد، (ببینید: شایعه) دست به اقدامات عملی علیه نظام زده و برای ایجاد جنگ داخلی تلاش کردند. این اقدام‌های گسترده را می‌توان در چهار بخش گزارش کرد:
غائله ترکمن‌صحرا
در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی رژیم پهلوی با سوء‌استفاده از تفاوت‌های قومی و مذهبی مردم، گروهی از ترکمن‌ها را به مقابله با انقلابیان واداشت و پس از پیروزی نیز گروه‌های سیاسی، به‌ویژه گروه مارکسیستی سازمان چریک‌های فدایی خلق در لباس طرفداری از نژاد ترکمن به تضادهای قومی میان مردم دامن زدند. سازمان چریک‌های فدایی خلق با ادعای دفاع از حقوق ترکمن‌ها، کانون فرهنگی و سیاسی خلق ترکمن را ایجاد کردند و منطقه را در دو مرحله بهمن ۱۳۵۷ و فروردین و بهمن ۱۳۵۸به آشوب کشیدند. (ببینید: ترکمن‌صحرا) افزون بر تلاش‌های شورای انقلاب و دولت موقت در فرونشاندن آشوب ترکمن‌صحرا، امامخمینی به مردم هشدار داد، دشمن از روزنه اختلافات قومی وارد می‌شود و با دعوت اهالی منطقه به برادری و حفظ آرامش، از آنان خواست برای امنیت ترکمن‌صحرا به نیروی نظامی کمک کنند. سرانجام این غائله با اقدامات نیروهای مسلح جمهوری اسلامی در بهمن ۱۳۵۸ به پایان رسید و با استقبال توده مردم و علمای ترکمن روبه‌رو شد؛ ازجمله دویست نفر از علمای ترکمن در نامه‌ای حمایت خود را از امامخمینی و اقدامات جمهوری اسلامی اعلام کردند. (ببینید: ترکمن‌صحرا)
غائله کردستان
از نخستین آشوب‌ها در برابر نظام نوپای اسلامی درگیری در مناطق کردنشین ایران به دست گروه‌های ضد انقلاب و تجزیه‌طلب بود. پس از پیروزی انقلاب اسلامی با وجود همراهی توده مردم کرد با نظام اسلامی، برخی از احزاب سیاسی بومی و غیر بومی کردستان به مبارزه با آن برخاستند. دو گروه با گرایش‌های مارکسیستی، یعنی حزب دموکرات کردستان ایران و سازمان کومله (سازمان انقلابی زحمتکشان کردستان) از مهم‌ترین گروه‌های معارض بودند. (ببینید: کردستان) حزب دموکرات که از حمایت امریکا و حکومت بعثی عراق برخوردار بود، با شعار خودمختاری برای کردستان و دموکراسی برای ایران، مبارزه با نظام جمهوری اسلامی را آغاز کرد. گروه جدایی‌طلب «خبات»، سپاه رزگاری، سازمان کمونیستی چریک‌های فداییان خلق، سلطنت‌طلبان و بقایای رژیم پهلوی چون عزیز پالیزبان، نماینده دست‌نشانده در مجلس شورای ملی در رژیم پهلوی و اعضای ساواک در منطقه نیز با ضد انقلاب و شورشیان همراه شدند. برخی از گروه‌های عراقی نیز در کنار عوامل حزب دموکرات با جمهوری اسلامی مبارزه می‌کردند؛ چنان‌که عوامل امریکا نیز برای دامن‌زدن به غائله در کردستان در رفت و آمد بودند. سیدعزالدین حسینی از روحانیان وابسته به ساواک و امام‌جمعه مهاباد رهبر معنوی احزاب سیاسی منطقه به شمار می‌رفت. از دیگر هدایت‌گران بحران کردستان احمد مفتی‌زاده از رهبران مذهبی و رئیس حزب مساوات بود که البته مواضع متعادل‌تری نسبت به دیگران داشت. (ببینید: کردستان) به‌رغم جنایت‌هایی که به دست عوامل گروه‌های یادشده در کردستان صورت گرفت، گفتگو و مذاکره، گسترش خدمت به مردم منطقه، حضور مردم در صحنه و مدارا، همراه با قاطعیت؛ راهکارهای امامخمینی برای مقابله با آشوب‌های کردستان بود؛ اما نتیجه‌بخش نبودن مذاکره و اعزام پیدرپی نمایندگان دولت موقت و امامخمینی به منطقه، موجب شد امامخمینی به مقابله با آشوبگران فرمان دهد. فرمان ایشان اعلام آمادگی اصناف گوناگون مردم در داخل و حتی خارج از کشور برای برقراری امنیت کردستان را در پی داشت؛ ولی ایشان از مردم خواست امور را به قوای انتظامی و نظامی بسپارند و سرانجام نیروهای نظامی و انتظامی به همراه ایثارگرانی از مردم متدین کردستان، (ببینید: سازمان پیشمرگان مسلمان کرد) موفق شدند این غائله را پایان دهند. (ببینید: کردستان) ازجمله بارزترین موارد آشوب در کردستان، غائله پاوه بود که با فرمان قاطع امامخمینی و مجاهدت مصطفی چمران به پایان رسید. در مرداد ۱۳۵۸ پس از محاصره و تصرف بخش زیادی از شهر پاوه و قتل و غارت مردم به دست گروه‌های آشوب‌طلب، امامخمینی در پیامی صریح و با ذکر جایگاه خود به عنوان فرماندهی کل قوا به همه نیروهای نظامی و انتظامی دستور داد پاوه را آزاد کنند؛ فرمانی که در کمتر از ۲۴ ساعت موجب ختم غائله شد. (ببینید: پاوه)
رفع غائله خلق عرب
غائله موسوم به خلق عرب، از دیگر آشوب‌های با ماهیت قومی بود که پیش از تثبیت نظام در خوزستان، به‌ویژه خرمشهر شکل گرفت. این غائله که به دست جبهه ضد انقلابی با محوریت قومیت عرب با حمایت و سردمداری محمدطاهر آل‌شبیر خاقانی، از روحانیان سرشناس خرمشهر، شکل گرفت، به‌رسمیت‌شناختن ملیت «خلق عرب» توسط دولت و درج آن در قانون اساسی و تشکیل دادگاه‌ها و مجلس خودمختار عرب در خوزستان را دنبال می‌کرد و سازمان سیاسی خلق عرب مورد حمایت خاقانی، این خواسته را از راه ارعاب و آشوب خیابانی دنبال کرده، خرمشهر را ماه‌ها به صحنه درگیری اقلیت جدایی‌طلب و اکثریت انقلابی تبدیل کرد. (ببینید: غائله خلق عرب) امامخمینی افزون بر تلاش مستقیم برای فرونشاندن غائله ازجمله دیدار با شخص خاقانی، به ریشه‌یابی این غائله و دیگر غائله‌ها پرداخت و با دعوت چندباره مردم به وحدت، علت غائله‌سازی دشمنان و ایجاد تنش در کشور را جبران شکست در برابر انقلاب دانست. سرانجام عزم مردم و نیروهای انقلابی بر مقابله با آشوبگران قرار گرفت و در نهایت با انتقال خاقانی به قم در پایان تیرماه ۱۳۵۸، غائله به پایان رسید. (ببینید: غائله خلق عرب)
کودتای نوژه
از توطئه‌های سال‌های ابتدایی انقلاب، ـ طرح براندازی نظام جمهوری اسلامی ایران از طریق نظامی و کودتا بود؛ ازجمله این طرح‌ها، کودتای نوژه در تیر ۱۳۵۹ بود؛ طرح عملیاتی نظامی از پایگاه هوایی نوژه همدان، با هدف ساقط کردن نظام جمهوری اسلامی ایران که با شکست روبه‌رو شد. گفته شده طراحان و حامیان اصلی کودتای نوژه، امریکا، رژیم اسرائیل، برخی دولت‌های اروپایی و عربی و شماری از مخالفان داخلی جمهوری اسلامی ایران ازجمله سلطنت‌طلبان بودند. کودتاگران با آگاهی از نقش مذهب در ایران و برای کاستن از مقاومت مردم در برابر کودتا، موافقت ضمنی سیدکاظم شریعتمداری را که مخالف جریان کلی رهبری امامخمینی و انقلاب بود، جلب کردند. شاپور بختیار، آخرین نخست‌وزیر محمدرضا پهلوی، مجری طرح و پشتیبان عملیات، در ستاد پاریس بود و برخی گروه‌های مخالف و افسران رژیم پهلوی نیز با وی همکاری می‌کردند. طرح کودتا دو مرحله هوایی و زمینی در تاریخ پنج‌شنبه ۱۹/۴/۱۳۵۹ بود و هدف آن سرنگونی دولت جمهوری اسلامی ایران، برقراری حکومت‌نظامی و ایجاد حکومتی به سبک غرب با ریاست بختیار بود. یک روز پیش از اجرای کودتا برخی از عوامل آن پشیمان شده، مسئولان جمهوری اسلامی را از طرح کودتا آگاه کردند و در پی آن برخی از عوامل کودتا دستگیر و برخی نیز متواری شدند. امامخمینی در برابر ماجرای کودتا قاطعانه موضع گرفت و با وجود امکان بمباران اقامتگاه ایشان و اصرار اطرافیان بر انتقال ایشان به جایی امن، حاضر به ترک جماران نشد (ببینید: حفاظت از امامخمینی) و در یک سخنرانی عمومی، جمهوری اسلامی ایران را دارای ویژگی‌هایی شمرد که مانع از موفقیت کودتا در آن است. ایشان اقدام کودتاگران را که تصور می‌کردند تنها با بمباران چند مرکز و کودتای مسلحانه، می‌توان بر مردمی که از زن و مرد در صحنه حاضرند، حکومت کرد حماقت نامید. ایشان بعدها با انتقاد از برخی روحانیان که با افراد برانداز همراهی کردند، از آنان به عنوان روحانی‌نمایان دین‌فروش و شکست‌خور‌دگان دیروز و سیاست‌بازان امروز یاد کرده است. (ببینید: کودتای نوژه)
غائله حزب خلق مسلمان
حزب جمهوری خلق مسلمان منتسب به سیدکاظم شریعتمداری، طی دوره کوتاه فعالیت خود به مرور مخالفت خود را با سیاست‌های کلی نظام آشکار ساخت و در آخرین روزهای حیات سیاسی خود به صورت قهرآمیز و ایجاد آشوب در تبریز و قم به مقابله با نظام جمهوری اسلامی پرداخت. امامخمینی با اینکه تاسیس این حزب را برخاسته از توطئه خارجی و با هدف ضربه‌زدن به انقلاب می‌دانست، از راه‌های مختلف، ازجمله واسطه قراردادن محمدتقی فلسفی در صدد رفع مشکلات به صورت مسالمت‌آمیز برآمد اما همراهی نکردن شریعتمدای این تلاش‌ها را بی‌نتیجه گذاشت. (ببینید: سیدکاظم شریعتمداری) سرانجام پس از شرارت‌های بسیار عوامل حزب خلق مسلمان در تبریز و قم، این حزب منحل اعلام شد و با دخالت نیروهای انتظامی و قضایی و حمله به مقرهای حزب، آخرین پایگاه آنان سقوط کرد. گروهی از سران این حزب دستگیر، محاکمه و با حکم موسوی تبریزی حاکم شرع تبریز، اعدام شدند و غائله در آذرماه ۱۳۵۸ به پایان رسید. (ببینید: حزب جمهوری خلق مسلمان)
غائله چهاردهم اسفند
غائله ۱۴ اسفند ۱۳۵۹ که اوج رویارویی طرفداران سیدابوالحسن بنی‌صدر، رئیس‌جمهور وقت و نیروهای حزب‌اللهی بود، (ببینید: حزب‌الله) یکی از مقاطع شاخص در مرزبندی میان نیروهای مختلف سیاسی وقت به شمار می‌رود. در این روز سخنرانی بنی‌صدر در مجلس بزرگداشت سالگرد درگذشت محمد مصدق در دانشگاه تهران، به تشنج کشیده شد که طی آن چهار تن کشته و بیش از ۱۵۰ تن مجروح شدند. (ببینید: غائله چهارده اسفند) ادامه اختلافات حزب جمهوری اسلامی و بنی‌صدر پس از این غائله، موجب شد امامخمینی کمیته سه‌نفره‌ای برای بررسی اختلافات موجود و معرفی عوامل اختلاف‌انگیز تعیین کند: محمدرضا مهدوی کنی به نمایندگی از امامخمینی، محمد یزدی به نمایندگی از حزب جمهوری اسلامی و شهاب‌الدین اشراقی به نمایندگی از بنی‌صدر. شورای حل اختلاف پس از چندین جلسه، بنی‌صدر را در مواردی مقصر تشخیص داد و عملکرد وی را خلاف قانون اساسی دانست. سیر رویدادهای بعدی سرانجام موجب عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا از سوی امامخمینی و تصویب عدم کفایت سیاسی او در مجلس شورای اسلامی و برکناری او در ۱/۴/۱۳۶۰ شد. (ببینید: غائله چهارده اسفند و سیدابوالحسن بنی‌صدر)
شورش سازمان مجاهدین خلق
از میان آشوب‌های خونینی که در دوره تثبیت نظام جمهوری اسلامی ایران شکل گرفت، ترورهای سازمان مجاهدین خلق ایران، چه از نظر عمق و گستردگی و چه به لحاظ آثار و پیامدهایی که داشت، از دیگر آشوب‌ها مهم‌تر است. این سازمان که از آغاز تاسیس در سال ۱۳۴۴ تا اعلان برگشت از عقیده اسلامی در سال ۱۳۵۴ از پشتیبانی مادی و معنوی روحانیان برخوردار بود، از زمان تغییر عقیده، صف خود را از طرفداران امامخمینی جدا کرد. (ببینید: سازمان مجاهدین خلق ایران) پس از پیروزی انقلاب اسلامی، سازمان تلاش کرد با مشارکت فعال در عرصه سیاسی و با تربیت نیروی شبه‌نظامی، به تجهیز و سازماندهی خود بپردازد، اما با عدم توفیق در صحنه سیاسی برای دستیابی به قدرت، این هدف را با اقدامات مسلحانه پی‌گیری کرد. سازمان مجاهدین خلق در ۲۸/۳/۱۳۶۰، در اطلاعیه‌ای به صورت رسمی، مبارزه مسلحانه علیه جمهوری اسلامی را اعلام کرد و نتیجه آن ترور هزاران تن از مردم و نیروهای انقلابی، (ببینید: ترور) بمب‌گذاری پیدرپی و پناه‌بردن به رژیم متجاوز عراق و کمک به آن در زمان جنگ تحمیلی بود؛ چنان‌که بمب‌گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی در ۷ تیر ۱۳۶۰، (ببینید: هفت تیر و سیدمحمد بهشتی) انفجار ساختمان نخست‌وزیری در ۸ شهریور ۱۳۶۰ (ببینید: هشت شهریور ، محمدعلی رجایی ، و محمدجواد باهنر) و به شهادت رساندن برخی از امامان جمعه، مانند قاضی طباطبائی، مدنی، دستغیب، اشرفی اصفهانی و صدوقی بخش دیگری از اقدامات این سازمان است. (ببینید: سازمان مجاهدین خلق ایران) امامخمینی با اینکه از پیش از انقلاب اسلامی به این سازمان خوش‌بین نبود، پس از پیروزی انقلاب اسلامی تلاش کرد در دیدار با سران سازمان و پذیرش حضور فعال آنان در عرصه سیاسی کشور با آنان مدارا کند، اما در واکنش به اعلام قیام مسلحانه، سکوت خود را تا آن مقطع، تنها برای حفظ آرامش کشور شمرد و از مردم خواست با وجود اعلام مواضع سازمان، به مقابله با توطئه‌گران برخیزند. ایشان با این حال، هواداران سازمان را جوانان عزیز این ملت شمرد که فریب سرکردگان سازمان را خورده‌اند و از آنان خواست در برابر سیل خروشان ملت، خود را به تباهی نکشند. (ببینید: سازمان مجاهدین خلق ایران) سازمان مجاهدین خلق پس از خروج از ایران و استقرار در کشور عراق، افزون بر جاسوسی از رزمندگان اسلام به نفع دشمن، از سال ۱۳۶۶ با حمایت رژیم عراق و تشکیل نیرویی به عنوان ارتش آزادی‌بخش، عملیات ایذایی علیه ایران انجام می‌داد که مهم‌ترین آن پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ از سوی ایران، در تیر ۱۳۶۷ بود. این عملیات به‌رغم موفقیت اولیه در پیش‌روی به داخل مرزها و جنایات بی‌شمار سازمان علیه مردم بی‌دفاع شهرهای مرزی غرب کشور، با مقابله رزمندگان اسلام در عملیاتی به نام «مرصاد»، سرکوب شد و شکست سختی را برای این سازمان و اعضای آن در پی داشت. (ببینید: سازمان مجاهدین خلق ایران)
غائله آمل
در سال ۱۳۶۰ کنفدراسیون جهانی محصلین و دانشجویان ایرانی، معروف به اتحادیه ملی با گرایش مارکسیستی ـ لنینیستی و مدافع اندیشه مائو در چین در ائتلاف با برخی گروه‌های همسو، افزون بر جنگ تحمیلی عراق علیه ایران و اغتشاش و درگیری در کردستان، گشودن جبهه سوم را پیشنهاد کرد. این گروه به دلیل نامناسب‌بودن تهران جهت قیام، جنگل‌های شمال را برگزیدند و از نیمه مرداد تا مهر ۱۳۶۰ در جنگل‌های آمل مستقر و تجهیز شدند و به شناسایی منطقه پرداختند. سرانجام در شب پنجم بهمن با ورود به شهر، به گشت‌زنی و ترور پرداختند و ساختمان مرکزی بسیج، مقر سپاه پاسداران، مقر اطلاعات سپاه، دادگاه انقلاب (محل نگهداری زندانیان سیاسی)، ساختمان فرمانداری (مقابل ساختمان بسیج) و تعدادی از پایگاه‌ها و انجمن‌های اسلامی شهر را به محاصره خود درآورند؛ اما مشارکت مردم آمل و مناطق اطراف، شامل زن و مرد، پیر و جوان و حتی کودکان در دفاع از شهر و در کنار نیروهای مسلح بسیار چشمگیر بود. آنان بدون سلاح و در کمتر از ۲۴ ساعت، به کمک نیروهای مسلح شهر را پاکسازی کردند. امامخمینی با مقایسه حکوت اسلامی و رژیم‌های غیرمردمی، درباره نقش مردم در این حادثه اظهار داشت: این حادثه ضمن تاسف‌انگیز بودن، نشان داد یک شهر با مردمی مؤمن که به اسلام و قرآن دل‌بسته‌اند و شهادت را مایه افتخار خود می‌دانند، با چند دزد سرِگردنه و ناآشنا به قرآن و اسلام دچار به‌هم‌ریختگی نخواهد شد. (ببینید: آمل)
فعالیت حزب توده ایران
ازجمله آخرین توطئه‌ها علیه نظام نوپای جمهوری اسلامی ایران در دوره تثبیت، فعالیت‌های پنهانی حزب توده ایران به نفع شوروی بود که با خاتمه آن ثبات و آرامش در کشور حاکم شد. فعالیت‌های حزب توده به رغم تفاوت ماهوی آن با مسیر انقلاب اسلامی، تا سال‌های ۱۳۶۰-۱۳۶۱ ادامه یافت تا اینکه در سفر یکی از مسئولان جمهوری اسلامی به پاکستان و کسب اطلاعاتی درباره همکاری حزب توده با دولت شوروی و انتقال اطلاعات جنگی به شوروی موجب شد سران و اعضای فعال حزب توده در بهمن ۱۳۶۱ و اردیبهشت ۱۳۶۲ بازداشت و محاکمه شوند و هم‌زمان با آن، حزب غیر قانونی اعلام شد. امامخمینی افشای ماهیت حزب توده را نتیجه اقدامات اطلاعاتی و امنیتی سربازان گمنام اسلام و شایسته تقدیر شمرد و این حزب را مار پرخط و خالی دانست که در جهت براندازی اسلام، فعالیت منافقانه داشت. (ببینید: حزب توده ایران) با خنثی‌شدن توطئه گروه‌های مختلف علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، نظام اسلامی با رهبری امامخمینی و حمایت بی‌دریغ مردم و نیز تشکیل دولت انقلابی به ثبات نسبی رسید.